ぎょーむ日誌 2005-01-22

2005 年 01 月 22 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• heterozygosity は 1 - Σi pi2 なる定義のせいで計算めんどう， とか書いてたけど， やってみたら簡単にできた． というか， このあたり計算問題というより notation の整理の良否できまるんだよなぁ …… でやってみると下位と上位 (e.g. 個体と集団) の heterozygosity の差は …… homozygosity × (集団サイズ - 1)? なんぢゃこれは． 計算はあってるけど (後記: この計算はまちがい)， 意味不明だな． ということで Shannon-Wiener 情報量のほうがマシかも， ということで．
• 1530 自宅発． 雪． 半年ぶりぐらいに旭屋書店にたちよる． バクスター「真空ダイヤグラム」入手． 1650 研究室着．
• AMOVA 使えるかも， というご指摘うけて，

  Excoffier, L., Smouse, P.E. and Quattro, J.M. (1992) Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA restriction data. Genetics, 131, 479-491.

  を読んでみる． 理解すんのに時間かかってしまったわけだが (こんなことやってる場合でもないんだが) …… いままで AMOVA (analysis of molecular variance) という名前と「分割表」しめすスタイルから， 世によくある 「なんでも ANOVA」 なる阿呆っぽい手口の亜流かと思っていたんだが， そうではなくなかなか面白い． ポイントは additive な遺伝的距離を定義するところで， これさえできれば線形モデルの問題に帰着できる．
• えー， しかしながらここ数日うだうだとやってた問題は， allozyme な頻度をとりあつかうもんなんで …… たぶん additive な距離を定義できないだろう．
• しかし， この著者の Excoffier なるヒトはハプロイドの最尤推定だの， 連鎖不平衡の尤度比検定だの， けっこういろいろと面白い推定計算法かんがえてるねえ． 生態学のデータ解析もせめて集団遺伝学のこういったのと同程度には おもしろくなってほしいもんだ．
• 2120 研究室発． 2130 帰宅． 晩飯．
• 苫小牧のほうの平尾君にその randomization ヘンじゃない， といったメイルおくってから， ようやくにしてなぜヘンなのか理解できた． いやはや …… なんというか自分で計算してないと， カンが働かないというかますます問題点がわからない， というか． このあたりはいらいらさせられる．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ワカメ・豆腐・卵の炒めもの．
  • 昼 (1400): マカロニ． タマネギ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のビーフシチュー．
  • 晩 (2240): マカロニ． タマネギ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のビーフシチュー．