ぎょーむ日誌 2004-03-30

2004 年 03 月 30 日 (火)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇． 0820 研究室着．
• 北大ネット内， またしても virus の一大繁殖地となってしまって (というか常に繁殖地状態なんだけど， 現在はその活性がかなり高い)， 学内メイルも到達するのに 1 時間以上かかる． もはや打つ手ナシ， か． 例によってゐんどーづ特異的なやつのようで．
• とりあえず， 45 とーりのパラメーターセット (最終的には 70-80 まで増殖) に関して濾過された気象値を計算する R プログラムを完成させてしまう． 1005 どーにかこーにか． 計算に時間かかる． まあ， それでも 2-3 分で終るか．
• だめだ， 行列がでかすぎてテキストファイルとしては出力できん． しょうがないんで， R オブジェクトとして save() することに．
• で， このようにして計算された気象要因値と毎年の平均成長量の関係をみる． 気象は平均値に影響を与えるからだ …… で， おそるべきことがわかったんだけど， あまりよく考えずに気象フィルターのパラメーター設定すると， それはちっとも平均成長量を説明できん． いや， それどころか「樹木の成長にとってよくない日」 ばかり選びとってることがわかってしまった． いやはや．
• あ! なんかおかしいと思ったら 1 年ずれてた． 今年の成長は去年の天気で決まる， というモデルなのに今年 vs 今年で比較していた …… まぬけだ． これを修正すると， さすがに少しはマシになる．
• とはいえ， それほど良さそうな構成も得られずに午前終了． 北大構内走． 曇ちょい雨． 昼飯．
• 午後も苫小牧直径成長問題， 「粗い」推定結果だし問題にとりくむ． 前年の天気の影響だけでなく， 当年のそれも取りこんでみる． ごくごくいいかげんに． はたしてまっとうな推定値が得られるのか?
• 1440 現在， 北大内でメイル到達に要する時間， およそ 3 時間． ますます破綻してるよーで．
• それっぽい解は得られるようになる …… が， 同時のこの問題もまたやっかいきわまりない多極値な地形の中を， 最尤推定値もとめてさまよわねばならぬたぐいのもの， と身にしみて理解できた．
• お茶部屋で M1 平林さんから結実問題モデリング相談． ゐんどーづ用 R， たしかに動作がのろい． なンでちょっと計算するたびに HDD がしゃりしゃりと回転するのか． 内容のほうを端的に言えば 「なんでも割算すんな」 ということにつきる …… このスローガンはあまり浸透してないようで． ところで説明してるうちに， logistic モデルと offset つき Poisson モデルは， よくよく考えて区別して使わないといけない， と気づかされた． うーむ， われながらうかつ．
• 理系大学院生であっても指数関数・対数関数とかに 必ずしも親しんでるワケでもない， ということを発見した． まあ， 使う機会なければ忘れられてしまっていても不思議ではない． 実際のところ， 生態学で使われる数学的手法というのは， 高校数学にひどく依存してしまってるんだけど …… しかしながら， おそらく生物系だけでなく理系の大学院生の過半数は， ふだんは 「指数関数ってこういうカタチだから……」 とか考えなくてもさしつかえない日常を過ごしてるような気もする． 脆弱なる科学の基盤うんぬん， 以前の問題として …… そういう自然科学って面白いもんなんだろうか?
• 結局のところ， 苫小牧直径成長問題のほうは 一般化線形混合モデルにおとしこまれつつある (ただし戦時急造なんで値のあつかいにいいかげんなところがある …… 本来なら単純な GLMM ではケリがつかないところだ)． いつものごとく自作の stepAIC.glmmML() を使わねばならない． 混合， であることがかなり重要であるかのように見える． いっぽうで， これがホントに random effect になってるかどうか， かなり不安な面もある．
• 現在のモデルのもとでは， 6 月に好天が続くと その年 の直径成長はあまりよろしくないかも， というのがわりと robust な推定結果になってる． しかしその生物学的理由がよくわからない． 謎． A 棟 7-8F をうろうろする． 展葉期に気温高いと食植者の活性が高まるんでは， とはお茶部屋にいた小菅せんせーのご意見． これは荒唐無稽なようでいて， 案外おもしろいものなのかもしれない． ただし確かめる方法がいまのところないんだが．
• ともあれ各要因への依存性は明らかになりつつあるんで (ただし， すかすかかつ限定された範囲の探索しかできてないんだが)， とりあえずの報告を書こうとして空腹でチカラつきてしまった． 1950 研究室発． 2000 帰宅． 体重 74.0kg． 晩飯．
• で， 晩飯くったら寝てしまったんだよねえ． うう．
• 夜中におきてごそごそと． えーい， 計算まちがいに気づいてしまった．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1210-1235． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1255): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (2030): 米麦 1.0 合． キャベツ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．