ぎょーむ日誌 2005-08-21
2005 年 08 月 21 日 (日)
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0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
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1000 自宅発北大構内走．
完全曇天ときどき小雨．
1120 帰宅．
体重 72.8kg．
昼飯の準備．
昼飯．
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1300 自宅発．
雨．
1315 研究室着．
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母子里 MCMC 計算，
次にやるべきことは
……
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結果出力まわりの整備
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葉っぱのカタチを球→円盤に変更
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葉っぱにおける明るさ計算
などかな．
結果出力まわりがそれなりに面倒そうなんで，
とりあえず着手してみる．
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1700
よーやくにして，
結果出力まわりできた．
毎度のことながら，
これはおもしろくないけどめんどくさいところだ．
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尤度時間変化 → 標準出力へ
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verbose 出力 → 標準エラー出力へ
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ハコ情報出力 →
output/fbox%6i.csv
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葉っぱ情報出力 →
output/leaf%6i.csv
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povray 情報出力 →
output/povray%6i.csv
まあ，
これらを指定したタイミングで出力していく，
と．
とりあえずファイル出力は 5000 step おき，
としてみた．
Dell 機に試験運転やらせる．
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ひとやすみ．
お茶部屋で井田君と進化学会仙台大会雑談
(私は参加しないんだけど)．
ぷろぐらむとかみるとやっぱり動物なヒトたちのほうが多いね．
あとあやしいモデルまわりとか．
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うわっ．
試験運転やらせてた結果で図を描いてみたんだけど
……
これってむちゃくちゃ収束わるかったんだね．
対数尤度の値がおちつくのは 14-15 万ステップあたりから，
か．
初期状態とかもうちょい工夫したほうがいいのかな?
いや，
人間の智慧でどうこうなる問題でもないような気も．
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母子里葉っぱ MCMC 計算プログラム改良のつづき．
結果出力まわりをつくったというのに，
こんどは葉っぱのカタチを変える試み．
当然ながら結果出力の書式も少しだけ変わるんだけど．
いや，
とにかくイヤなことを先にすませたかったわけで．
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葉っぱのカタチを変えるといっても，
上述のとーり球→円盤と変更するだけだ．
これは簡単で，
葉っぱに法線ヴェクトルをもたせればよい．
このときに法線ヴェクトルを単位ヴェクトルにしておくのが，
こういった計算の場合のこつである．
あとから光線ヴェクトル (これも単位化)
と内積をとるんだけど，
これがそのまま余弦関数になってて便利なわけだ．
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まずは，
法線ヴェクトルと結果出力まわり．
とりあえず
POV-ray
図にしてみる．
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さて，
かかるカタチ円盤変更に伴う光計算やりなおしだが
……
じつはこのあたり少しばかり面倒なことになる，
といまさらながらに判明．
ちょっとやりかたを考えんといかんな．
どうしたもんかな．
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空腹になってきたんで撤退．
1930 研究室発．
雨．
1955 帰宅．
晩飯．
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円盤光計算問題，
下校→買いもの→帰宅→晩飯の準備→晩飯のあいだに，
のそのそと考え続けていると対策の工夫がでてきた
……
葉っぱに
「光環境がらみの位置・方位の記憶」
を持たせりゃいいんだ．
つまり葉っぱが
「自分はハコの中でこういう方向の光にあたる位置にいて，
こっちから光があたったら投影面積はこれこれで，
あっちからだと
……」
とゆーふーに．
すごく単純だ．
たぶん高速に処理できるだろう．
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とコードをみなおしてたら，
また悪質なバグを見つけた．
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ハコ id 生成がへぼくて，
隣接ハコを見つけてない場合がある
(in
Initialization.pm)
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ハコ内の葉の「高さ」の計算まちがってる
(in
Light_calculation.pm)
つまり明るさ計算が不正確だった，
ということで
……
いやはや．
地環研 A 棟 8F 闇ネットにもぐりこみ，
プログラムを修正してまた試験運転
(葉は球状のまま)．
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まあ，
幸か不幸か計算結果はあまり変わらんよーで．
お，
尤度が高くなってる．
これは良い．
また，
直上の相対的な重要性が下がったので，
定常状態における葉数が増えてる
……
いやー，
MCMC 計算の結果はわかりやすい．
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で，
これからやろうとする円盤葉っぱに関する処理は，
現在のそれよりさらに難しくなる可能性が高い
……
そうならんように努力したいところだけど．
このあたりのデータ構造とアルゴリズムを寝ころがって考えてみる．
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図をかきながら，
「えーと，
x-y 平面の四方向をこういうふうに東西南北と仮称して，
東の下が西の上につながって
……」
と検討していくと，
そんなにややこしいしろものではない，
とわかった．
よしよし．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0820):
パン．
- 昼 (1230):
米麦 0.7 合．
メカブ．
ニラ・ナメコ・豆腐・昆布の味噌汁．
あいかわらず鍋炊飯．
当家の炊飯器，
こわれてから数ヵ月間放置してるんだが
……
自己修復用にインストールされてる
ナノマシン
の調子がよくないのか，
なかなか使えるようにならん．
- 晩 (2020):
米麦 0.7 合．
ネギ・豚バラ・卵炒飯．
ニラ・ナメコ・豆腐・昆布の味噌汁．
ミニトマト．
