ぎょーむ日誌 2005-07-19

2005 年 07 月 19 日 (火)

• 0830 起床． 0845 自宅発． 晴れ． 暑い． 0900 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• また苫小牧ぱらしといど混合モデル用の計算関数の準備． 以前のやつを改造しては試験運転し， のくりかえし． なぜかしら， 今回は以前との互換性に注意してるんで， なかなか進捗しない．
• 東北大の木村さんにおねがいしてた Trendy seminar， 今回はヒトがいないので延期してまた九月以降におねがいすることに ……
• めんどう距離カーネル計算に必要な関数の改装作業は終りつつあるな …… さて， つぎの計算の手順の確認だが:
  1. get.df.combined() で全シーズンの統合 data.frame を生成
  2. get.list.matrix.WD() で近・中・遠それぞれの補正ずみ距離加重行列を計算する (list.matrix.WD) --- むちゃくちゃ時間かかりそう
  3. 全シーズン (4)・全距離 (3?) のくみあわせ (12 とーり?) で局所宿主密度の計算 (同種・他種べつ)
  4. ここまででいったん save()
  というところか．
• うーむ， 計算量は減らしたいところなんだが …… たとえば近・中・遠はヤメて， その樹木個体 (零距離)・近・遠にするか? 零距離なら「同種」にきまってるんで．
• 同種 vs 他種， か …… ちょっと待て． この件に関しては同種 vs 全種 (同種+他種) とすべきだろうな． 一般化線形モデル系における「説明変数」に関する汎用ごまかし技法だ． 「独立変数」ってのは死語とは言わんけど， まあ昔の一般ではない線形モデルに必要とされた ある種の解析技法の必要条件を表現してるだけ， と理解してんだけどね …… 当世風の， 変数そのものを取捨選択していちいち再推定していく技法では (いんちきくさい) 「独立」とやらはぜんぜん重視されてない， というか． そもそも厳密に独立な説明変数なんてめったに選べるもんじゃないよ．
• あと， いつものことながら憶測な「密度」のあつかいだよな …… これけっこうアタマが痛い． 線形予測子 (linear predictor) つかう logistic モデルやめりゃーいいだけなんだけど． linear predictor ヤメるんなら， 遠近カーネルの線形結合といった小細工を工夫する必要もないよな ……
• いや， 空間のあつかいに関しては 「カーネル変形 → 再計算」 の絶望的めんどくささを考えると カーネル線形結合というごまかしがいまだ有効な策なのか? …… というか， linear predictor やめると計算のあちこちが 突然のごとくにイヤなものになってくる， という罠になってるわけか．
• さらにいえば， 樹種ごと季節ごとにいちいち個別に推定するのもイヤなわけだが (標本数のばらつきが大きい) …… Bayesian とかもちだすのは飛躍しすぎかも， という懸念もある．
• 昼飯．
• 昼飯後もひたすらばぐとり． 単なる空間カーネルだけで， どうしてこう面倒になるのかねえ …… 下手に「使いまわし」を考えすぎてるのか?
• 統計こんさる． 「なんでもかんでも正規分布」 もの． このあたりに関しては理解度がさまざまなんだけど， 本邦の生態学まわりでは以下のような「よくわかっていない」 タイプが多いように観察される:
  1. ぢつは正規分布から得られる標本とはどのようなものか， という理論的・実感的理解がない
  2. 得られたデータのばらつきは見ない・見たくない
  3. とうぜん 1. と 2. の対応， つまり理論と現実の乖離は検討しない
  まあ， いまさら， ですが．
• 今日みたのは某国外 journal の査読者からかかる修正要求が， というもので． 先方はなにやら毛色が違うというか， 正規分布まわりの理論はよくわかってるかんぢだ． ただし， それこそ森羅万象は正規分布で説明可能というか， 視野がせまいとゆーか (「データよく見ない」ぽりしーは上と同じだ)， 戯画化された演繹主義みたいな主張にも聞こえる． なぜこの立場がけったいなのかと言えば， 正規分布は「ばらつきある現象」の近似として最良たりえてることはまれで， 統計学の中核概念になりえてないってことで． たんに， 計算するときに便利だったとゆー 歴史的惰性のおかげでエラそーにしてるだけなのである． それに気づかないのは …… 人間は幸福な錯覚の世界からなかなか脱出できないからだ．
• 研究室のネット雑用ふたつほど． 院生たちの御協力で 研究紹介 はぢりぢりと更新中． その他， IGBP よくわからん会議の道案内とか． Adobe Illustrator って version 間互換性が欠落してるのか? なんかオカしい．
• 計算問題についてはばぐ残存したまま撤退． 1915 研究室発． 1930 帰宅． いやはや， またいきなり寝てしまった．
• [今日の運動]
  • まぬけうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 研究室お茶部屋． 「北欧」 ドーナツ．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 「北欧」 ベイグルサンドイッチ．
  • 晩 (2300): 米麦 0.8 合． コマツナあえもの． キャベツ・モヤシ・ナメコ・サケあら・コンブの味噌汁．