ぎょーむ日誌 2005-08-23

2005 年 08 月 23 日 (火)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0855 研究室着．
• 母子里葉群分布 MCMC 計算， こんどは入力まわりを改善して， 「途中経過」を読みこめるようにする準備． パラメーターファイルまわりもめんどうになるんで， まずはそちらを修正．
• 小林さんの Windows 機に R インストール． RjpWiki の ここ に記されてるよーにやらんといかん …… ということをど忘れしてて， Menu 文字が部分的に文字化け， とゆーか． 途中で Version for East Asian Languages を選ばんといけませんね． いやはや．
• まあとりあえずは稼働するんで， いっしょに動かしてみたり． しんぷるなのは R の利点だ． しかしながら， 初心者の視点でみるとたしかにちょっとそっけないかも．
• ついでに Tinn-R もインストール (本家はこちら)． 奥村さんというかたの 無料統計ソフトR(CRAN)で心理学 ペイジを参考にして日本語文字まわり設定． ゐんどーづ R も single window にすると， すっきりしててむしろいいような気がする．
• 母子里計算プログラムは改造おわったんで試験運転．
• 一区切りついたんで小林さんと昼飯にでる． 晴． 札幌市の気温 23-24°C ぐらい．
• A801 室の Dell 機には MCMC 計算やらせつつ， こちらは結果出力の作図プログラムをいろいろ作ってみる． たとえば， 葉っぱに「その場の明るさ」をつけてみたり．

[葉っぱでみる]

明るさ分布． 黄色・緑系が明るく， 青系は暗い (色勾配だけは R の rainbow(1000, start = .17, end = .7) で生成)． ふたつの処理区を強引にならべてみた (実際にはこんな位置関係ではない)． 「ぼかし」 は画像を縮小・圧縮するときに入ってしまったもの．

[緑だけで]

表現するとこうなる． これは単純に緑の level を変えてるだけ． 上の図はたしかに 「前衛芸術みたい」 だけど， 「自然ではありえない」 着色のほうが計算結果図示としては良いと思う． 緑だとよくわからん．

• まあ， ここから 「葉っぱごとに生産力とか蒸散とか計算できますよ」 とあぴーるするための作図宿題なわけで． ひと休み．
• 作図プログラムのアイデアもひとまず尽きたので， MCMC 計算の Perl モジュール改良． これは (時間のかかる) MCMC 計算を途中で終了しても (あるいは終了してから「まだ収束してなかったか」 と判明しても)， さらにその「続き」を計算できる， というしくみだ．
• つまり結果の出力である葉の位置・方向などを再び読みこみ， 計算林分の中に寸分たがわず再現する， というだけのハナシである．
• ということを実現する関数など書く． 試験運転． うん． これで問題なさそうだ． 必要な機能はほぼ揃ったか?
• 小林さんと晩飯にでる． その後， 作図宿題をかたづける．

• ササ区の計算， 25 万 step まで計算していったん結果出力． そしてさらにその状態を読みこんだ計算再開やらせてみたんだが …… やはり， 尤度というか対数尤度差わるく， しかもそれがぢりぢりと改善されつづける， という事態だ． 上の図とかながめてると， これって欠側値処理問題だな， とゆー気になってくる．
• 2215 研究室発． 2240 帰宅． 2310 自宅発北大構内走． 2410 帰宅． 体重 73.2kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 60 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): パン． ミニトマト．
  • 昼 (1340): 北大生協中央食堂． 発芽玄米ごはん S． 豚汁 S． ホウレンソウ・チクワ辛子あえ． ニラレバ炒め． 430 円． 569 キロカロリー．
  • 晩 (2030): 北大の南， 北 7 西 5 の定食チェイン店「ふか河」 (以前はセルフうどん店あったところ)， ホッケ塩焼定食． 680 円．