ぎょーむ日誌 2005-07-13
2005 年 07 月 13 日 (水)
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0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
なぜか
MCMCpack
の解読を少々．
これ，
C++ で書かれた extension
(
MCMCpack/src/MCMClogit.cc とか)
読まんと何やってるかよくわからん，
ということがわかった
……
といっても，
Metropolis やってるだけなんだが．
そして MCMCpack 開発者は ``Effective C++''
などを熟読せざるをえなかったよーな，
不幸な過去はもたなかったよーで．
0840 自宅発．
晴．
0855 研究室着．
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つまり MCMCpack というのは，
かかる extension 開発環境なのだ，
と理解すべきなんだろな．
Dirichlet 分布とか Wishart 分布とか使えるし．
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しかしだとすると，
BUGS
なんかとはちょっとおもむきの異なる道具，
ということになる．
開発者たちの書いた
``Applied Bayesian Inference in R using MCMCpack''
読むと，
The design philosophy of MCMCpack is quite different
from that of the BUGS language.
だの
... we emphasize that we view BUGS and MCMCpack as
complimentary tools for the applied researcher.
だのと書かれてるな．
どうなることやら．
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おーぷん大学雑用．
研究室メイリングリストに「分担してね」投稿．
そのめんどくささはこんなかんぢで．
久保です．今年も Open University
http://www.hokudai.ac.jp/bureau/nyu/open/
なるものが 8/1 (月) に開催され，ここの環境科学院もそれにあわせていろい
ろ展示やります．われわれはポスターを作ってはりだすだけです．
このポスター作りとそれと連動してる Web 上の研究室紹介
http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/introduction/index.html
を更新するので，皆さんの手助けが必要です．以下に説明しますので，よろし
くお願いいたします．
そもそも A 棟 7-8F には
1. 「起学」 (高田さん・露崎さん)
2. 「生物圏・生物多様性科学コース」 (工藤さん，院生：川合さん，井田君)
3. 「生物圏・植物生態学コース (と旧地域生態系学)」 (その他)
なヒトたちがいることになってます．私が作ろうとしてるのは 3. 用です．
生物多様性についてはすでに工藤さんたちがポスター作られました．しかし
Web 版案内は更新するべきかと考えてます (後述)．起学は何がどうなってる
のかよくわかりません．
さて，「植物生態学コース」といった場合，春木さんの研究室と低温研の原・
隅田・小野研究室の紹介もふくみます．
8F エレヴェイター横にはりだされている (昨年の) ポスターみてもらうとわ
かりますように，紙のポスター上で紹介できる話題の数は 12 個です．春木さ
ん・隅田さんと相談して，各研究室の話題数は
春木研: 2，低温研: 3，その他: 7
という配分になりました．ここでは最後の「その他: 7」について，皆さんに
仕事の分担していただきたい，と考えています．当方で勝手に分担きめました
ので，あたってしまった人たちは周りと相談して作業を進めてください．
以下，Web 版
http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/introduction/index.html
を参照しつつ，
====================================================================
[昨年の使いまわし，ほとんど改訂する必要なし (改訂してもよい)]
「阿寒」 (担当: 北村君)
「苫小牧・樹木」 (担当: 石橋君)
「苫小牧・草本」 (担当: 小菅君)
「シミュレイション」 (担当: 長谷川さん)
「大雪山」 (担当: 川合さん)
川合さん・亀山さんの研究を反映して作りなおしてもらってもいいです
(「生物多様性」に含まれる研究になるんで紙のポスターには掲載しないか
もしれないけれど Web 版には掲載します)
====================================================================
[改訂してほしいもの]
「サロベツ」 (担当: 西村さん)
小山さんの研究も反映して文章・画像を変更してください
「駒ヶ岳」 (担当: 松田さん)
松田さんの研究を反映して改訂ください
「ポリネイター」 (担当: 井田君)
井田君の研究を反映してください (ほとんど新規作成?)
(「生物多様性」に含まれる研究になるんで紙のポスターには掲載しないか
もしれないけれど Web 版には掲載します)
「シウリザクラ」 (担当: 森君)
森君・小林君の研究を反映したものにしてください
(「父親樹木の推定」とでもする?)
「インドネシア」 (担当: 塩寺さん)
二案あります: いそがしければ現状のまま;
もしよろしければ，牛原さん・高田さんの研究も反映して
「葉寿命」のハナシにしてください
====================================================================
[新しく作る]
「知床」 (担当: 庄山さん)
「(高田さんの研究?)」 (担当: 高田さん)
====================================================================
以上です．「その他」の個数として「7」を超えていますので，紙のポスター
に掲載するのは上記の中から 7 個えらびます (「その他」かつ修士課程院生
の研究を優先)．Web 版にはぜんぶ掲載する予定です．
とりあえず 7/25 ごろまでに準備していただけるでしょうか．準備していただ
きたいのは，ひとつの話題につき，
・画像ファイル (写真など) 横:縦 = 4:3 で 640x480 以上の解像度のもの
・ボックスの題名 (20-40 字ぐらい)
・画像ファイルの説明文 (120-160 字ぐらい)
です．不明な点がありましたら，久保までお尋ねください．
いやはや，
どーなることやら
8/28 (日) 0800-1800 全学停電の通知．
沖縄アリ会議の旅程の自滅的ごたごた．
結局 7/30 (土) の移動は不可能．
最初の予定どおり 7/29 (金) に移動．
キャンセル料発生かつ
Trendy セミナー
参加は不可能，
と．
7/27 (水) 千歳空港に客をむかえにいかねばならんことに．
甲山さん主宰 (?) 7/28 (木) IGBP な会議のため
(この日も helper 的雑用)．
てことは
……
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7/27 (水) 千歳往復
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7/28 (木) IGBP 会議 helper (worker?)
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7/29 (金) 札幌 → 羽田 → 那覇
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7/30 (土) アリ会議
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7/31 (日) アリえくすかーしょん?
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8/1 (月) 琉大でアリ雑談?
北大ではおーぷん大学
(誰かにポスターはってもらう)
-
8/2 (火) 那覇 → 羽田 → 札幌
うう，
7/27 (水)
ごろにはおーぷん大学のポスターを完成させとかんといかんわけね．
科研費で買った本 8 冊ばかり，
北大生協からとどく．
何冊かぱらぱらとみると
……
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「経済・経営のための統計学」
(共著者多数, 2005)．
よさげなところは，
こんぱくとで
R
based で最尤法 (基本と logit モデルとの対応)
・簡単な Bayes 推定・MCMC (MCMCpack 使用)・Gibbs sampler
解説あること．
たしかに Amazon 書評にあるようにハンパなのかもしれないし，
また経営学・会計学・経済学の章など
あまり自然科学系には有用そうでないところもあるんだけど
……
しかしマーケティング章「多項ロジット・モデル」の解説などは
多くの生態学研究者が道具にしたいところだろう．
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「ベイズ計量経済分析―マルコフ連鎖モンテカルロ法とその応用」
(和合肇編著, 2005)．
これまた経済方面の解析例ばっかりなんだけど，
MCMC 法の説明がかなりていねいに見える．
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「状態空間モデリングによる時系列分析入門」
(ダービン & クープマン, 原書は 2001; 訳書は 2004)．
状態空間モデリング，
とはここらへんで言うところの
「隠れ」変数モデルの別名と考えてよいのだろう
(ただし必ずしも Markov ではない)．
EM アルゴリズムによる反復最尤推定法の解説などもある．
というようなあれこれとメイル書きとかで昼飯前はオワってしまった．
昼飯．
みなさん，
調査とかにでかけてしまって人口密度ひくい．
ぽすたー分担，
だいじょうぶなのだろうか．
なんだかまたデータ解析こんさるメイル書き．
すると広島から生態学会雑用．
事務局用メイルアカウントいくつか作れ，
か．
ぱすわーど考えるのがめんどうになったんで，
R でぱすわーど生成関数を書く．
R って生態学会雑用にも有用なんですね．
> passwd <- function() {
+ moji <-c(letters, LETTERS, 1:9) # 0 は使わないことにした
+ paste(moji[ceiling(runif(12) * length(moji))], collapse = "")
+ }
> passwd()
[1] "vgTpeHPo2RAE"
> passwd()
[1] "OX7FYatvtizH"
> passwd()
[1] "wX4mQgT3oA12"
これが用ずみになってから
paste(moji[ceiling(runif(12) * length(moji))], collapse = "")
ってのは
paste(sample(moji, 12, replace = TRUE), collapse = "")
と書いたほうがすっきりする，
と気づいた．
まぬけだ．
甲山さん (AppleMail) から UTF8 なメイルが来る．
これは私の Mew-1.94
では読めなくて
……
どうやって解毒すればいいのかド忘れしてしまった．
ぎょーむ日誌にも記録してない．
かとーさんに相談してよーやく思い出した．
Sylpheed
使えばいいんだ．
で，
その内容というのがくだんの 7/28 IGBP 会議の
こんなの
であンまりおもしろそうでは
……
1600 から一時間ほど
フィールド科学センター
M2 大澤君のデータ解析こんさる．
えー，
問題は supervisor たる齋藤さんの統計モデル観にあるんぢゃねーの，
という気がしてきた．
ともかく統計解析をわけわからん
「ぶらっくぼっくす」の集積としてとらえるのはやめたほうがよい．
そして，
ナゾの R コードを見せられたわけだが
……
なるほどコレは苫小牧の平尾君作．
見た瞬間に気づくべきであったなぁ
……
ってのも，
平尾君をおいて他に誰がかかる R コード書くというのだろうか?
今日も進捗せんかったなぁ，
と反省しつつ撤退．
いや，
「こんさる」とかはこっちもかなり勉強になるんだけどね．
1820 研究室発．
1900 帰宅．
2110 自宅発北大構内走．
2155 帰宅．
体重 74.0kg．
晩飯．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米麦 0.7 合．
ミズナ・豆腐・サバブシの味噌汁．
コマツナあえもの．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
コマツナあえもの．
- 晩 (2240):
米麦 0.7 合．
ピーマン・ニンニク茎・ネギ・ショウガ・砂肝の炒めもの．
ミズナ・豆腐・サバブシの味噌汁．