ぎょーむ日誌 2005-03-17

2005 年 03 月 17 日 (木)

• 0840 起床． いかん， 生活周期がずれつつある． 朝飯． コーヒー． 0945 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 最大化対数 pseudo likelihood (MLPL) を比較しつつ， 次の計算すべきパラメーターをきめる． あるていど大きな樹木も考慮する， という方向で計算開始． 現時点での計算プログラムだと， 4 season で 90 分ぐらい．
• おっと， うだうだしてるうちに最初の計算結果が …… 予想どーり MLPL は改善されている． そして， やはりミズナラだけが「他樹木からの影響あり」か． どうしてミズナラ (をかじる leafminer たち) だけなんだろう． いちばん簡単な説明としてはそこがサンプル数がいちばん多いから， というものなんだが．

  	> load("cb0.005/output1.RData")
  	[1] "results"
  	> sapply(names(results), function(spc) nrow(results[[spc]]$mple$data))
  	 Am  Ap Cac  Mo  Qc  Tj 
  	 94  70  68  40 163  57 
  

• ミズナラの空間集中性とかも検討せんといかんな． えーい， こういう解析では「まず地図を描く」 というのが鉄則なのに．
• ぱいぷ樹木 発注者たる甲山さんから「こういう計算はどうだろう」 アイデア． 簡単にいうと， 非同化部を「透明化」することで， 非同化部の (呼吸以外の) 「コスト」をみつもる， というハナシ． まー， ぱいぷ樹木の光計算は近距離精密型 & 遠距離おおざっぱ型， というバイアスあるわけですが …… ともかく， こういう単発なアイデアで計算していく， という「びぢねすモデル」は良いのかもしれませんな．
• などといろいろあるんだが …… 苫小牧 からの GLM 質問メイルへの回答かき． えー， ここしばらく質疑やりとりしてる相手はじつは田中健太氏である． 昨日， 質問よんだときには意味がよくわからなかったんだけど， 手もとで実例を (こういう状況なんだろう，と想像しつつ) 構築していくと， どういう内容なのかよくわかってきた．
• 生態学研究者には線形モデル的なモデリングをやるときに 「交互作用」 な項を重視ですよええそうですともなヒトたちが多いんだが …… その「交互作用」だけ が重要とか言いだすってのは …… そりゃ， 線形モデル (一般化線形モデルを含む) のいわば破綻してるがごとき状態でありますよ． いやはや． ともあれ， 手もとで作った実例でもって乱数生成・推定計算させつつ回答かき．
• こういう線形モデル破綻な状況では R の stepAIC() なんかはある意味やくにたたん， というべきか何というか． まあ， stepAIC() は線形モデルの「内部」を探索してくれるもんだからねぇ． あたりまえのことだけど， いままで気づいていなかった．
• 昼飯調達のついでに北大生協書籍部をふらふら． ぎょーむ日誌に ``Gibbs 分布'' なるコトバがちらほらとでるけれど， これって統計力学ではあまり使わん言いかただよなぁ …… とそこらの教科書のさくいんをひっくりかえして確認 (こういう教科書ではカノニカル (canonical) 分布あるいは正準分布 などとよぶ)． しかしながら， ネット上ではよく見かけるコトバなんだよね (検索例: Gibbs distribution)． 蛇足ながらぎぶすとは Gibbs の自由エネルギーとかで知られる 統計力学の基礎を確立した温厚なるアメリカ人です (検索例: Josiah Willard Gibbs)． 研究室にもどって昼飯．
• 昼飯後もまたべつの統計学こんさるメイル書き． R の glm() とかで得られた結果での， 「絶対的な」 (と言っていいのか?) あてはまりの良さとは residual deviance であります (ただし null deviance との比較も必要だろう)．
• 苫小牧 の平尾君からおもしろい R プログラム送ってきた． こういう捕食寄生者 vs 宿主の量的食物網 (QFW) を自動作図する， というもの (ただし作図に使ったデータはダミー)．

• QFW なるものを世の中にひろめたのは (おそらく発明したのも) Silwood CPB の Charles Godfray である (こんどの大阪大会 にも招待されてんだよね …… いやはや)． で， 世界のあちこちの Silwood ふぁんたちは Godfray 自身による作図プログラム (in Mathematica) でこういうのを描いてるんだけど， 平尾君はそれを R 化しつつある， ということで．
• 苫小牧 parasitoid モデリング調査地の 5 plot の「地図」を描いてみて， 今さらながらにおどろく． ミズラナばっかりぢゃん (動揺のあまりミズナラを「ミズラナ」と誤入力)． 円の面積は憶測 host 数に比例．

• ちなみに 円の面積を憶測 host 数の対数に比例させると， こうなる．

• 1700 苫小牧の平尾君が札幌事務用事のついでに こちらにきたので， とりまとめの方向など検討． 平尾君の発表に関しては， 材料がでそろいつつある， というかんぢで．
• 1950 研究室発． 雨． 雪どけ進行中． 2000 帰宅． 体重 74.0kg．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): ヨーグルト．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 北大生協ハンバーガー．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． ネギ・高野豆腐の煮物．