ぎょーむ日誌 2003-12-17

2003 年 12 月 17 日 (水)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0900 研究室着．
• かとーオフィスのプリンター Epson LP-8600FX の修復に 2.5 時間ついやしてしまった． これってトナー残量って手動で直さんといかんのか …… というところからはじまって， ネットワークあれこれ． ping や telnet ではつながるんだが， printer daemon は通信できん． MacOS X からも同様． なぞ． ちょい放置．
• 昨日の低温研な randomization 問題を調べてみたり …… ふーむ． 情報がない．
• Matt が京都の diverstas 会議に出発． そのままクリスマス帰国するそうだ．
• 仕事すすまぬまま午前終了． 昼飯．
• M2 森君のセミナー開始まで 24 時間 …… というセンをとっくにすぎているので， シウリザクラ「結実種子数を左右する要因の推定」 「父親 (花粉親) として成功する要因の推定」 にとりくむ．
• まずは簡単な結実種子数のほうから． いわゆる結実率のハナシなんだが， 花序によっては総花数が得られてないので二項分布なモデルに帰着できない． こういうときは， あわてずさわがず Poisson なモデルにすればよい． すなわち花序の長さその他あれこれの要因によって， 結実種子数が左右されるとみればよい． 作図してみると， いかにも Poisson な分布だ． ということで， これは R でなんとかなりそう． ただし， その前処理はめんどうなので Perl でやる．
• 夕方ごろ終了． 森君の予想どーり， 同一 genotype に囲まれていると結実が悪く， 他 genet から花粉は来てほしい． ただし距離依存性はそれほど強くない， つまり花粉は遠距離 …… といいたいところなんだが， シウリザクラ genet 「地図」 とサンプリング個体の位置から考えるに， 母-父間距離依存性については バイアスのはいった推定になってるかもしれない．
• 途中で晩飯など食いながら， 次の「成功する花粉親になるためには」 問題． これはややこしい計算を含んでいるので 一般化線形モデルのたぐいが使えん …… タイムリミットの要件もあるんで， R の optim() つかったプログラミングはあきらめて， 今回は Perl で最尤推定する． つまり， くだんの汎用多次元最大化計算 Perl モジュール NelderMead.pm の再登場とあいなるわけだ．
• 確率論的モデルのほうは， 花粉に関する一種の lottery モデルを考える …… 母-父の genotype が及ぼす影響， 距離に依存する部分， 父親がわのサイズの効果， ある genet を構成する樹木本数， などを考慮したモデルになっている．
• 2355 計算終了． どーにかこーにか本日中に計算が終了した． 結果はふつーなもので， 花粉親はサイズでかいほど良く， 距離が離れるとダメ (ただしクレーンサイトなる調査区では またしても距離依存性があきらかではない)， そして同一 genotype だとがた落ち (「自殖」を避ける)．
• というようなことを， でれでれとお茶部屋でシウリザクラ院生たち (森・大澤) に説明して本日のぎょーむおしまい． シウリザクラにまつわるあれこれ計算からはこれにて釈放された， のだろうか． 2530 研究室発． 2545 帰宅．
• 2640 消灯．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.7 合． 卵炒飯．
  • 昼 (1310): 弁当． 研究室お茶部屋． 「北欧」チキンポテトサンドイッチ．
  • 晩 (2030): 生協ののりまき．