ぎょーむ日誌 2005-03-15

2005 年 03 月 15 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• 昨日のあれこれについて， 苫小牧に説明メイルを書く． メイルを書くとアタマが整理され， 計算の「改善点」にひとつ気づいた (しかしもともとがあまり良くないモデルなので この程度の改善とやらによって本質的に良くなるわけでもない)．
• ともかく書くのに， これに二時間ばかりを費してしまった． メイルかいてる途中で， 上記の「ばぐ」に気づいたのでプログラムの書き直しと 再計算操作なんかに時間とられてたりもしたのだが．
• で，

  これの具体的な関数型としては f(d) = exp(-0.02 * d) というような密度の減少関数です…… と書いたところで， ちょい失敗をやったことに気づきました． d は現在のところ寄生された host 密度 (樹冠全体推定数) にしてますが， おそらくこれは host 全体にしたほうがマシかもしれません．

  なる修正の計算結果だが …… 結果がひっくりかえってしまった (しかしこの数時間後にさらにひどい状況になる， それを知るものはまだ人類のだれもが知らないことであった)． こんどは apparent competition アリ， の方向ではないか (しかもミズナラ以外は同樹種間の影響が少ない) ……

• このよーに計算結果がかわってしまった， という説明は下の図によって行なわれるハズである． このモデリングは「密度」がもっとも重要であるはずなのに， その憶測がきわめていいかげんなわけで ……

• 昨日はタテ軸の値を使ってたわけだが， 本日は横軸のそれに修正したわけで …… まあ， わかることは， 現在の密度憶測方法だとばらつきがでかい， というか． つまり， 大樹木の場合， 「どれぐらい leafminer いるか」 「どれぐらい寄生されてるか」 はごく一部のシュートだけみて推定していて， その標本での寄生率が少ないと「樹冠まるごと寄生率ひくい」 という推定をやってしまっているんだよね ……
• まあ， たぶん横軸を使うほうがやはり正しいのだろう． ということで， 昨夜の計算結果はぜんぶアウト， か． まあしょうがない．
• 今回の大阪大会にはまにあわんけれど …… 「サンプルから得られた限られた情報から， 観測されてない leafminer の密度とその寄生されぐあいを推定」 ってのはまさに統計学的問題だよなぁ． 解決策のひとつとしては， 隠れ Markov モデルの導入ということになるだろう． で， MCMC 法と EM アルゴリズムを併用してパラメーター推定する， と． まあこのあたりは以前から 「こういうふうに解かなくては」 とわかっていたんだが．
• 新しい計算結果でた． 計算プログラム改修による新しいまちがいの混入はナシ， と確認できた． 時刻はすでに 1220 か．
• 昼飯． 昼飯直後にかなりあんぽんたんなプログラミングまちがい発見． いやはや最大化 pseudo likelihood に標本数

  	> summary(d$Sp)
  	Am  Ap Cac  Mk  Mo  Qc  Tj 
  	94  70  68  15  40 163  57 
  

  が反映されてない， というのが発見の発端だったんだけど． うーむ． 一週間以上きづかなかった． ただちに修正． 計算はゼロからやりなおし …… といっても今まで使いものになりそうな結果が得られていないのは， まあ不幸中のさいわい， とでも理解すればいいのかもしれんが．
• このばぐを直すと， randomization によって計算がうまくできなくなる場合がある， ということがわかった． もともとの平尾プログラムで try() で強引に計算してた理由はコレか ……
• 私はそこまで強引ではないので， randomization をしくじった場合には配列やりなおし & 再計算， を命じることに …… しかしながら R の制御構造には unless がない． しかしながら無限るーぷ repeat はある． ということで，

  	repeat {
  		density.randomized <- randomization(...)
  		fit <- glm(...) # MPLE 計算
  		if (fit$converged == TRUE) break # 終了
  		cat("ERROR: failure in conversion; retrying ...\n") # やりなおし
  	}
  

  としてみる．
• このような試行錯誤しつつ， 昨日とおなじく計算まち時間に副業をこなしている． 内容はやはり昨日と似たようなもので三次元作図． 電気盆栽の時間発展の図をつくれ， というもの． 発注者は甲山さん．

• どうも私の場合， やはり (何のつながりもない) ふたつの作業を同時にやるとアタマが かなりへろへろになるような気がする．
• ことあるごとに札幌の会議に呼びつけられる 苫小牧 の村上さんが， そのついでということでこちらにあらわれる． ちょうど計算がうまくいかなくてうだうだしてたので， そのあたりを説明してみる …… というのも， 他人に説明すれば難しい問題の解決の糸口がつかめるからだ．
• で， 村上さんと話してるうちに， なんでこの計算がうまくいかない場合があるのか (樹木いれかえ randomization において) といったことが理解できるようになってきた …… つまり， randomization するとデータが x 軸 y 軸上 「だけ」 にのることがあり (いわば寄生率の曲線が直角に二回おれまがったようなカタチになる)， これをむりやり logistic 回帰しようとすると 推定されるパラメーターがむちゃくちゃくに大きくなる， ということだ．
• さーて， この問題をどう回避するか， だが ……
• などとうだうだと話などして 2000 研究室発． 村上さんと大学ちかくで晩飯． 2140 帰宅． ばてた．
• [今日の運動]
  • 不本意なる運動休養日 …… そろそろ昼間の北大構内走を復旧するべきかもしれん．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): バナナ． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． 麻婆豆腐．
  • 晩 (2040): 北 13 西 3 の ごはんやデンスケ のおすすめ弁当 750 円． 玄米・サンマ・あんかけ豆腐・カボチャ煮物など． ここに入るのは初めて． 「朱蔵」が撤退した現在では， 地環研もよりの和定食屋かも．