ぎょーむ日誌 2004-05-03

2004 年 05 月 03 日 (月)

• 0920 起床． 朝飯． コーヒー …… はフィルターがないので飲めん． うう
• なんとなく怠業ですよ． いやはや．
• 1210 自宅発． 雨． けっこう降ってるな． 1225 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリングのつづき． なんかですね， 「異なるパラメーター λi からそれぞれ独立に得られた Poisson 乱数の和は， λi の和をパラメーターにもつ Poisson 分布にしたがう」 というのは正しい定理なんだけど， どうもこれを樹木の直径成長にこじつけるのは， どこかに間違いが混入してるような気がする． 少なくとも尤度方程式は一致しない， というあたりまえのことにいまごろ気づいた．
• とゆーことで，
  • Poisson 分布の再生性
  • Poisson 分布と Gamma 分布をたたみこむと， 負の二項分布になる
  とゆーふたつの基本性質を組み合わせれば， 計算量ぐっと少ない「混合モデル」 によるパラメーター推定計算はできる， というアイデアはかなり崩壊しつつあり．
• とりあえず， 「これだったら絶対に間違いあるまい」 というコードを書いてみる …… とりあえずもっともらしい答えを出しはじめた …… が， R の限界というやつで， 計算速度がひじょーに遅い． 一時間に 10 セットも解けん， という状況．
• とりあえず様子をみるために， この遅い計算はむこうの部屋の Dell で走らせておく． 手もとでは 計算プログラムをみなおす．
• うげ， おそろしいこと発見してしまった． R の中における tag の扱い:

  	> x <- list(abc = 1, abd = 2, xyz = 4)
  	> x$ab
  	NULL
  	> x$xy
  	[1] 4
  

  なぜかしら「前方一致」 方式になっとる ……
• 現在やってるのは， ふつーの一般化線形混合モデルそのもの． ぢゃ， いっそのこと glmmML() でいーんぢゃないの， とまた計算してみると …… やはり呪われた start.sigma 依存性が再発してるな， と確認できた． glmmML() の場合， データが少ないときにちょっとばかり複雑なモデルを 推定させようとすると， こういうふうに推定がむちゃくちゃになる． たぶん BFGS とかいう計算方法に問題あるんだろう． Nelder-Mead 法つかえるようにしてくれ ……
• お茶部屋で 平尾君の遺伝子頻度計算問題の相談． 2 時間ばかし． で， かとーオフィスにもどって Dell 機での計算経過をながめてみると …… やはりちっともススんどらんじゃないか． こりゃ推定計算は「可能」であるけれど， 実用性というやつは皆無だな．
• で， ついにキレてしまった私は 「C による R の拡張」 に着手してしまう． と言っても， こういう拡張わざはやったことはないので， RjpWiki 中の Rから他言語利用 を見ながらぢりぢりと始める．
• 3 時間ほど試行錯誤して， どうにかこうにか Poisson と Gamma つきまぜた確率分布の尤度を計算する (だけの) 関数はできた． C++ を呼び出すのは面倒そうなんで， pure C で書かれてる．
• …… で， 計算は速そうなんだけど， A801 室の Dell 機で計算させてる結果と一致しない (そう， このすごくゆっくりと吐きだされてる計算結果は 検算用だったのだ)． どこかにまだバグが残ってるんだろーな．
• とはいえ， もはやバテたので撤退しますか． 2240 研究室発． とりあえず雨はやんでる． 2250 帰宅． 体重 73.8kg． 晩飯．
• お， 昨日の「積分できん」 問題はじつは「できる」んでは， とゆーご指摘メイルいただく． このあたりの続報はまた明日以降に．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 米麦 0.5 合． チンゲンサイ・タマネギ・エノキダケ・ホタテの炒めもの．
  • 昼 (1520): 「北欧」エビカツバーガー． 168 円．
  • 晩 (2230): 米麦 1.0 合． チンゲンサイ・タマネギ・エノキダケ・ホタテの炒めもの．