ぎょーむ日誌 2005-02-16
2005 年 02 月 16 日 (水)
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0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
晴．
0920 研究室着．
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一昨日
のつづきで，
R
の
survival pacakge
の推定結果を解明する試行錯誤のあれこれ．
われながら理解がのろっちいと思うんだが
……
どうにかこーにか推定値の意味をとれた．
図で表現するとこういうかんぢだ．
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破線は比例ハザードモデル (
coxph())
ではなく，
指数関数モデル (survreg())
で推定させたものである．
まあ，
どちらのモデルでも
(時間依存項) * exp(- 線形予測子)
となることには変わりないんだが．
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蛇足ながら，
私が乱数データ生成用に与えた fixed effects
だけで生残曲線を描くと下の実線のようになる．
実際の生残曲線とのずれは
random effects の与えかたが不適切であったため，
のよーで
……
これは推定値が違ってくるはずだ．
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ともかく，
ハザード関数を構成する線形予測子の推定値と
観測データの対応関係はこれで理解できた．
生残データ生成のシミュレイションのほうはまだ工夫せねばならんが．
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オホーツク海に面する
興部
(おこっぺ)
から講座出身者がやってきたのでオホーツク雑談．
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ともあれ，
先週から気になってた
biometry
への質問，
生残時間問題は survival pacakge で解決できるんでは，
といった教唆投稿．
ひとくぎりついたんで昼飯．
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生残解析に関する質問メイルなどが来てたんで，
とりあえず知ってることについては返信．
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修論発表後も研究に邁進する M2 たちの一人，
平林さんから (人工) 花序内ハチ訪花パターンを
実験データから自動作図するプログラムの改良依頼．
とりあえず，
安直な改良版を作ってアップロード．
R はこういう自動作図にも有用です．
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昨日のとある修論発表に関して，
コメントのメイルを送ったところ，
反撃の返信いただいてひるむ．
ぢりぢりと後退しつつご説明メイルを返信．
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とりあえず目の前の懸案はざっと片づいたんで，
アカマツ問題とかにとりくむべきなんだが
……
なんとなく統計学勉強方面に流されてしまう．
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昨日，
苫小牧の平尾君から，
最近の
Ecology Letters
に Bayes 統計学の Review がのってると教えてもらったんで，
そのあたり調べてみる．
Ellison, Aaron M. (2004)
Bayesian inference in ecology.
Ecology Letters 7 (6), 509-520.
(abstract)
Clark, James S. (2005)
Why environmental scientists are becoming Bayesians.
Ecology Letters 8 (1), 2-14.
(abstract)
解説としては後者のほうがわかりやすいかも．
しかし，
この
Jim Clark
のほうのタイトル，
Why environmental scientists are becoming Bayesians
ってのは
……
(少なくとも本朝では)
最尤推定法すらぜんぜん普及してないのに，
いっきにべいぢあんな時代にされてしまってもなぁ．
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さらに Jim Clark は
Models for Ecological Data
なる本をちかぢか出版するつもりらしく
……
目次を見るに，
これはぢつにすごい教科書だ!
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1850 研究室発．
いろいろな人々のすけぢゅーりんぐの都合で，
本日「追い出しコンパ」である．
一次会は北 12 の「ひだまり庭」，
二次会は北 18 の「がらん」．
楽しくうるさい場でありました．
2440 帰宅．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0750):
パン．
ハクサイ・ショウガ・ワカメ・豆腐のスープ．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ホウレンソウ・ハクサイ・ブナシメジ・ワカメのシチュー．
- 晩 (1900):
おいだしこんぱ．
一次会は鴨キムチ鍋など．
たくさんたべてしまった．
