ぎょーむ日誌 2015-01-09

2015 年 01 月 09 日 (金)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0750 自宅発． 0800 保育所着． 0840 研究室着．
• JAGS マニュアル解説に没頭してしまった …… おかげで「みどりぼん」のまちがいをひとつ思い出せた ……
  • 昨日，やや長い会議のあいだぢゅう，M. Plummer さんの書いた JAGS 3.4.0 user manual のあちこちを読んで面白かったので，いくつかメモなど…… マニュアルその他ソースコードなどはこの周辺 sourceforge.net/projects/mcmc-… で入集可能．   09:15:34
  • JAGS Man Introduction: 最初の一行目で OpenBUGS とはまったく違う，と強調．JAGS の三つ目的は Unix 上で走る BUGS エンジン，ユーザーが確率分布・関数・乱数発生器などを独自に拡張できる，ベイズモデリング実験のプラットホームとして使用可   09:20:12
  • 初めてJAGSソースコードながめたとき，設計のわかりやすさに驚いた．ユーザーが自分で確率分布・サンプラー・関数・乱数発生モジュール作れそう．たとえばsrc/modlues/bugs/functions/Mean.ccはこんなにすっきり   09:28:42
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  • JAGS Man 2.1.1 Model definition WinBUGSとは異なり Y[i] ~ dnorm(a + b * x[i], tau) といった書き方が可能． Plummer さんによると deterministic node はどうでもいい存在なので…とのこと   09:32:29
  • JAGS Man 2.1.3 Node Array dimension 配列の次元の自動推定…これは WinBUGS でもそういう機能ありそうだけど明記されてなかったような．data block で D <- dim(Z) とすると D[1], D[2] に行・列の長さが入る．   09:38:13
  • JAGS Man 2.1.3 Node Array dimension さきほど書いた dim な次元取得わざはこんなかんじ．   09:42:07
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  • JAGS Man 2.3 Initialization 2.3.2 RNGs 画像にあるような４つの乱数発生器(RNG)がとりあえず準備されてるんだけど，驚くべきことに，指定しなければchainごとに異なるRNGが使われることになる!   09:47:10
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  • JAGS Man 2.3 Initialization 2.3.2 RNGs どういうことかというと chain 数が3なら先の画像で列挙されてる4つのRNGの最初の三つがそれぞれにchainにわりあてられて使用される，ということ．もちろん明示的に使用するRNGも指定可能．   09:50:57
  • JAGS Man 2.4 Adaptation and burn-in JAGS のサンプリングは adaptive mode で開始される，これはサンプラーがモデルの挙動をみながらサンプリング方法を調節すること．指定しなければburn-inの最初の半分はこれに使われるとのこと．   10:02:32
  • JAGS Man 2.4 Adaptation… Adaptation はそこまでの全履歴を参照するからMCMCではない…ので途中やめ．half way through first update とあるので burn-in の半分？   10:09:43
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  • JAGS Man 2章の残りは柔軟な monitoring (サンプリング結果の記録) ができるという説明．3章は R を使わない JAGS スクリプトの説明．   10:14:47
  • JAGS Man 4 章はモジュール おもしろそうなのは… 4.3 正規混合分布 4.5 行列指数関数・多状態遷移行列? 4.6 glm モジュール…説明変数の中央化を回避   10:27:09
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  • JAGS Man 5.1 Base functions 単項・二項演算子の説明だが…論理演算子とか何と組み合わせて使うのかな? ユーザー独自の二項演算子は %なんちゃら% というカタチで定義できる．   10:33:21
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  • JAGS Man 5.2 Functions in the bugs module いろいろおもしろいのだが…じつはRと同様に dnorm に対して pnorm, qnorm といった具合に「下の確率」値と分位値の関数もあったのか!   10:39:26
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  • JAGS Man Chapter 6 Distributions 使える確率分布あれこれだが，他の BUGS なソフトウェアと同じようにいろいろ準備されている．たとえば，一変数な確率分布あれこれ．   10:42:47
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  • JAGS Man Chapter 7 JAGS と OpenBUGS の違い いろいろあるけど… 7.0.4 Data transformations 先日もあげたdata block，変数変換が主な用途かもしれないが…   11:19:32
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  • JAGS Man 7.0.4 Data transformations 私がまだその機能をきちんと理解していない，data block 内での乱数発生も可能．これについてはいろいろ試行錯誤して挙動を理解したい．   11:20:45
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  • JAGS Man 7.0.5 Directed cycles JAGS では有向サイクルは許容されない，つまり自己回帰なモデルが使えない．Plummer さんいわく，将来は利用可能にしたいとのこと．自作関数で CAR とかできないかな? サンプリングしてくれない?   11:23:33
  • JAGS マニュアル sourceforge.net/projects/mcmc-… だいぢぇすと，とりあえずここらで終了します．まとめてながめてみたいかたは twilog をどうぞ． twilog.org/KuboBook/date-…   11:26:31
  • . @ibaibabaibai そうですね状態空間モデルはサイクルないし，一次元 CAR も同様に…といった話は以前に教えていただきました．ゲルファンド本 www.crcpress.com/product/isbn/9… (あ，新版!) 掲載の Brook's Lemma まわりはまだ不勉強で…   12:44:24
  • ちょっと補足ですが，このあたり JAGS manual はごく簡単で，WinBUGS とかに組みこまれている GeoBUGS では autoregressive prior を簡単に定義できるけど，現在の JAGS ではそれはまだ実装してない，といった記述があるだけです．   12:48:29
  • いやはや baibai さんからご指摘いただいて，ようやくのことで思い出したのだが… #みどりぼん 第 11 章 p.247 の数式の修正…3 年間も忘れていました! 1/(2s^2) の前に「マイナス」がつきます…あー…   12:58:08
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• 昼飯．
• その後， 3 時間にわたってスシづめの会場で「説明」 を拝聴する苦行．
• いろいろと遅れている仕事をすすめる …… ばてばて ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． タマネギ・ニンジンの味噌汁． 納豆．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 鶏肉． ゴボウ． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． タマネギ・ニンジンの味噌汁． 鶏肉． ブロッコリー． ミニトマト．