ぎょーむ日誌 2001-12-10

2001 年 12 月 10 日 (月)

• 0700 起床．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0740 自宅発． 晴れ． 平和島⇔杉田の定期券買ってしまう． ひと月ぶん 12970 円． 特急に乗って 0751 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 内部が齡構造以外だけになってしまった 「ニセ」アカマツの作り直しのつづき． 今までのプログラムの「カラ」だけ利用して， 中身を書き換えている． ずいぶんと単純化されてしまって， 緊張感なくコードが書けてしまうんだが …… 気合がぬけすぎてるのか， 計算初期化の段階で関数呼び出し順の間違いに起因する ヘンなバグがとれぬまま午前中終了．
• 1350 よーやくにして動態部以外のバグはとれた． かなりすっきりしたけど． えーと， あとは， 齡コホートごとの断面積に応じて増えたり死んだりする， という怪しい部分だな．
• 1550 動態部分できる． 「割算は間違いのもと」 にもかかわらずバイオマス増大を左右するのは (子供茎の断面積合計) / (親茎の断面積合計) という宗教的な値の非線形関数として与えられる死亡確率である．
• 計算させてみると， やはりこんな値を使ったむくいとして かなりパラメーターの値にふりまわされるな． このあたりのサジ加減は 「アカマツの非同化部 (木材部分) の乾燥重量は (たとえば) 20 年間でどれぐらい増加するか?」 を見て決めるべきだろう． まぁ， 小林さんが多忙状態を脱したらお尋ねしてみるか． 手元のアカマツ資料みたら何かでるかもしれないし．
• それ以前に片付けねばならぬ問題として …… データ構造をいくらか工夫しなければならない． 重量が 10 倍に増えるあいだに 茎の本数は 1000 倍以上に増えやがるからなぁ …… 解決策はある． この樹木モデルが個体内部にもつのは齡コホートだけなので (つまり鎖つき鋼鉄球のごとく邪魔だった あの樹状構造はすでに無い)， 単にコピーの数を記録すればよいのである．
• えーと， それから死亡確率の与え方も考えなおさないとダメだろうな． そう簡単にコホートが絶滅してもらっては困るんで． 各部品完全独立はよろしくない． さてどうしたもんかな．
• 1720 データ構造の改善終了． いままで樹木部品の複製数が 2-3 万になったあたりで メモリー使いきってしまって忌まわしい paging 発生， 事実上計算ストップしていた． ここでコピー数カウンターという新しい裏ワザ使うと …… おおお， サイズが発散的に増大してもほとんど資源消費ナシ． よしよし． しかし計算速度に関しては (なにしろ Perl なんで) 100-200 万個ぐらいで次第に苦しくなってくるな． 各コピー独立に死亡チェックしてるせいか． じっさいのアカマツの部品数はいくつぐらいのもんなんだろう．
• 確率論的死亡に関する改良はまだだけど帰宅することに． 1755 研究所発． 普通に乗って 1805 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• 死亡モデルを決定論的にしてみようか …… おもしろくないけど． 小さい順に殺していけば コホート絶滅問題と計算速度問題 (こちらはどうでもいいんだが) のふたつを同時に解決できる． と思いつつ， 晩飯食ったら早々に寝てしまった．
• 夜中におきて上の改善案を再検討してみる． ほかに策がないなぁ． えーと， ここを決定論的にしてしまうと …… 実験データに見られるぱいぷ逸脱のばらつきをどう説明するか， だ． 死亡ではなく増殖サブモデルを確率論的にする? 各個体ごとにパラメーター異なるポアソン乱数ひくとか．
• 今日の食卓
  • 朝 (0710): 米 0.6 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ニンニク茎・シイタケの 炒めもの．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1930): 米 0.7 合． 朝と同じ．