ぎょーむ日誌 2005-08-18

2005 年 08 月 18 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着．
• 香川の小林さんが今日からこちらに出張とゆーか， 滞在研究というか私の追いこみに来られるので， かとーオフィスの空き机のまわりを片づける． いやはや， これが …… この部屋， A 棟 8F のゴミ捨て場として機能してたんで， あれこれ捨てるべきものが蓄積されてて， ですね． それらを地階まで輸送するのにてまどる． ひととーり終ってみれば時刻はすでに 1100．
• とあるかたから問い合わせ (とゆーかこちらからの押し売りとゆーか) で 「地図上の個体の位置にマークを起き， その下に個体番号をつける」 ということを実現する R スクリプトを書く．

tmap <- function(data, xlim = NA, ylim = NA, pch = "+", ...)
{
	if (length(xlim) < 2) # 作図領域 x の範囲チェック
		xlim = range(d$x)
	if (length(ylim) < 2) # 作図領域 y の範囲チェック
		ylim = range(d$y)
	plot(
		data$x,
		data$y,
		type = "p",
		xlim = xlim,
		ylim = ylim,
		pch = pch, # 点をあらわす記号の種類
		col = "black" # 点の色
	)
	grid() # グリッドを描く
	text(
		data$x,
		data$y,
		labels = data$No.,
		pos = 1, # 文字の位置: 1: 下, 2: 左, 3: 上, 4: 右
		...
	)
}

• 個体データが R の中では data という名前の data.frame おぶぢぇくとに入っているとしよう． 上の関数定義を R によみこませて， たとえば

  tmap(data, xlim = c(-10, 10), ylim = c(-20, 0), col = "blue")
  

  を実行すると下のような作図結果が得られる (tmap(data) だけなら全領域を作図する)．

• まー， 個体が密集してるとこでは文字が見づらくなってるけど， そのあたりはまた xlim = ..., ylim = ... で領域を指定して作図やりなおすしかないかな． プログラムをもっと洗練されたものにする， とう手法もあるけど．
• ともかくこのようなものを作ったのは …… なんでも某研究機関ではこういう図が必要なときは， 個体の位置だけをぐらふそふとで描かせて， あとはデータの表をニラみながら 全部手がきで 個体番号をつけてるそーで (個体数は数百もあるのに!) …… もはや怒りをとおりこして， その絶望的な悲惨さにコトバを失った． ということで上のような R コード書いて押し売りした次第である．
• 院生が 「海外の大学にメイル送ってもつっかえされてくるんですけど」 と報告してくるんで， 調べてみると ……
• 北大メイルサーヴァーがまたしても 「人類共通の敵」 と認定されていた …… これで三度目だ (一度目 と二度目)． ともかく， spamcop.net のブラックリストに登録されてしまったんで (理由はおそらく実際に北大から大量の迷惑メイルとやらが 世界中にまきちらされているから)， これが解除されないかぎりこちらからのメイル送信に いろいろ支障が生じるだろう．

[spamcop.net 認定 spam site]

iscan1.sys.hokudai.ac.jp (IP アドレス 133.87.1.96)． ここ で問い合わせることができる． これに掲載されると， spamcop.net 利用してメイルフィルタリングしてる機関に メイル送れなくなる (掲載→応答まで時間差がある)．
いつものことながら， まぬけな北大ネット管理者たちは この状況に気づいていない． しょうがないんで， メイル送って通報してやったんだけど， 返信もなければネット上でのお知らせもナシ． いやはや， また「なかったこと」にするつもりだな．

• そこに書いてあるところによると

  If there are no reports of ongoing objectionable email from this system it will be delisted automatically in approximately 5 hours.

  だそーで， 北大がまたすぱむ発信やらなければ 5 時間ぐらいしたら ブラックリストから自動的に削除されるらしい． うーむ， だいじょうぶなのか? 北大の管理者がさっさと解除申請しろよ．
• 昼飯． 昨年とかに比べると今年は大雪山も知床も登山者がちょい少ないそーで． 北海道登山はもはやハヤらない?
• Gmail のすぱむフィルター， なかなかいいデキだと思うんだけど完ペキではない． 感覚的には 20-30 にひとつぐらいはスパムを通してしまう， というかんぢだ (現時点では)． 私の縦深メイル防御体制の後衛に陣どる spamassassin はかなり対すぱむ経験を積んでいるんで， ここでたいてい迎撃できるわけだが．
• 院生の Dell デスクトップ機が起動しなくなったそーで． なーんか， 挙動からすると motherboard がコワれたんじゃないかしらん． で， フタをあけようとするんだけど， やりかたがわからず苦闘する． ひっくりかえしてみてよーやくわかった．

[Dell 機 open]

タワー型匡体左側を下に机におく． つぎに匡体上面と底面にあるボタンを押しながら， 匡体右側を持ち上げるよーにすると， このようにぱかっと開く． なんかカッコいいよね．

• で， HDD まわりがおかしいみたいなんで， いったん HDD ケイブルをぬく． 起動試験すると (今まで動かなかった) BIOS が動作しはじめた (HDD をつないでないんで boot しないけど)． それぢゃ， ということで HDD ケイブルをしっかりつけなおすと， こんどは問題なく起動した． どうやら HDD ケイブルの接触不良 (?) だったよーで．
• 他にもこまごまとした作業に …… ところで小林さんはいまだ現れづ．
• 1530 よーやく母子里林分 MCMC 計算にまた手をつける． 尤度計算に関するいんふら工事． R だったら何も考えなくてもできる計算あれこれの準備が ……
• 事前分布がポアソンってヤメたほうがいいかもな． variance が小さすぎるような気がしてきた．
• とりあえず MCMC 計算の基礎となる尤度計算の関数を作る．
• 北大ネット管理者からメイル． やはり「なかったこと」にするらしい． こいつらの情報隠匿はけっこう悪質だ …… 1730 ごろブラックリストからは削除された． 北大からのスパム発信が数時間とまっていたんで．
• 夕方， 小林さんがみえる． さっそく 8F 闇ネットに接続して， 何やらいそがしそうに働いておられる． その後， 母子里相談少々．
• 1850 研究室発． 小林さんと晩飯． 2005 帰宅．
• MCMC 計算の一ステップを書いていく． 葉っぱの確率論的な出し入れまわり． これはちょい難しいところだ． とゆーのも， 状態遷移を Metropolis-Hastings アルゴリズムの計算で reject された場合， すべてをもとの状態にもどす必要があるからだ． 詳細な計算を担当する LightProcessor に Make_backup & Restore_backup という関数をもたせて， これに対応してみる．
• すでに夜もおそくなってきたんでプログラミングは中止して， 2330 自宅発北大構内走． 走っているとアタマの中が整理される． 2420 帰宅． 体重 73.6kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ニラ・エノキダケ・卵の炒めもの． キャベツ・モヤシ・ネギ・ブナシメジ・サケあらの味噌汁．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ニラ・エノキダケ・卵の炒めもの．
  • 晩 (1910): ヤマダモンゴル 北 8 条でジンギスカン (今日はラムの肩ロース) と飯．