ぎょーむ日誌 2005-12-22

2005 年 12 月 22 日 (木)

• 0730 起床． 本日は冬至か． 朝飯． コーヒー．
• 朝から …… というか朝ならではのみょーな問題にとらっぷされる． 屋久島階層ベイズモデルのほう． パラメーターの事後分布なんかに関しては このへんで図示してるとーりなんだけど， 「ある現象の発生する事後確率」 はどうなるんだろう， といったわけのわからぬもの． 観察された現象の尤度の事後分布は計算されている． しかし， 「観察されなかった」 現象の尤度は? 各 step ごとに素朴に尤度計算やりなおせばいいだけ， なんだろうか．
• 考えてもよくわからんので 1010 自宅発． 晴． まあ， 修論したうけぎょーむという観点からは， この問題はしばらく放置してさしつかえないんだが， と自分を納得させようとしてみる． 1025 研究室着．
• いきなりネット途絶? しかしこれはなぜかしら， かとーオフィス内の switiching hub が 「つまっていた」 ためとわかった．
• 苫小牧樹木直径成長モデリング． 昨晩確認していた積分の補正とか． あらら， 事後分布計算まわりに少しバグがあるような気がする． いろいろ修繕して計算やりなおし．
• う． 推定結果， けっこうかわってしまった (しかも冷汗ながれる方向に)． 再点検しなくては．
• かなりうろたえつつメイルやりとり．
• R の data.frame() の仕様が 2.2.0 (?) ぐらいから変化していたらしい， とようやく気づいた． 以前の仕様に依存してプログラム作ってたので， これは改造する必要ある．
• 以前の data.frame() に label つき vector を列として追加すると， label までいっしょに格納されていた． しかしながら現在の version は label がはぎとられ， 値だけが保存される． これは data.frame のサイズを小さくするため， というような説明を以前どこかで読んだような気がする．
• 人類の歴史上おそらく最も懇切丁寧なる R 本， データ解析環境「R」， 送っていただいた． ありがとうございます．

[データ解析環境「R」]

なぜか工学社． 著者たちによる サポート頁 もすでに完備． 著者の一人・舟尾さんに教えていただいたところによると R-Tips が (あんなに丁寧なのに) まだ難しい， という意見があって， このさらに易しい本が作られたとのこと．

• 1600-1950， 塩寺さんデータすなわちインドネシア山地熱帯林葉っぱデータ解析のこんさる． 屋久島につづいてまたしても葉っぱですよ． けっきょく安易な回避は見つからず， 屋久島問題と同じ方向 (葉の死亡確率は何で決まるか → 推定された葉齢依存死亡確率から葉寿命分布の計算) になってしまった． ただし多正面作戦は私にとってまったく自滅的なので， 葉寿命ぎょーかいにたむろしてるヒトたちのやっていること (の根底にある暗黙の仮定もろもろ) が， あたかも正しいものであるかのようなふりをして， 個体差もなければ種差もナシ， という計算方法をまずは説明してみる．
• 常緑樹の葉っぱ寿命計算 (というか葉寿命なるものの定義ですな) ってのはけっこうぼろぼろというか個体群生態学的に見ると 「なんぢゃこれは」 ものが多い． 菊沢さん「葉寿命」本の (季節性よくわからぬ) 常緑植物の葉っぱデータにおける葉寿命計算の説明をみて， ぱっと理解できるヒトは相当にアタマおかしいと認定されてもよい． 長年放置されてた生ごみバケツのフタあけて顔面をつっこんだようなかんぢだ．
• 2005 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯． 苫小牧ボスから計算指令が ……
• [今日の運動]
  • そして冬はこんさるに時間とられがち ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ダイコン・ネギ・チカの味噌汁．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ホウレンソウ卵とじ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・豚ハツの炒めもの． ダイコン・ネギ・チカの味噌汁．