ぎょーむ日誌 2005-02-11

2005 年 02 月 11 日 (金)

• 1030 起床． 朝飯． コーヒー．
• Perl なメイルフィルター SpamAssassin の update でぢたばたする． Vine Linux 3.1 の SpamAssassin 一式
  • perl-Mail-SpamAssassin-2.64-0vl2
  • spamassassin-2.64-0vl2
  • spamassassin-tools-2.64-0vl2
  の rpm をインストールしてる状態から， 最新の 3.0.2 に更新した (これは CPAN から直接取得)． インストールしたら，
  • sudo /etc/init.d/spamassassin restart が必要
  • bayes db version 2 is not able to be used, aborting! at... といった警告が出るので， このあたり みながら修正
  他にも .procmailrc のオプション指定の変更とか． このあたりは警告みながら変更すればよい．
• あの R Tips の舟尾さんの R 本 ``The R Tips - データ解析環境 R の基本技・グラフィックス活用集 -'' がもうすぐ出版される， と 霜月さんところ で知る． 自由集会 ペイジの参考文献に追加する．
• たしかに， 生態学会大会の会場で R 本とか販売するのは良いことだと思うし， どれぐらい売れるのかたいへん興味ある …… あ， しかし出店の申し込みしめきりは 昨日 ではないか．
• 1600 自宅発の北大構内走． 天気予報はずれて晴れているけどすごく寒い． 1650 帰宅． 体重 73.8kg． 昼飯 …… ってもう日没時刻なんだが．
• あ， いかん． 怠業．
• 1915 自宅発． 夜． 1925 研究室着．
• 先日からうだうだと一般化線形混合モデルの性質なんぞを調べてるもとになった biometry 投稿質問， よくよく読み直してみたら， 生存時間分布の問題だった …… われながらここしばらく阿呆阿呆度がかなり強まってきているようだ． ということで， これは他ならぬ 生存時間解析 である． えー， つまりまた私がカンちがいしており， 粕谷さんのご指摘のほうが正しかった， ということで．
• このあたり， 私はやったことないんだが …… Cox の比例ハザードモデルとかで， R で計算すんなら survival package の coxph() あたりか． ここで nested な構造を扱うには cluster() なる項を用いるらしい …… いや， ちがう． frailty() を使うほうが 正しいよーで?
• CRAN に kinship なる package あり， これに coxme() という ``Fit a mixed-effects Cox model'' な関数あるけど， これはバグあって動作しない …… 動かすと

  > coxme(Surv(time, status) ~ rx, data=rats, random= ~1|litter)
  Error in coxme(Surv(time, status) ~ rx, data = rats, random = ~1 | litter) : 
          couldn't find function "coxph.wtest"
  

  と止まるわけだが， 問題の coxph.wtest とはユーザーからは呼び出せない関数なのである． やれやれ．
• と思ったら， 作者 Jing Hua Zhao 氏の FAQ ペイジに何やら書いてある …… が， どうもこういう小細工は， 非ゐんどーづ版 survival package (ver.2.16) には通用せんよーで． そもそも coxph.wtest <- function(...) ... が見つからん ……
• ハンパなまま撤退． 2350 研究室発． 2400 帰宅． 晩飯． ちょっと生活周期がずれぎみ．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1040): クラッカー．
  • 昼 (1710): うどん． ネギ・卵の炒めもの．
  • 晩 (2420): スパゲッティー． レトルトパウチドカレー．