ぎょーむ日誌 2007-09-23
2007 年 09 月 23 日 (日)
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0820 起床．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
1050 自宅発．
曇．
昼飯を北 12 生協で買う．
1105 研究室着．
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ECOAS 湿原植物の階層ベイズモデル，
昨日で終わったつもりだったんだけど，
もうちょい改良の試みを続ける．
えーと，
昨晩おもいついた策，
「『最優占種』なんて事前にキメうちできない，
MCMC 計算の中で確率論的に選んでいけばいい」
をくみこんで計算してみたわけだが
……
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悪くはないんだけど，
「どのコドラートでもサエない species」
あるいはもっと極端に
「全 13 コドラートのほとんどに出現しないんだけど，
一ヶ所だけでちょっとカオをだす species」
なんてのはもう競争力がすごく低くなるわけで
……
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うーん，
と考えて超事前分布の階層で
「そんなに好き勝手に分散パラメーター生成すんなよ」
という制約いれてみる．
6000 MCMC step に 680 秒．
見ていて不気味なほどキレイに収束した
(chain ごとの事後分布がすごく似ている，
ということ)．
やりすぎたか?
そして種差なんてありえませーん，
という
……
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うーん，
この観測データから種差なんて推定できるか，
というのがむしろ妥当な結果，
という気もするけれど，
もうちょっと制約をユルめて再計算してみるか
……
-
ユルめると，
もう少し「標高依存性の種差」なるものがでてくるわけだが
(もちろんこのデータの場合，
不確定性はたいへん大きい)
……
じつはこのあらわれかたが「標高」なる説明変数の
range に依存してるんだよね．
全体に標高差 700 m ほどあるわけだが，
標高の単位を m にするか km にするかで結果が定性的に異なる，
と．
これはじつは以前からアタマいたい問題だった．
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なんで説明変数のスケイルなんぞに依存して事後分布が異なるかといえば，
それはゐんばぐすの挙動がそれに左右されるからだ．
それはなぜかといえば，
乱数発生時の丸め誤差などなどがケタ数に依存していたり，
あるいは当方の指定する
「無情報」事前分布なるものが十分には無情報でないから，
という問題もあったりする．
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昼飯たべつつどうしてくれようかと検討．
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じつは標高はすでに中心化 (centralization)，
つまり (観測値) - (観測値の平均) というふうにはしている．
というのも，
こうしておくと MCMC 計算の収束が格段によくなるからだ．
これに加えて
……
えーい，
規格化 (normalization) も必要か．
これは中心化に加えて観測値の標準偏差で規格化する，
ということで．
まあ，
標高の単位には依存しなくなりますわな．
問題がひとつ減るのでヨシとしよう．
幸いにも他に規格化の必要な説明変数はないし．
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……
で，
規格化したら，
他に
(超事前分布に制約あたえるなどなど)
よけーな小細工しなくても
パラメーターの収束はよくなった．
なんか敗北感がある．
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計算やらせてた A801 院生部屋の Dell desktop 機から
ネット的に撤収してくる．
結果あれこれの図をながめる
(事後分布表，
BUGS code)．
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log.pnpp[,]
のたぐいの収束がちょっと悪そうに見えるのは，
「どうでもいい値でさまよってる」
からで，
あるコドラートで
(というよりある標高の湿原サイトで)
「存在しなかった species」
に関して
「いやー，
それってたまたま発見できなかっただけで，
へいきん値で言えば平方メートルあたり
0.0001 g ぐらいのバイオマスはあるってみなしても OK?
これぐらいだったら『見つからない』よね?
いやいや 0.000001 g あたりにしてみる?
もしかしたら 0.00000001 g ぐらいがいい値かも?」
などと，
ゐんばぐすの sampler が
どうでもよい世界を好き勝手にさまよってるので，
chain ごとの相違が生じた次第だ．
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まあ，
あとは昨日と変わらんなぁ
……
変わらんけど，
「コドラート 1 番地における最優占種は第 23 番種のヌマガヤ!」
という人間による決めつけからは脱出できたな．
とはいえ，
上の
top.sp
の事後分布をみるとほとんどのコドラートで 23 から動かんわけだが．
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これで ECOAS 下うけ計算 (プランクトン & 湿原植物)
は終わりかしらん?
まあ，
気温上昇うんぬんの帰結の憶測計算ってのをまだやってないけど．
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「最優占種」とやらの事前分布は「どの種も等確率」
でもよかったかも．
そう設定しておいても，
どうせ 2-3 種の
dominant な連中ばかりが最優占の座を争うことになるんだろうけど．
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研究室にいるとまた計算やってしまいそうなので，
体力温存するべく撤退．
1625 研究室発．
1640 帰宅．
怠業．
うんどう．
晩飯．
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あ，
明日も休日だった．
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[今日の運動]
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腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
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[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
サバのネギ・ショウガ煮．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
今日も北 12 生協の納豆巻．
- 晩 (1930):
米麦 0.7 合．
タマネギ・ニンジン・ピーマン・ニラ・シイタケ・干しエビ
・イカの炒めもの．
キャベツ・ニンジン・ネギ・ハムのサラダ．
