ぎょーむ日誌 2007-11-28

2007 年 11 月 28 日 (水)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• 苫小牧実生のカタチの階層ベイズモデル， 計算うまくいってない …… で， モデルをよくよく見直すと， 観測データに直接には束縛されてない状態変数 2 個が 好き勝手な値をとれるようになっている， と気づいた． そのあたり修正して MCMC 計算試験運転からやりなおしてみる．
• そもそも収束がおそい． そして 1 MCMC step の計算時間もかなり長い． 2000 MCMC step で 20-25 分ぐらい．
• ということで， 計算まち時間にシウリザクラ論文原稿のみなおしに着手してみたり．
• モデル修正， 試運転， まち時間に原稿見なおしや昼飯， というサイクル．
• 試行錯誤の過程で樹木個体内の「重量 (その他) 分割」 モデリングについて， いろいろと改善・検討すべき点があることに気づいた． こういうモデルでは A → B + C という分割様式を推定したいときに (とうぜん割算値なんぞは使いません)，
  • B と C には対応する観測値がある
  • A に関しては観測値がない --- とゆーことで， A を状態変数 (status variable; 潜在変数 latent variable と呼ばれることも) あつかいにする
  • このときに A の初期値と事前分布は てきとーに決めてやってもよいはず …… だと思っていた (モデル全体が比較的単純な場合は， でたらめな初期値 & 無情報事前分布でとくに問題なかった)
  • しかしモデル全体が複雑になってくると， A の初期値設定や事前分布には注意をはらう必要がある
  …… といったことのよーで．
• シウリザクラ原稿などみなおし． 1530 から 一時間ほど永光さんとそのあたりの相談．
• 1630 Trendy セミナー， 今日は岸田さん， 補色者であるエゾサンショウウオのいるところでは エゾアカガエルのオタマジャクシの 頭がでかく なったりすると「食べられにくく」なりますよ， というハナシ． 今回は特に「どういう状況でそういうカタチになるのか」 という一連の実験に焦点をしぼったもので， 中学生でもよくわかり興味をもって聞ける内容でありながら， よく考えてみるべきポイントがあちこちにある， という良いセミナーでした． ふーむ， サンショウウオのいない奥尻島のオタマジャクシは アタマ肥大機能はやや失われつつあるものの， まだそういう性質が残っているのか ……
• 1800 すぎセミナー終了． そしてこの時間に 7600 秒ついやして苫小牧 sapling のカタチの階層ベイズモデルの MCMC 計算終了． まあ， ちょっとまだがたがたしているけど …… 作図プログラムなどつくりなおして， 田辺さんに納品．

• 田辺さんデータ解析のつづき， 今度は同じ構造の屋久島樹木データを使った計算を命じておいて， 1950 研究室発． 2010 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.5 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・ホッケすりみ の味噌汁．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． 春雨スープ．
  • 晩 (2220): 米麦 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ワカメ・煮干の味噌汁． 卵焼き．