ぎょーむ日誌 2012-01-18

2012 年 01 月 18 日 (水)

• 0620 起床． ラジオ体操． 弁当の準備． 朝飯． コーヒー． 0750 自宅発． 曇． 0820 研究室着．
• アリ分布モデル作りのつづき． 今日は調査地である廿日市市周辺の土地利用データを R であつかえるようにしたい． このあたりの， GIS とか地理データについてはほとんど予備知識がない． まあ， 今までぎょーむ日誌中 でちょくちょく「練習」状況を書いていたように， R の library(maptools) で shapefile を読んだり作図したりぐらいはできるのだが ……
• データは (以前から目をつけていた) 国土数値情報ダウンロードサービス サイトから． いろいろあるんだけど「土地利用」のメッシュデータでいいんじゃないかな ……
• メッシュデータとは， たくさんの「正方形」つまり「メッシュ」とやらを並べた構造をもつデータ． 上記サイトでは， 一辺 1 km の「土地利用 3 次メッシュ」データと (蛇足ながら 2 次・1 次メッシュはそれぞれ一辺 10 km と 80 km --- 参照: 基準地域メッシュ)， 一辺 0.1 km の「土地利用細分メッシュ」データがダウンロードできる．
• とりあえず， 最新版である 2006 年のでいいかな …… あとで気づいたんだけど， 測地系 が重要で， この研究の場合は「世界測地系」にしといたほうがいいでしょう (日本測地系から換算可能ではあるけれど)． というのも， Google Maps の 測地系 はそっちのようなんで．
• 細分メッシュを使いたいんだけど， このデータはばかでかくてあつかいに面倒なので …… ファイル変換・QGIS の練習用に 3 次メッシュ版も同時にダウンロードする． ファイルの形式は JPGIS という XML で， これも根性があれば R 上で変換できるはずなんだけど， めんどうなので， 同サイトで配布されている ksjtool なるツールを使って shapefile に変換することに (すると R で簡単にあつかえる)．
• この ksjtool はせっかく Java を使っているにもかかわらず， Windows な .net にも依存しているので， ゐんどーづ上でしか動作せづ． 3 次メッシュは数秒で変換してくれたけど， その 10000 倍のデータがつめこまれている細分メッシュデータの変換には 12-13 分ぐらいかかった ……
• このようにして作った shapefile を， R の library(maptools) を使ってよみこみたい …… ここでも 3 次メッシュのほうは一瞬で読んだけど， 細分メッシュデータの読みこみはいつまでたっても終わらない ……
• どうすればよいか? 地図の中から必要な部分を切り取ればよい． なにしろ地図全体は一辺 80 km もあるんだけど， 必要なのは 10 km × 10 km ぐらいの範囲なんで．
• そのために， free software な GIS である QGIS を使うことに． これは GIS だけあって， ばかでかい shapefile の読みこみも速い． 再描画には時間かかるけれど．
• で， QGIS 上で緯度経度をみながら矩形選択， 「レイヤ」→「選択部分をベクタファイルとして保存する」 で shapefile として保存すれば OK．
• このように小さく切り取った shapefile なら R で簡単に読めるはず …… なのだが， ゐんどーづの呪いにやられて， Linux 版 R で読み込もうとすると「不正なマルチバイト文字」うんぬん エラーが出てあうと． も一度， ゐんどーづ上にもどって Windows 版 R で library(maptools) の readShapeSpatial()， これで問題なく読めたのであとは その sp オブジェクトファイルを save() すればよし! これで Linux 版 R でも読みこめた …… なるほど， 「不正な」うんぬんは dbf の「列名」の日本語文字だったのか． たぶんこいつが Shift-JIS なんだろう．
• なんとかなったので昼飯．
• あれこれ事務処理な ……
• 廿日市市周辺の土地利用データの続きにとりくむ．
• とりあえず， そもそもメッシュデータなので， ポリゴンとしてあつかう必要もなかろう …… ということで， sp オブジェクトから緯度経度と属性だけをぬきとって data.frame をつけて， 下のように色をつけて rect() してみる．

  v.col.usage <- c(
  	"1" = "#80ff0080", # 田
  	"2" = "#80ff8080", # その他農地
  	"5" = "#00800080", # 森林
  	"6" = "#00808080", # 荒地
  	"7" = "#00000080", # 建物用地
  	"9" = "#ffff0080", # 幹線交通用地
  	"A" = "#ff808080", # その他の用地
  	"B" = "#00ffff80", # 河川及び湖沼
  	"E" = "#ffffff80", # 海浜
  	"F" = "#0000ff80", # 海水域
  	"G" = "#80008080"  # ゴルフ場
  )
  

• 同じ範囲を library(RgoogleMaps) の GetMap.OSM() 関数を使って (GetMap.OSM(lonR = c(132.28375, 132.365), latR = c(34.300000, 34.381667), scale = 60000))， OpenStreetMap から取得してみた図はこんなかんぢ．

• ふたつならべると，こうなる．

• 事務なゑくせる作業． いまどき学歴・職歴を昭和・平成なる元号つかいまくりの暦法で書かせるとは …… 背中がカユくなってきた．
• 1730 研究室発． 買いもの． 1800 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0640): 米 0.6 合． キャベツ・油揚の味噌汁． コマツナ・モヤシのゴマポン酢あえ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． 布袋の鶏からあげ． ネギ卵焼． ゴボ天． ミニトマト． キャベツ． リンゴ．
  • 晩 (1910): 米 0.6 合． キャベツ・油揚の味噌汁． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・セロリ葉・豚肉のウスターソース炒め． ナガイモすりおろし．