ぎょーむ日誌 2000-06-08

2000 年 06 月 08 日 (木)

• 0615 起床． 晴れ．
• 0725 自宅発． ゴミを出す． 0745 東京モノレイル流通センター発． 0800 研究所着．
• 例の HDF という 三つの三次元配列とひとつのテキストテイブルからなる 奇っ怪なデーター構造に取り組む． どうやらいつもお世話になってる ImageMagick のツール群も HDF に対応するようだ．
• ところが ImagemMagick をコンパイルするときに configure でちゃんと HDF 対応を認識させなければならぬ． 北大理学部の Vine-2.0 置場から (私のはまだ Vine-1.1 なんだけど srpm なら問題あるまい， ということで) ImageMagick-4.2.9-1.src.rpm をとってきて， もののためしとて rpm --rebuild --clean しようとすると chown が -h (--no-dereference) に対応してませーん， というヒトの神経を逆なでするようなこと言って すぐに仕事を投げてしまう．
• じゃあ， chown ってどのパッケイジに含まれていたっけ， と rpm -qf chown してみると fileutils であることがわかった． これは gnu の fileutils ですね． しょーがないんで， やはり Vine-2.0 置場から fileutils-4.0_jp-7.src.rpm 拾って来て rpm --rebuild --clean しようとしても， 今度は automake だの autoconf だのが古くてダメだよーん， とか言って動こうとはしない． なんてやつらだ．
• ちくしょうちくしょう， と思いつつ automake と autoconf は gnu のディレクトリーから「生」.tar.gz を取って来て， 古き良き ./configure, make, make install 三段攻撃で直接放りこんでやった． これで fileutils-4.0 が rpm --rebuild できるようになった．
• 今日も甲山さんが来られる． 隣の区画で甲山さんは (よりによって) E*cel なんか駆使して passage growth distribution の平均値なんか計算して， DeltaGraph なんかで作図しておられる． ま， アプリケイションソフトウェアはともかく， 各サイズにおける分布の平均値を求めても， あまり使いどころがないなあ， と気づく．
• コレで個体の履歴線なんかがひける， ということだけど， そういうことに使うなら 各サイズにおける平均値はほとんど意味がない． 本人も言うように， それは 「自己相関 1 の樹木たち」という特殊な世界で (これは非現実的かもしれないけど 論理的には無矛盾なので， ここでは全く問題ない)， 「平均的な成長経路」というやつを 計算せねばならぬというなら (何の役にたつのか知らんけど)， 「平均的な速度をつなぎあわせた経路」 を計算するのは間違いで 「すべての経路を計算しておいてからそれらの平均をとる」 という操作が正しい． ま， これは後で気づいたんで， 自分のために 忘れないようにメモしてるわけだ (またこーいう議論せねばならんのだろーな)．
• さーて， いよいよ ImageMagick をやっつけようとするも， HDF のライブラリーは認識しないは， いつものごとく PerlMagick でコケまくるは …… 根性がつきてしまったので ImageMagick 導入はいったん挫折．
• 隣の区画からの圧力を感じたんで， 以上のような作業と並行しつつ， しょうがないから pasoh シミュレイターの改良にも着手する． 改良の主眼は「樹木個体」と「観測点」の分離である．
• 過去のヴァージョンとは互換性ない HDF5 なんかを 昨日コンパイルしてみたんだけど， HDF というマイナーな世界にあってすら， どうもこいつは誰からも相手にされていない (?) ダメなやつらしい． そこで最も普及してるように見える HDF4.1r3 の tar 玉をやはり北大理学部から拾ってきて コンパイルをやりなおす． Vine に入れる場合は ./configure に --prefix=/usr --exec-prefix=/usr なんかをつけてやらんといかん (というか， そのほうが面倒が少ないような気がする)．
• 一難さってまた一難で， この HDF4.1r3 というライブラリーをコンパイルするには， まことに脱力させられることに g77 が必要なのである． 知らない人のために注釈しておくと g77 とは Fortran77 コンパイラーだ． やはり HDF とは気象学関係の 死ぬまで Fortran に貞操捧げると誓った人々の間でのみ 流通する規格なんじゃなかろーか． ネット上にも資料ないし．
• 東京に遠島になってもお世話になりっぱなしの， かとー大先生の ek ブランド rpm パッケイジ集から gcc-g77 を取ってきて rpm -Uvh． えらく時間かかったけど (HDF5 のときよりはずいぶんと短かったが) HDF4.1r3 のインストールに成功．
• さーてと， もいちど ImageMagick を rpm --rebuild しようか (今度はただしく HDF ライブラリーとリンクするだろ) と思ったんだけど， 私の非力な ThinkPad560E (クロック数 166 MHz) では ImageMagick のような巨大なパッケイジのコンパイルは 時間かかり乏しい資源食いつぶされる． 「裏」で pasoh シミュレイター直す作業やってるんだけど， vi の動きもみょーにカクカクしてしまう． そこで困ったときの <蒼龍> だのみ， ということでコンパイル作業は北大地環研 A 棟 8 階に 移されたのである．
• 一方で pasoh 改良のほうは， 意外と面倒なことになっている． いままでのシミュレイターでは 「森の中に植物があって， 植物が光量の観測点を持っている」 というモデリングであった． ぢつはこれは良くない (拡張性に乏しい) やり口で， より良い設計は「森は植物たちを『持ち』， かつ森は観測点たちを『持ち』， 植物と観測点は森を介在して情報のやりとりをする」 というふうにするほうがよい． こうすると植物個体の存在とは無関係に 観測点を設置するのが容易になる．
• 昼飯として準備してきた弁当は 晩飯として食うことにして， 甲山さんともども 近くの喜多方ラーメン屋に行く． 数分行列． うーむ， 東京おひす街の風習ってやつですかね．
• さて <蒼龍> に移った コンパイル・パッケイジング作業なんだけど, HDF4.1r3 の構築でいきなりコケている． 色々と試してみるうちに コンパイルエラーはソースコードとは無関係であるらしい， と判明． ek ブランドの最新の gcc コンパイラーは Dual Pentium III と相性がよろしくないらしい． しかし， そこは用意しゅーとーなかとー先生であり， ひとつ前のヴァージョンの gcc パッケイジ群も ちゃんと残されている． せっかく rpm -Uvh した新しいコンパイラーを捨て， 古いやつらに入れ直す．
• Yahoo のオークションで昨日から密かに狙っていた PentiumIII 450 MHz で 10 万円のノート PC なんだけど， 出品者がしめきり 4 時間前になっていきなり ワケのわからんこと書いて自分で取り下げてしまった． 何を考えてるんだ． ま， おかげで ヘンな人だとわかったんで助かったのかもしれないけど． あーあ， ThinkPad560E 代替機 どうしよう．
• ここまでに すでにコケまくっているんで， HDF4.1r3 とか， それとリンクさせた ImageMagick の rpm 化なんかは 問題なく完了した． なにしろ 500MHz + 500MHz の <蒼龍> に やらせてるんで， ほんとにあっという間にコンパイルしてくれる． しかも PerlMagick なんかも うまく作ってくれた． 涼しい (であろう) 札幌在住の計算機から， 流刑地である武蔵の国に rpm 化した ImageMagick を 転送して， rpm -Uvh． NASA から観測衛星のデーターを HDF 化したものを ダウンロードしてきて， display してみると …… おお， とりあえず見ることはできるようになった．
• 1500 ごろ DeltaGraph で満足のいく作図ができたらしい 甲山さんが札幌に戻ることに． その前に 浜松町駅ちかくのドトールコーヒーで カフェラテ (210 円) をご馳走になる． なんでも今日は東京では大がかりな葬式があるとかで， 空港とか警戒厳重なんじゃなかろーかと心配しつつ， 梅雨のない蒸し暑くない土地に帰られた．
• 屋久島のよくわからんシンポジウムに参加するだけ参加しろ という案内が来る． 再来週か．
• pasoh シミュレイターの改良は 結局のところ各樹木が 自分に関係のある観測点の id を知ってる， というふうにしてみる． なんかダルいかんじがするけど， 観測点の pointer や reference を持たせるのも バカバカしいような気もしたんで． たいていの動態モデルでは 観測点群は各時刻ごとに消滅と生成を繰り返すんだから， まあこうしよう， と． あ， やっぱり pointer にしたほうがいいかな．
• 1830 研究所発． 1845 東京モノレイル浜松町発． 小雨ぱらつきはじめる． 1915 帰宅．
• 今日の食卓
  • 朝 (0640): ウニ飯と味噌汁． いきなり何なんだと思われるかもしれないけど …… 昨晩の海鮮居酒屋でウニがあまってしまって (プリン体おそれる甲山さんがあまり食わなかったから)， 弁当箱にいれて回収したのである． そのウニ， さすがにナマで食う気にはなれなかったけど， 火を通せばいいかと思って ウニ飯にしたのである． 米を研ぎ， ウニと昆布を入れて麺つゆを少したらす． あとはふつうに炊くだけ． まあ， こういうのは失敗なく作れる．
  • 昼 (1240): 第一京浜をはさんで住友浜松町ビルのむかいにある 喜多方ラーメン屋 (名前失念)． メンマラーメン (680 円)． 麺が札幌ラーメンより太い． コシがあって麺はおいしい． 煮ブタもブタ肉のうまみが感じられる ひかえめな味付けがなくてなかなか． しかしながら， スープがどうにも塩辛かった．
  • 晩 (1920): この弁当だいじょうぶだろうか， と朝作ったウニご飯・野菜炒め弁当を食べる． それから味噌汁の残り．