ぎょーむ日誌 2002-08-26

2002 年 08 月 26 日 (月)

• 0715 起床． 0720 自宅発． 晴． あ， ゴミ出すの忘れてた． 引き返す． 0730 も一度自宅発． 0740 研究室着． 朝飯．
• やはり (主観尺度で) 早起きすると眠い． にせアカマツどらふとの pruning サブモデルの説明を部分的に修正． 計算結果説明書き直しの続き．
• 書き直しはぢりぢりとススむけど， 1030 ごろには早くもすでに体力切れ． 眠い． お茶飲んで一休み．
• 計算結果説明の最後で詰まる． 8 個体の挙動は個体ごとに推定された growth_rate なる値によっておおむね決まっているんだけど， 曝露実験個体の中に growth_rate はとても高いのに成長がとてもヘボい個体がある． 観測データをながめてみると， その問題個体 (実験処理区二号) だけがえらく寸づまりな stem ばかりを作ってるので (これは遺伝的な何かではないのかなぁ)， ま， そのあたりで説明つくだろうと考えていた．
• ところが重量変化をもうちょっと定量的に調べてみると， これはそれほどもっともらしくない説明だとわかった． なにしろ寸づまりなのをむやみに大量に作っていやがるんで． えーい．
• 打開策もないので昼飯．
• 昼飯後に北大生協に買い物にいく． 道中， にせアカマツ図表を眺めつつ考える …… あ， わかった． 実験処理区二号は寸づまりな stem をたくさん作っているけれど， それら個々の stem の 成長速度 stem.growth_rate もすごくヘタれているように見える． 買い物すませてかとーオフィスにもどって， 個々の stem の成長速度の図にその平均値 (いやはや) をいっしょに表示するように作図機構を修正 …… 正解．
• やはり実験処理区二号を構成する stem の stem.growh_rate は遅いものばかりで， 全 8 個体 (ってのもサビしいところだが) の中でも最悪． つまりにせアカマツの基本部品たる stem を粗製乱造してみても個体重量の増大にはつながらないという計算結果だ．
• ということで， 私だけで書いていける部分はひととーり終った． make pdf して小林さんに見ていただくことにする． 時刻は 1430． ふう．
• なンか正気とは思えぬポスターが郵送されてきたのですぐに捨てる．
• アカマツどらふとに関する応答を待つあいだに， 先日考えた (線形の範囲で) 一般化した logistic 関数の 二項分布最尤推定問題を Perl スクリプトで解かせる問題， というのに取り組んでみる．
• 前後よく考えずに， とりあえず logistic.pm という Perl モジュールを書き始めてみる．
• やはりすぐに行き詰まってしまったので， そのへんをのそのそ歩き回ったりソファにひっくりかえったりしてるうちに アタマの中が整理される． 計算部分だけを package 化するのではなく， データ格納する部品を class として定義 (といっても依然として package に他ならないんだが) してやると計算量が節約できるとわかった．
• もう一度とりくんでみる．
• ぢりぢりと書きすすめて 偏微分ヴェクトル・偏微分逆行列の計算するところまでは書けた． つまり Newton-Raphson 法の 1step 内だけができたということ．
• ここから先に行くにはまず Math::MatrixReal の マニュアル を読まねばならない． 今日のところは撤退． 1910 研究室発． 北 12 生協で買い物． 1930 帰宅．
• それほど空腹ではないんで自宅空自転車運動 30 分間． 発汗． シャワー． 体重 72.4kg． うーむ， 体重はまったく変化してない． 食べる量を減らさないとダメなのかなぁ． なかなかそれは難しそうだ．
• 晩飯が炊けるのを待ちつつ上記 Math::MatrixReal のマニュアル読む． これはなかなかうまく作られている． ふーむ．
• 晩飯．
• [今日の素読]
  • NHK ラジオ「ビジネス英会話」 Lesson 22 ``Volunteer Families'' (8/26-8/31)．
  • 同テキスト今日の``Quote ... Unquote'': Ask, and it shall be given you; seek, and ye shall find; knock, and it shall be opened unto you. --- The Bible (New Testament, Matthew 7:7)
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
  • 自宅空自転車． 1950 より 30 分間 300kcal． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 研究室お茶部屋． パン． コーヒー．
  • 昼 (1210): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． モロヘイヤ・ナス・タマネギ・ニンニク・卵の炒めもの．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． コマツナ・ピーマン・エノキダケの炒めもの．