KuboLog 2005-11-11

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2005 年 11 月 11 日 (金)

0800 起床．なんだかまだばて感あり．朝飯．コーヒー．論文セミナー予習． 0915 自宅発．曇． 0930 研究室着．

う．生態学会さーばー，本日もデータ消失，か．時間ないんでとりあえず /etc/init.d/httpd restart．ちょっと調べてみる．わからん．

1000 より論文セミナー，本日の担当は川合さんで buzz pollination な花で花粉制限しらべましたというもの． (繁殖がらみのハナシによくあるよーな気がするんだけど) データ解析は例によって相当にヘン，というのはもうあきらめるとして，他にもどうもアヤしいところがある． (これは私が発見したわけではないんだけど) 結果しなかった果実の種子まで調べて seed set 計算してんのか，それとも結果したものだけ選んだのか，とか (どちらであってもそれぞれハナシのつじつまがあわない部分がでてくる)．さらに buzz な植物つかって研究するご利益もよくわからない．

昼飯．

生態学会さーばー不調問題にとりくむ． cgiwrap ほうむった今となっても残存する CGI まわりの面倒といえば …… /usr/sbin/suexec か? とりあえずこいつを不活性にしてみる．動作問題ナシ．それから昨日の自動点検プログラム， root で動かしてもしょうがないんで sudo -u www で動作させる．他にも次の事故発生にそなえた仕掛けを．

しかしなあ …… cgiwrap にしろ suEXEC にしろ， web service 提供妨害といった何か邪悪な目的のためではなく，むしろユーザーの利便のためにもうけられたしくみに他ならぬわけだが …… まあ，使いこなせるようになるには研究が必要ですなあ．

いまさらながら (昨年の) 釧路大会といあわせ．公開講演会参加者数は …… 会場規模から憶測しておよそ 700 名．いちばんの問題は，なんでこの私がこういう回答のため資料検索やらんといかんのか，というあたり．

さて，生態学会大会といえば，次は新潟大会 (来年三月末) なんだけど，そのあたりで粕谷さんといろいろ画策している．

自由集会: これは毎回のごとく．今回は一般化線形混合モデル (GLMM)，つまり「個体差とか random effects ある状況でのカウントデータの統計モデル化」．私が一時間ほど入門的なハナシをやって，あと何人かのかたに「実際の適用例」を紹介していただく予定．
データ解析「合宿」: 詳細未定．大会終了後にどこかで開催する予定．内容としては「よくわからん問題紹介 → みんなで検討」が中心で講義みたいなのもいくらか．

で，私は自由集会のほう分担なんで，とりあえず (というか今ごろになって) 「実際の適用例」紹介してくださりそうなヒトたちにメイルだしてみたり．植物方面，すくない．それから個体群動態というか「数の変動」あつかってるヒトたちって，こういうデータ解析やらんのか? まあ，本邦では数の変化を調べる研究者集団自体が population drift に巻き込まれかねない，というハナシも聞いたような気もしないでもない．

個体群どりふとといえば保全生態学だが …… この分野での統計モデリングってどうなってるんだろうね．よくみかける GIS 上での「いる・いない logistic 回帰」なんかは GLMM を適用すべき典型的な事例だと思うんだが (ぢつは単純な GLMM よりもっと面倒な random effects を考慮する必要あるんだが …… geoRglm で計算するようなやつね)．

[11/11 は「ぽっきーの日」]

とかで，お茶部屋にぽっきー三種が．「ふーん， Men's とかあるんだ …… 知らなかった」などと無知をさらしたら，院生たちからばかにされてしまった．

本日，ふたりのかたから久保メイルは「文字ばけ」してて読めない，と報告いただく．原因をつらつら考えるに …… どちらも Mac の Eudora でメイル読んでる，ということに気づいた．たぶん Eudora の MIME な文字コード認識がスペシャルいいかげんなんだろう，と仮定してメイルヘッダーから日本語文字とりのぞいて送信してみると (gmail は Subject 以外は UTF で MIME エンコードするもんで)，問題なく送れた． Eudora，汝ほろびゆくメイラー．

また亀山さんにデータ構造おしえてもらいつつ，ツガザクラ地図作り．観測データは (前回とおなじく) 亀山さんたちが大雪山で今年の 7-8 月に執念ぶかく追跡された成果．本日はフェノロジー版．

いろいろ苦闘したんだけど，夜になってからなんとかできた．花の空間分布は先日図示したとーりなんだけど，こいつらは一斉に咲いてるわけではない．その移り変わりを作図してみた． Plot A → D と咲く時期が変わっていくのがわかるだろう．これが「雪どけ傾度」というやつなんですかね．

ともかくこういう時空データを把握するためには作図が必要不可欠．そして R でなきゃこんなのはなかなか作れない．やりかたがわからなければ， RjpWiki や竹中さん執筆の R でプログラミング：データの一括処理とグラフ描きで勉強してください．

これを大雪山で調査してる川合さんにお見せしたら「Plot A の中でもエゾ → アオ (ノツガザクラ) といった『傾度』あるでしょ」と指摘された．なるほど，同じ場所内でもけっこうずれてる．

1950 研究室発． 2000 帰宅．晩飯．

PukiWiki の ref plugin を少し改造．といっても一行追加しただけなんだが． plugin/ref.inc.php 内で <img ...> タグを出力する直前で

	$url = str_replace("http://LOCAL", "../..", $url);

なる行を追加．こうすると #ref(http://LOCAL/img/img.jpg) などと指定すれば， PukiWiki ディレクトリの「外」にある画像ファイルをはりつけることができる．

作図プログラムをだらだらと改良してたら，すでに真夜中すぎ．

[今日の運動]

だらだら休養日

[今日の食卓]

朝 (0840): 米麦 0.7 合．ハクサイ・ニンジン・ホッケすり身のスープ．ママカリ酢づけ．
昼 (1215): 研究室お茶部屋．米麦 0.5 合．ハクサイ・ニンジン・ホッケすり身のスープ．
晩 (2020): 米麦 0.7 合．ハクサイ・ニンジン・ホッケすり身のスープ．

ぎょーむ日誌 2005-11-11

2005 年 11 月 11 日 (金)