ぎょーむ日誌 2005-01-21

2005 年 01 月 21 日 (金)

• 0830 起床． アタマこわれぎみだな． 朝飯． コーヒー． また集団遺伝学とらっぷ． 1000 自宅発． 晴． 1010 研究室着．
• なんかさー …… heterozygosity って， ようするに遺伝子の多様性ってのとおんなじですよねえ． で， 1 - Σi pi2 なる安直定義のせいで， ひどくあつかいづらい． だったらさー， 多様性をあらわせれば何でもいいっていうんだったらさー， heterozygosity なンかより Shannon-Wiener の情報量 Σi pi log pi のほうがよっぽど便利だと思うんだけどさー． 便利な理由: 個体内多様性・集団内 (個体間) 多様性・集団間多様性・ 「種間」多様性に分割可能だから．
• とゆーようなあたりの計算うだうだやって昼飯まえの仕事が終了． 昼飯． 粕谷さんからご指摘メイルいただく． うわっ， heterozygosity を heterozygocity などと書いていた． あわてて修正．
• で， Shannon-Wiener 情報量を遺伝学的多様性に使ったときの ご利益を確認する計算のつづき． かんたんなものなんだが， ひどく手こずる …… とゆーかですね， 計算まちがいだと思ってたのが， じつは意味のある結果になってたわけで．
• ある集団があったとして， それを構成する個体の個体内多様性 Hi' と 集団内多様性 H' が計算できたとしよう． Hi' にせよ H' にせよ， 「偏り」が少ないほうが多様性が高い， となる． では， 「個体間差異」をあらわす D = H' - E(Hi') はどうなるか? ここがぱっと理解できなかった部分で …… 得られた計算結果は「偏り」が大きいほうが D は大きくなる， ということを表現している． これもじつはあたりまえのことで， 遺伝子がどの個体にもひとしくばらまかれてる状態より， 偏りが大きいほうが個体間差が大きくなる， というだけのことだったわけで ……
• ともあれ， この計算方法で何重にも階層性をもつ多様性の構造を 単なる足し算に帰着できることが納得できた．
• 個体内多様性， という奇妙なコトバがでたついでに， 昨日の「無性生殖 (正確に言うとクローナル繁殖) する生物の heterozygosity 時間変化問題」 について考えてみよう． 有性生殖する有限集団はおそかれはやかれ heterozygosity はゼロに落ち込んでいく． そして， ここがちょっとパラドキシカルなところなンだけど， クローナル植物はその繁殖様式ゆえにゼロに落ちない場合がある．
• 極端な場合を考えてみればよい． ある集団が単一のクローンで構成されていたとしよう． このときに， そのクローン個体内部で着目する遺伝子座がヘテロ接合になっていれば? その集団は「みかけ上」高い heterozygosity を永久に維持するのである． つまり減数分裂などしない繁殖様式では， 個体内部という「避難場所」を得られるので， 集団の遺伝的多様性は高いまま維持される， ということだ．
• …… というようなことを検討してから， 本日の集団遺伝学相談． 立花さんは Shannon-Wiener 情報量に興味をもってくれたけど， 発案者たる私はそれで計算をぜんぶやりなおすことをおススめできづ． というのも， その路線でいくと 最終的にはモンテカルロ法をつかって 「どのレヴェルの多様性『差』が重要なのか」 を特定せんといかんわけで， 修論提出時期が接近しつつある現時点では無理っぽいからだ． そして多くの聞き手にとっては heterozygosity だろーが Shannon-Wiener 情報量だろーが， 「わけわからんけどそれっぽい」 ものであれば何でもいいわけで …… heterozygosity から派生するもろもろ統計量の でたらめと言ってわるければ無根拠計算あれこれ見てれば， そう思えてくる．
• 四倍体クローナルな集団のナゾの heterozygosity 問題は， 上述の「個体内多様性」を計算してみて， これで説明できそうか， というあたりでハナシをまとめることに． 「雑種強勢」とか見つかったりしたらおもしろいかもね …… ということで， あろざいむ集団遺伝学トンネル堀り的攻城戦も今日でひとくぎり， ということになるかな． すくなくとも， この古びた城の基盤の脆弱性はよく理解できるようになった．
• 2110 研究室発． 2130 帰宅． 体重 74.4kg． うーむ． どうしてこう重いのだろうか? 運動． 晩飯．
• おお． せとぎわぎみな季節 (in academic year) にふさわしいメイルがいくつか．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． タマネギ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のビーフシチュー．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． タマネギ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のビーフシチュー．
  • 晩 (2340): 米麦 0.9 合． ワカメ・豆腐・卵の炒めもの．