ぎょーむ日誌 2005-07-20

2005 年 07 月 20 日 (水)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 今日は一日曇天がつづくかな? 0935 研究室着．
• 現在やってる計算そのものの見なおし …… うーむ， これもまたいつものごとく， ごまかしと計算めんどくささのトレイドオフ， なのか?
• などと考えてると， なぜかしら， この脈絡からはやや逸脱している， 距離加重カーネル計算の高速化の技法おもいついた． これまたいつものごとく， メモリと速度のトレイドオフで， カーネル格納する行列のサイズを 4 倍弱にすることで 少なくとも 10 倍は計算が速くなる． 精度オチは無し． 今まで気づかなかったほうが阿呆なんだけど． さて， 実装してみますかね ……
• ばぐと戦いつつ R プログラミングぢりぢり進捗中．
• 1330 終了． 計算は …… むちゃくちゃ速くなった． なにしろ 262.4 秒を費していた処理を 5.9 秒に短縮できてしまったんで． 44 倍以上の高速化 …… いやはや， これっていままでがマヌケすぎたんだろーね．
• そのトリックは簡単なもので， 下の図のごとし． 二次元離散空間カーネルについて考える． 調査地のサイズが小さい正方形わくと同じだとすると， その二倍 (弱) の「サイズ」の行列を用意する (図全体をしめる正方形)． この行列の中央を中心とする距離加重カーネルを「設置」する (カーネルの値は gray() で示されている)． あとは， 「調査地わく」のほうを動かしてやって， このカーネルを切り取り， edge effect 勘案するため規準化してやればよい．

[逆転の発想とゆーか]

正方形 (長方形でもいいんだけど) の調査地内に点在する 樹木個体それぞれについて edge effect を考慮した距離加重カーネルを与えたい． 上述のごとくカーネルを準備し (外枠の正方形におさまる)， 個体の位置にあわせて切り取り & 規準化すればよい． (上が北だとすると) 調査地の東端に樹木個体 A があれば， 赤線で示した範囲， また調査地の北西にある樹木個体 B なら青灰線で示した範囲を切り取る．

• うん， これはいろいろと応用のきく計算ワザだ．
• 以前は調査地内の樹木個体ごとにカーネルを生成 やっていたんだよね …… 時間かかるはずだわ．
• 1350 北大構内走． いーぐあいの曇天． 1440 もどる． 昼飯くってるとまだ 1500 でないのに 「昼ごはんなんか食べてる場合じゃないですよ!」 と大学院生におこられる． さっさと片づける．
• 1500 A 棟 7F 「夜逃げ」退官あと地のかたづけ手伝い． 三浦さんが英雄的努力でもって， 「図書室」と称されていた部屋の 本棚から合計 1 トンぐらいありそうな本どもを箱づめしてくれたんで， それらを 2F の地環研図書室に移動せよ， という内容． 10 人ばかり & 台車三台を回転させて 30 分ほどで作業終了．

[箱づめ書籍]

大半は捨てても誰も困らないしろものだ …… 図書館はこれをどうするつもりだろうか?

• お茶部屋でうちあげと称して， ビールだのお茶だの．
• 昨日のばぐ取りの続き． これは結局のところ空間の切りかたの問題とわかった． 粗く切りすぎるとカーネルが規格化できん． このあたりのエラーチェックを追加．
• 2120 研究室発． 2140 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． コマツナあえもの． キャベツ・モヤシ・ナメコ・サケあら・コンブの味噌汁．
  • 昼 (1445): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． キャベツ・モヤシ・ナメコ・サケあら・コンブの味噌汁．
  • 晩 (2240): パン． コンブサラダ． ニンジン・タマネギ・セロリ・豆腐のカレー． 研究室お茶部屋に残置されてたローズマリーどかっと入れたら， かなりキビしい味になってしまった．