ぎょーむ日誌 2017-03-(01-10)

2017 年 03 月 01 日 (水)

• 0620 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0830 保育園着． 0900 研究室着．
  • How to annotate a chart in ggplot2 sharpsightlabs.com/blog/simple-an… 注釈追記もひたすらたし算か…annotate() 関数．たし算にすることによって，何か「効率化」みたいなのがあるはずなのだが，いまいちそれがよくわかっていない…   10:47:31
  • Stan Language Design History andrewgelman.com/2017/02/28/sta… Stan 原語設計の歴史…えーと…カギは NUTSアルゴリズム，対数密度，Autodiff自動微分，BUGS 起源，C++ コンパイル，強い静的型付（ユーザが明示的に指定）   11:01:00
  • A global Fine-Root Ecology Database to address below-ground challenges in plant ecology onlinelibrary.wiley.com/resolve/doi?DO… よくわかりませんが…全世界の植物「細根」データベイス…   11:13:46
  • 空行の削除 by @ymknjugg on @Qiita qiita.com/YamasakiKenta/… すぐにドわすれしてしまう vim の空行削除 :v/\S/d   11:53:15
  • RT @ibaibabaibai : DS5「モデル選択超速習」の正誤表　 sites.google.com/site/iwanamida… 　いろいろゆきとどかない点があり，申し訳ないです．   14:29:02
  • 機械学習＆セキュリティーの会社ダークトレイス twitter.com/Darktrace/ …今日はなぜかしらめずらしく IT 系のかたと雑談する機会があり，そういう会社が優秀な人材を集めている…といったハナシをうかがったり…   14:35:19
  • その後，例の，ヒグマデータそうだんのつづき…glmmML() の二項分布モデルはうまくいかない（最尤推定値が見つからない）とのことで…よくわからないままポアソン分布+オフセット項わざはどうでしょう…と提案してみた．いやはや，どうなることやら…   16:04:16
• 1750 保育園着． 2220 とら寝かしつけ …… 苦闘 …… 苦闘 …… 苦闘 ……

2017 年 03 月 02 日 (木)

• 0550 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0830 保育園着． 0900 研究室着．
  • RT @Philo_Shinkan : 【紀伊國屋書店、「Kinoppy」で研究者向け洋書電子書籍を販売開始 】 「欧米の大手学術専門出版社の既刊・新刊タイトルを取り扱う。」「合計17万タイトル」 【INTERNET Watch】→ internet.watch.impress.co.jp/docs/news/1047…   09:30:16
  • 紀伊國屋書店ウェブストア Kinoppy が学術な外国語電子書籍をあつかうとのこと…現時点では Wickham "R for Data Science" とか ”ggplot2”などは入っていない．ベイズ犬４匹本とかは購入できる． www.kinokuniya.co.jp/f/dsg-12-EY000…   09:43:25
  • RT @revodavid : Awesome initiatives for diversity at @UseR_Brussels : code of conduct, childcare, and now scholarships user2017.brussels/diversity-scho… #rstats   09:52:29
  • RT @takehikohayashi : くわこれはすごい話だな / 他2コメント b.hatena.ne.jp/entry/s/h-navi… “「知的レベルは1歳未満」そう言われた次男のiPadを覗くと… | LITALICO(りたりこ)発達ナビ” htn.to/PoGeKW   09:54:37
  • RT @NatureEcoEvo : Spatial complementarity in tree crowns: a mechanism for diversity-productivity relationship www.nature.com/articles/s4155… www.nature.com/articles/s4155… pic.twitter.com/zbDozW2GuC   09:57:10
  • 北大理学部内にあるアーチ。ちょっとわかりにくい位置にあります。 pic.twitter.com/U4A1b69o0r   12:04:46
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  • RT @kimegukurumi : 地衣類の背腹を暫く勘違いしていた。見えない方が背中だと思い込んでいたというか。地衣類はうつ伏せらしい。   12:05:35
• 1750 保育園着． 2220 とら寝かしつけ …… 苦闘 …… 苦闘 …… 苦闘 ……

2017 年 03 月 03 日 (金)

• 0550 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0800 保育園着 …… 今朝のとらはやや早めに出動． 0840 研究室着．
  • RT @MasakiHoso : 論文が公開されました： 「カタツムリ食をやめたヘビは歯並びが良い」 doi.org/10.7717/peerj.… 解説はこちら： sites.google.com/site/masakihos… pic.twitter.com/cjXemZVlh5   08:51:08
  • RT @MasakiHoso : 「島では、マイマイだけを食べるヘビの一種がマイマイの主な捕食者となっている。このヘビは顎の形態が左右非対称で、右巻きマイマイだけを殻から引き出して食べることができる。」（平成27年度センター試験生物②） この話なぜか入試によく出るからね！受験生は覚えておくように！   08:52:08
  • RT @liliput : この頭のおかしい絵本なんなの pic.twitter.com/1pLWa2GM9f   08:53:11
  • RT @ESAEcosphere : Island #biogeography and #ectomycorrhizae in a subalpine environment. @YosemiteNPS onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ec… pic.twitter.com/eWflc9evC0   08:53:42
  • RT @Alien_Evolve : 論文が公開されました～。つる植物の巻きひげが化学センサーであることを発見しました。＞「ペロ・・・これは同種の味！！」 つる植物は接触化学識別（味覚）を使って同種を避けている 東大www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2016/20… 　 原著 rspb.royalsocietypublishing.org/content/284/18…   08:55:27
  • RT @TreeHealthNews : People do play a part in spreading tree disease. We can spread much further and faster than natural mechanisms #KeepItClean #Woodswork pic.twitter.com/Q4CKZEBaV0   08:57:25
  • RT @jimanalyze : 歴ログのおすすめ過去記事：投石の歴史 reki.hatenablog.com/entry/2015/01/…   10:30:18
  • いやはや…午前は生態学会さーば（CentOS5.5+Plesk）に時間とられた…メイル不調，不正アクセス→メモリ圧迫？…と考えて maillog から怪しいIPアドレス38件抜粋してFWに指定しようとしたら…GUI手作業でコピペしろとか…？ふつーに iptable できないかな？   11:36:45
  • grep "incorrect" /usr/local/psa/var/log/maillog | perl -nlpe "s/(.+\[)//" | perl -nlpe "s/\]//" | sort | uniq -c | sort -n で高頻度攻撃者を特定して有害指定   11:39:07
  • とりあえず攻撃者 iptables 一斉登録できた…cat ~/attackerIP.txt | perl -nle '$_ =~ s/\s+\d+ //; print "iptables -I INPUT -s $_ -j DROP"' > iptable_drop.sh pic.twitter.com/OMioOTvi7Q   12:00:38
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  • 生態学会さーば管理あれこれ，ごくちかい将来（行程表わかってない）業者に外注，となるはず…これで古いOSに苦闘することもなくなるはずなのだが…外注でカバーできないところをどうにかしろ…というハナシがないわけではない…うう   12:16:01
  • 気のせいか iptables DROP 指定して以降，メモリ使用量が減ったよーな気が．maillog の SMTP攻撃もとりあえずは止まっている．ふう…Linux 2.6.9，契約によりアップデイトを禁止されているこのシステムにあとどれだけ「おつきあい」することになるのだろうか… pic.twitter.com/WtVxPPFNce   12:22:26
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  • RT @rjgeller : 簡単にいうと、天気予報に流体力学の基礎方程式（ＮＳ方程式）があります。似ているのは地震の緊急速報（その裏付けは弾性体力学の運動方程式）です。地震発を生予知することは気象学の”次の渦の発生を予測すること”と同様です。超非線形で、両者は現在の学問で極めて困難です。 twitter.com/nocco6/status/…   12:49:22
• 1750 保育園着． 2140 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2017 年 03 月 04 日 (土)

• 0600 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0850 保育園着． 0920 研究室着．
  • RT @magosaki_ukeru : 今日の写真、世界で最も古い有機体。４８４１歳の木。東部カリフォルニア州。 twitter.com/MotherNatureNe…   10:56:12
  • RT @ibaibabaibai : 因果推論．回帰は数式がいるけど，層別化はいらないよね．層別化に別のモデルを入れたのが回帰による調整というイメージ．傾向スコアは難しいけど，層別化して重みを付け直すのの延長でもある．自分は層別化を基本として考えようと教わって納得した．   11:24:29
  • Scientists create electric circuits inside plants theconversation.com/scientists-cre… 植物の体内に電子回路を組みこむ．内部状態やシグナル分子の挙動がさらによくわかる…かもね，とゆーおはなしのようで…   13:11:39
  • RT @daiti_m : 僕、前川先生・浅原君(国語研)で企画した「統計数理」の特集 "統計的言語研究の現在"が公開されました。下から誰でもご覧になれます。教師なし構文解析、CRFの詳細な解説、言語系統樹の推定など自然言語処理を知っている方にも有益な内容が多数ありますので、ぜひどうぞ。 twitter.com/tousuuken/stat…   13:56:37
  • 今日の生態学会さーば攻撃 IP 対処 (iptables DROP 処理)…iptables で DROP してやると，さーばメモリの使用量が減ります（比較してないけど，たぶん CPU 作業量も）．この方式でうまくいきそうなら，あとは全自動化すればいいかな… pic.twitter.com/luldt0xD2r   13:59:59
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  • Which function in R g4greetz.wordpress.com/2017/03/03/whi… R の which() 関数，
    > x [1] 1 5 8 4 6
    > which(x == 5) [1] 2
    > which(x != 5) [1] 1 3 4 5
    …などといった挙動   15:02:33
• 1730 保育園着． 2140 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2017 年 03 月 05 日 (日)

• 0600 起床． 朝飯の準備その他ばたばた．
  • 今朝はまずサツマイモパンケイキ作って、つぎにダイコン・ニンジン・ゴボウ・イモ・鶏肉の煮物づくり…根菜にちようび… pic.twitter.com/njMjJT53Og   08:43:57
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  • 天気がよいので、ぼーい先生と札幌市内うろうろ散歩に出動… pic.twitter.com/aqczaGK7tc   10:19:45
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  • 札幌市地下鉄大通駅に展示されてる「凹みスタディ」… blog.goo.ne.jp/h-art_2005/e/5… pic.twitter.com/mD67QH7HKV   10:53:43
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  • 大通公園から巨大な地下歩道（チカホ）歩いて札幌駅へ…年に1〜2度（？〕ほど行商にくるトミカのプラレイル… pic.twitter.com/XSKZ3LDCdE   11:32:47
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  • 午後もお散歩。雪に埋没している北大植物園、そして不法浸入を試みるぼーい先生。 pic.twitter.com/VMdIWoty5M   15:27:53
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  • RT @WolframJapan : Wolfram|Alphaで数学的帰納法を使った証明ができるようになりました。世界初です！ブログをご覧ください。 #wolframalpha wolfr.am/edDrzAXF pic.twitter.com/GBTCk2FhY5   16:27:23
  • また大通公園…4歳児ぼーい先生の本日の累積歩行距離はすでに11000メートル超。自宅までまだ1000メートルぐらいか？なぜかしら、落下した小枝をひたすら拾いあつめています… pic.twitter.com/ZrZgS3mJpx   16:32:39
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  • RT @berobero11 : ブログ更新しました→MCMCサンプルを{dplyr}で操る - StatModeling Memorandum statmodeling.hatenablog.com/entry/using-mc… 　備忘録程度ですが…。   19:27:17
  • RT @skmt_kun : 岩手のわらしちゃんの方言ツイートに出てきた「わがねな」（だめだな）。北に行くと青森の南部地方も「わがね」を使うらしいが津軽では「まいね」になる。南のほうだと宮城県北の登米のあたりも「わがね」を使うときいた。「だめだ」の意味の「わがね」はどんな分布になってんだろう twitter.com/warashichan_pn…   22:00:47
  • 本日の北海道内・全４歳児中の上位長距離歩行者・ぼーい先生（13 km）…歩きすぎたせいかアタマがヘンになって…夜のおちゃらけひどく…なんとか「ふとんで本よみ」までもちこんだところ「とつぜんの電池ぎれ」みたいなかんじで気絶するように睡眠モードに移行しましたことをご報告いたします…   22:15:38
  • DS6 の原稿よみしてたら，あちこちちょっと〇〇なかんじでアタマぐらぐらしてきた…「なるほど，こういうやりかたもあるのか」とも思うのですが…いやはや，もうこんな時刻か．さっさと寝なくては…   23:42:23

2017 年 03 月 06 日 (月)

• 0620 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0830 保育園着． 0900 研究室着．
  • 春分点に近づき、まだまだ寒い札幌でも6時ぐらいの日の出となった…なんだかありがたいなぁ… pic.twitter.com/uIj8YWtmgC   06:25:21
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  • RT @berobero11 : Rのintegrateがどうも不安定なので、RcppGSLで数値積分できたらハッピーだ。やってみようかな。 twitter.com/datasci_blogs/…   09:12:09
  • さっさと仕事に着手したいのだが…また生態学会さーばの不正アクセス対策に時間とられている．/usr/local/psa/var/log/maillog だけでなく /var/log/messages の監視も必要．IP アドレス抽出して iptables DROP おくり処理…   10:23:00
  • 生態学会さーば不正アクセス対策，/var/log/messages の「あやしい」やつを全て iptables DROP するのはやりすぎ…学会事務局から「メイルつかえません！」と怒られたので，いったん iptables --flush でリセット．しばらくSMTPに専念するか…   10:48:54
  • ちょっとひとやすみして，また生態学会さーばー不正アクセス iptables DROP 処理．今度は /var/log/secure おもに ssh のっとりを画策している攻撃もとへの対処．たいへんな時代だなぁ… pic.twitter.com/dCbH8Qrun8   16:40:40
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  • RT @sorae_jp : おめめパッチリ。ANAの「エアバスA380特別塗装機」 ウミガメモチーフの「FLYING HONU」に - sorae.jp/030201/2017_03… pic.twitter.com/YMXNi2HlJH   17:17:55
  • RT @Newton_Science : 《海水は意外に少ない！》 海水をまとめて球にして，カラカラになった地球と並べて比較しました（イラスト）。海水の球はとても小さいことが分かるでしょう。海水は地球の大きさに比べると非常に少ないのです。Newton別冊『海のすべて』より。 amzn.to/2k12U5x pic.twitter.com/dRxiwNN0bC   17:30:04
• 1750 保育園着． 2140 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2017 年 03 月 07 日 (火)

• 0610 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0830 研究室着．
  • 衛星画像解析の院生のセミナー，火山噴火後の植生回復速度の計算でぐだぐだぎみ…「そんなのはピクセル単位の空間統計な格子モデルで近距離拡大・遠距離散布の速度を推定すればOK」と言いかけたが…例によって「だったら久保がやれ」となるので沈黙．したうけぎょーむづかれで，何かと沈黙しがち…   12:02:23
  • RT @kobakaz_jp : Sex allocation promotes the stable co-occurrence of competitive species www.nature.com/articles/srep4… 性比の進化動態は、多種共存を促すだけでなく、生物群集に普遍的なパターンを再現できる   16:50:18
  • RT @Session_22 : 【告知】3月7日（火）「すでに4割以上が定員割れ!?〜18歳人口の減少を前に、私立大学の今後を考える」小川洋×荻上チキ（TBSラジオ「荻上チキ・Session-22」平日22時〜） www.tbsradio.jp/126181 #ss954 #大学 pic.twitter.com/jVpVSoy4K7   17:11:42
  • RT @510LOEV : ちんまり鉄道（アールズデール鉄道）もTVシリーズに出るんだ！　しかも主役！ youtu.be/v-YKg3APTw4   22:24:46
  • 今晩のぼーい先生、寝かしつけ「おはなし」の指定題目はアールズデール鉄道 wikiwiki.jp/kei0420yuu/?%A… でした…暗闇の中、断片的な知識で「砂上の楼閣」的なおはなしをリアルタイム生成…   22:28:02
• 2210 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2017 年 03 月 08 日 (水)

• 0620 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0830 保育園着． 0910 研究室着．
  • RT @langstat : 現在開催中のR初心者合宿講習会の資料（by @sakaue 氏）が公開中 speakerdeck.com/sakaue 少しずつ増えていくらしいです。 #rbc2017   09:08:58
  • 凝集と拡散のせめぎ合い─『宇宙に「終わり」はあるのか honz.jp/articles/-/43863 "われわれ人類は…安定している宇宙に次々と登場する無数の知的生命の一つではなく、混沌から静寂へと向かう宇宙史の中で、凝集と拡散が拮抗…刹那に生まれた、儚い命にすぎない"   09:19:19
  • ジューディア・パール (Judea Pearl) の項 ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B8… ながめてたら，冒頭いきなり「息子ダニエル・パールはジャーナリストだったが、アメリカ人でかつユダヤ人だということから、2002年に…パキスタンで誘拐され殺害された」…うーむ…   14:19:48
  • RT @triadsou : 某所より「交互作用の検定は検出力が低いから、サブグループ解析をしなさい」といわれる。   14:31:34
  • 生態学会さーばの mailman メモリ使用量は 1GB！外部から攻撃うけてるのかな？ここしばらくこのマシンの log を調べているんだけど，smtp も sshd も絶え間なく攻撃うけてる．対処療法だけど，iptables DROP 指定（半自動処理）．いやはや… pic.twitter.com/qYWsYcrpoK   16:12:58
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• 1750 保育園着． 2150 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2017 年 03 月 09 日 (木)

• 0620 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0830 保育園着． 0900 研究室着．
  • RT @mshouji : 花粉はオープンデータになってないんです。トップページに「複製、転用、改変、販売、譲渡、翻案等二次利用及び営利目的とした利用を禁じ」と書いてありますのでご注意ください。ニーズがあることを環境省は認識しているはずなのですが。 twitter.com/wonder_zone/st…   09:32:31
  • RT @Myppo : 日本生態学会東京大会にて「子ども生態学講座　～花粉の旅～」開講。3/18（土）14－17時。早稲田大学早稲田キャンパスにて。小学4～6年生対象です。小さな花粉の気持ちになって、おしべからめしべへの旅を観察してみよう！詳細はこちら。 iko-yo.net/events/69366   09:33:12
  • RT @markus_eichhorn : 85% of forest fires in the US are directly caused by humans earthobservatory.nasa.gov/IOTD/view.php?… pic.twitter.com/gy4eApws9P   09:35:46
  • RT @OECDTokyo : 「今日は ＃国際女性デー 」本日最もご覧頂いたのは「男女間の賃金格差」でした。なんとなく差が開いている思っていたが、加盟国の中で3番目とは意外だった！と思う方も多いのでしょうか。皆さんのご意見、ご感想をお聞かせ頂ければ嬉しいです！ ＃国際女性の日 　 ＃IWD2017 #gender pic.twitter.com/dlacX1K3AK   09:37:54
  • 生態学会さーばー設定のド忘れびぼー録．crontab -e で 0 */3 * * * /etc/init.d/mailman restart …と設定．3 時間おきの「0 分」に mailman を再起動．mailman がなぜかしらメモリをどか食いしてると判明したので…   10:36:01
  • 生態学会さーばー設定のド忘れびぼー録．smtp や sshd に対する不正攻撃元 IP アドレスを Perl とかで抽出し，まとめて iptables DROP するのもメモリ節約に有効（足りないと mailman が落ちる）．しかし，これはキリがないので…なにか別の対策が必要…   10:38:46
  • 生態学会さーばー設定のド忘れびぼー録．mailman 再起動と iptables DROP（つまり無間地獄おくり）の挙動から，mailmanが直接攻撃をうけてるよーな気がするのだが，これについてはどこを調べればいいのか，いまいちよくわからない…SMTP まわりを監視すればよいの？   10:43:31
  • RT @ahaseg : またもや荻上チキ Session 22 #ss954 ... fb.me/8CXTtoaTR   12:30:28
  • Aterm MR04LN → Ubuntu 16.04.2 への USB テザリング設定． ・起動してる Aterm を USB 接続して ip address で接続を確認 ・nm-connection-editor で enxa…のほうを指定（なぜかしら?） pic.twitter.com/OABXaHUBg0   12:38:10
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  • RT @jssp_pr : 【いよいよ来週！】3/14 第4回春の方法論セミナー「効果の科学からデータ生成過程の科学へ～心理学者のためのベイジアン・モデリング入門」（岡田謙介・国里愛彦）＠上智大学 www.socialpsychology.jp/seminar/semina… ※例年通りUST中継と事後録画公開を予定しています． pic.twitter.com/El2tLvPqCV   12:55:49
  • Outcome-adaptive lasso: Variable selection for causal inference onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bi… タイトル，何だか「すごい」感じがにじんでいたので，読む気もないのに tweet してみました…   14:35:34
  • ボーイング、小型ジェット機「737 MAX 9」をロールアウト sorae.jp/030201/2017_03… 1967年初飛行の B-737，九大理学部上空にて旧式ジェットエンジンの轟音で毎日正午を知らせていたわけだが…これほど「延命」するとは…B-737って…「ガンダム」?   14:45:40
  • ボーイングの B-737 のあまりの異常な延命っぷりに（「名前だけ延命」疑惑あり），専門家集団の @sorae_jp さんもついうっかり (737 ではなく) …787 って書いてますよ… twitter.com/sorae_jp/statu…   14:49:05
  • "本研究はノートPCユーザー出現傾向による店内の回転率予測や新規店舗開拓のマーケティングへの応用など、これまで群集生態学で議論されてきた成果を社会に還元する可能性を示すものである"…お，ウミガメの林さんだ… twitter.com/echiuni/status…   16:12:11
  • しまった，ウミガメそのものではなく，ウミガメにつくフジツボだった…（はず）   16:13:14
  • RT @jigyoiin : 北海道弁を話す愉快なキャラクター・ミーアキャットのティモンと、イボイノシシのプンバァを演じるのは、道産子の俳優さんです。　　（C）Disney 撮影：佐藤アキラ pic.twitter.com/TzE0DCM7wP   19:54:56
• 1750 保育園着． 2140 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2017 年 03 月 10 日 (金)

• 0620 起床． 朝飯の準備その他ばたばた． 0830 保育園着． 0900 研究室着．
  • RT @ESA_org : Radioactive Boars in Fukushima Thwart Residents’ Plans to Return Home nyti.ms/2mqGY8u @NYTScience   09:11:18
  • RT @Newton_Science : 《宇宙の温度が不自然なほどに均一？》 誕生直後の灼熱状態の宇宙の残光，それが宇宙背景放射です（イラスト）。 その温度はどの方向もほぼ同じで，差はわずか10万分の1。この不自然な均一さは大きな謎でした。詳しくは今月号のNewtonで amzn.to/2lDXVvX pic.twitter.com/MA0LPJxr2n   09:12:19
  • RT @LarsSDalen : Watch 700 years' forest fire history in two minutes bit.ly/2m3cHJf @NIBIO_no @ESA_org @lizalester bit.ly/2m6fuSR pic.twitter.com/d5hP5g3rFJ   09:22:25
  • Watch “700 years' fire history” on #Vimeo vimeo.com/204144620?ref=… 「ノルウェイの森」の森林火災の履歴．中世末期だと燃料蓄積→大火災…というパターン？近世以降は火災の小規模化？いろいろ興味ぶかい…   09:24:34
  • RT @ColinHCampbell : Unsure if you like bees or moths more? That's why #CostaRica came up with the Red-legged Bumble-moth #teammoth pic.twitter.com/8pq4lpXiwz   09:32:13
  • RT @dantyutei : 12年かけた調査の論文が出ました。主に軍隊アリ類と共生するハネカクシが、古い時代から12-15回独立にアリの姿に進化したことが判明。この大規模な収斂進化を通して、一つの進化の方向性を示したとも言えます。w/ @Pselaphinae www.cell.com/current-biolog… pic.twitter.com/6AszcQ8wnJ   10:19:35
• 1750 保育園着． 2150 とら寝かしつけ …… 苦闘 ……