KuboLog 2005-02-08

2005 年 02 月 08 日 (火)

0700 起床．朝飯．コーヒー．また MCMC 問題の検討に没頭してしまう． 0920 自宅発．曇．気温高い． 0930 研究室着．

インドネシアデータ解析用のプログラム書き in R． 1150 どーにかこーにか中核部分というかいちばん面倒そうなあたりできた．あとは，少しひねるだけでいいんだろう．たぶん．今日は甲山さんきてないんで，これ以上はススまん．

[いまいちアヤしい]

直径成長の分布．まあ，全 159 樹種こみだから，なのかもしれないけど．直径のばらつきはガンマ分布を仮定．平均は exp(線形予測子)． offset 項として観測間隔を指定 (というのはちょっとイヤなんだけど，割り算値とか使うよりはマシなんで)．分散は平均の定数倍 (このデータでは分散は平均より小さい)．よって， glm() とか使えない．こういう場合は尤度関数を自分で書き， optim() など使って最尤推定値を計算する．

統計学本などぱらぱらと見てから昼飯．石井さんに指摘されてかなりまぬけな思い違いをしてたことに気づいた …… なめらかな平面で静止してる質点 1 (質量 m) があったときに，これに同じ質量で速度 v の質点 2 をぶつけたらどうなるか．質点 1 が v で動き，質点 2 は衝突点で止まる．これが正解なんだけど …… 私は「質点 1 と 2 がいっしょになって動く」などと考えていた．これは先日の「ミトコンドリア = 葉緑体説」と同じぐらいひどい．本邦における「理科ばなれ」「学力低下」問題は深刻なものと言わざるをえない．

で，何の話をしてたかというと，宇宙ごみ (space debris) のことなんだけど．私は静止軌道 (高度 35785 km) あたりのゴミのたぐいはあまり重要じゃない，と思っていたんだけど，こういう図みると，静止軌道にもいろいろあるような気分になるなぁ．ということで，地球近傍のモノの分布とその挙動について，もっと理解せねば，と反省したのであった．

1500 より講座セミナー， M1 石橋君による屋久島の照葉樹 21 樹種の枝先の葉っぱのつきかた，というものであったが …… 甲山さん (本日は不在) ぽりしーの影響で，むやみやたらと多樹種ではあるんだが (私は生物二種間の比較ですら「こりゃ難しい」と思えてしまうんだけど)，そのオトシどころが何も見えてこない．なンか「照葉樹の枝先形態形成の一般理論」みたいなの考えるわけ?

セミナー後，お茶部屋で屋久島雑談．同じ調査地で葉っぱの性質しらべてる M1 牛原さん (来週の講座セミナー担当) のハナシを拝聴する．こちらも難物っぽいけれど，つまるところ「葉の寿命は窒素にどう影響されているか」あたりに軟着陸できるような気がする．すなわち数の変化をモデル化すればよいのであって，そのたぐいの確率論的モデルであれば努力すれば何か推定できるはずだ．

で，石橋君のほうだが依然としてよくわからん．長谷川宣教師殿に照葉樹のシュート形成の説教をいただき，これについては以前より理解がマシになった．その理解をもとにワタシ的に単純化した問題を定義してみると「葉っぱの位置の間隔を (照葉樹一般に関して) 数理モデル化せよ」あたりになりそうなんだけど，おそらく指導教官はそういうふうには考えてはいまい．

屋久島ばてしたので撤退．本日の呪われキーワードは「多樹種」． 1950 研究室発． 2000 帰宅．晩飯．

biometry に投稿された難問にひっかかる．いくつかの処理をほどこす室内実験で得られた「生き死に」データの解析，処理内にブロックあり，というもの．いやはや，簡単に

glmmPQL(
	dead ~ 1 + toxicity,
	random = ~ 1 | plot/id,
	family = binomial("logit"),
	data = data
)

とでもやれば良さそうなかんぢなんだけど …… 乱数例を作って推定させてみると，この推定結果がぢつに劣悪なのである (random effects に関して --- ブロックの効果と個体の効果の区別がついてないような推定結果だ)． lme4 の GLMM() も同様．どうしてこの程度の問題がうまく解けないんだろう．標本数が少なすぎるのだろうか．

このあたり乱数実験でもっていろいろ調べていると，時刻はすでに 2600 すぎ．

[今日の運動]

腹筋運動 30 × 3 回．腕立ふせ 5 × 3 回．

[今日の食卓]

朝 (0720): パン．ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のカレー．
昼 (1240): 研究室お茶部屋．米麦 0.8 合．お茶部屋にあった炒飯の残り，ありがたく頂戴いたしました．
晩 (2200): ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・大豆のシチュー．

ぎょーむ日誌 2005-02-08

2005 年 02 月 08 日 (火)