ぎょーむ日誌 2006-12-27

2006 年 12 月 27 日 (水)

• 0855 起床 …… えーと， 夜明け数時間前になぜかめざめて， 「うー，眠れん」 状態がつづいて， 夜明け後にまたちょっと寝てこういう時刻に起床しました． 年末ぼけかな． 0910 自宅発． 南方からやってきたヘンな低気圧のせいで異様に気温たかく (本日の最低気温は氷点下ではない!)， 雨． 0925 研究室着．
• お茶部屋で朝飯 & コーヒー …… を準備してたら庄山さんにすばやく捕捉され， 昨日の知床樹高成長の階層ベイズモデル MCMC 計算 に関する質疑応答あれこれ， に一時間ほど．
• 宮田さんから苫小牧 13 樹種データに訂正ありました， とかで新データファイルが送られてくる． これって「計算やりなおせ」ご命令だろうなあ …… ということで， ssh で Dell Linux 機に MCMC 計算やりなおしを命じる．
• 一連の行列計算でケリをつける (やや複雑なる) やちパワー計算用の小山さん R プログラムの解読・試験運転にとりくむ．
• とりあえず私の環境でも今までの計算は再現できるようになってきた． 昼飯． 院生密度は順調に低下中．
• すでに内地方面への機中のヒトとなっているであろう宮田さんからの 「宿題」 MCMC 計算， 6500 秒を費して終了 (やはりデータが変わってもこれぐらいの計算回数が必要だった)． うーむ， 前回 とびみょーに違うな． データ数の変化は +1． 前回 「どう考えてもおかしい」 として外した一個体の観測値が修正されたため．

• まあ， よくわからないのでこれは放置．
• サロベツ湿原上の植物分布がやちパワーに依存してるかどうか問題， 単純に計算すると「やちパワー」が最大になってしまうやち坊主の上には あまり植物がいない (やち坊主を形成しているスゲのシュートは高密度に存在するけど)． このあたり， どうモデルにくみこむか …… 計算の単位になってる 10×10cm 区画が「やちの上にいるかどうか」を判定する関数を追加， これを説明変数としてみる， というのはどうだろうか． とりあえず 1 line 内 1000 区画について計算し， 6 line ぶんの図を作ってみてこの計算結果をチェックする．

> apply(c("Non-Top" = 0, "Top" = 1),
     function(tt) summary(as.factor(d.grid[d.grid$Ttop == tt, "Freq"])))
$`Non-Top`
     0      1      2      3      4      5      6      7      8     10     12     15 
122143   1837    283     69     29      6      6      3      2      1      2      1 
    16     19 
     1      1 
$Top
   0    1    2    3    4 
5528   63   17    5    3 

• これを例の 「WinBUGS でも理解できる ZIP モデル すなわち隠れ変数版 ZIP」 に組みこもうとする試行錯誤．
• ひととーりできたので， ばぐ取りにかかろうとしたら， ちょっとした server 頼まれごとが． そのご褒美に珍しい氷河写真ファイルをいただいてしまった． わーい

[Laguna San Rafael 国立公園 (拡大)]

チリのやや南方 Aysen 地方のフィヨルドにつきだした San Rafael 氷河の末端 …… 今月はじめに撮影したものだそうです．

• サロベツ改良モデル， Solidago (アキノキリンソウ) を実験台につかって計算プログラムのばぐとり．
• 北村君と阿寒アカエゾマツ成長解析のこんさる少々． lmer() でケリをつけることになりそう ……
• サロベツは全優占種に関する種ごとのベイズモデル MCMC 計算 (そう， このサロベツ問題は種差 random effects 法を適用できていない!) を命じておいて撤退． 1955 研究室発． あいかわらず， 雨． 2010 帰宅． 体重 70.0kg． 晩飯．
• やはり夜は何もススまない．
• [今日の運動]
  • なのにうんどう休養日になりがちな年末
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・コンニャクのシチュー．