ぎょーむ日誌 2016-08-(01-10)

2016 年 08 月 01 日 (月)

• 0600 起床． ねぼそくでしんどい． 自宅で仕事すると， ますますしんどい． うんどう休養日， つづく．
  • RT @appbank : 「ポケモンGO」の生みの親、解析ツールPokeVisionを規約違反と明言 iphone-mania.jp/news-127919/   00:16:11
  • RT @Kyukimasa : ラニアケア超銀河団とグレートアトラクターの話 www.space.com/33579-will-the… グレートアトラクター、それほどグレートじゃないかも（もっと大きなフローの一部）みたいに書かれてて、なにはともあれスケールでかい pic.twitter.com/Yo42mR7SJn   12:22:41
  • お…札幌市では，昨日が今年始めての真夏日だったのか… www.data.jma.go.jp/obd/stats/etrn… pic.twitter.com/qcYaNxynnS   14:52:42
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  • RT @siero5335 : 自己紹介で喋った、Rを使ったことない学生さん向けの資料です。同業者向けですがよろしければ。: www.slideshare.net/eguchiakifumi/… #TokyoR   15:19:59
  • Stan 2.11 Good, Stan 2.10 Bad andrewgelman.com/2016/07/31/sta… 2.10 には subtle bug がひとつあったそうで，それも修正されたとのこと．   16:14:13
  • 生態学会さーばー管理めも：今日もメイルや PHP まわり (?) が不調とのことで…芸もなく，再起動．なおった．はてさて，さーば義勇管理者生活はいつまで続くことやら．外注の日程表はどうなっているのかな…   16:24:45
  • 保育園にむかって急ぎ足で歩いていたら、北大構内のサクシュコトニ川を徒渉中に派手に転倒してしまい、下半身ずぶぬれ…いやはや… pic.twitter.com/kcMbQmo3gW   17:04:32
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  • Ubuntu Mate で何か起動したときの「窓」最大化を防ぐ方法（のひとつ？）…Mate tweak の windows の window behavior セクションの do not automaximize new windows を on にする…だれのトクになる情報…？   22:16:36

2016 年 08 月 02 日 (火)

• 記録だつらくぎみ ……
  • RT @drob : This slide by @johnstorey sets great example for math presentation- graphics help audience follow equations #JSM2016 pic.twitter.com/svDULAXZyc   09:31:17
  • RT @cpsievert : Teaser for my #JSM2016 on interactive graphics with @plotlygraphs #rstats pic.twitter.com/koAqMg7t8j   09:31:19
  • RT @ibaibabaibai : ご無沙汰していたサイエンスブログを更新しました．今回は麻疹の話（３回連続の予定）です．一回目は感染者の数の振動や病気の絶滅をあらわす確率モデルを作って遊んだり，麻疹のウィルスと「都市」についての興味深い説を紹介　 ibaibabaibai-h.hatenablog.com/entry/2016/08/…   09:36:29
  • RT @domislivenews : #APPLE REMOVES THE GUN EMOJI, REPLACES IT WITH A SQUIRT GUN IN NEW UPDATE #emoji pic.twitter.com/fsAt5LYQ7q   09:43:33
  • 水鉄砲に変更されるのは次の iOS update からかな？…いま気づいたのだけど、水鉄砲ではなく水拳銃ではないのだろうか？…なぜ「てっぽう」というコトバが小火器 small arms を総称するようになつたのだろうか… pic.twitter.com/i7OQZtDRrS   09:51:05
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  • RT @ibaibabaibai : そういえば2010年度までは毎年の発表リスト作っていたんだ．いまみると面白い．麻疹になったのは2001年だった．www.ism.ac.jp/~iba/iba9596.h… 　こんなに浮世ばなれした謎の組み合わせの研究をしていられた時代があった，ということになるのかな．   11:38:54
  • おお…JSS に runjags 記事 www.jstatsoft.org/article/view/v… が! JAGS インターフェイス，並列サンプリング，GLM テンプレイト，確率分布の追加…などなど．BUGS ぎらいな院生には「てんぷれ」かな？ pic.twitter.com/XdMrLASJ4L   14:13:45
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  • RT @dimstatistic : rjagsではなくrunjagsパッケージを使い、method="parallel"に設定したら、MCMCサンプリングがはかどることはかどること。   14:16:51
  • Matt Denwood さんの記事 www.jstatsoft.org/article/view/v… を読むと… runjags では drop.k() 関数で交叉検証も可能とのこと www.jstatsoft.org/article/view/v… 知らなかった… pic.twitter.com/PJDxvIUQuW   14:33:03
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  • 蛇足ながら R で install.pacakges("runjags") して vignette('userguide', package='runjags') すると Denwood さんの Rdoc な解説記事が読める．JSS 論文とだいたい同じ内容みたい．   14:39:40
  • RT @ibaibabaibai : ＞サクシュコトニ川　なんか「エヒヒヒコックス」とか「サクシュコトニ住血吸虫セルカリア」とか恐ろしい寄生虫がいそうな名前に聞こえる． twitter.com/KuboBook/statu…   14:47:00
  • まちがいかもしれなけど…R で多変量正規分布をあつかう base 関数は存在しない？乱数発生させる r な関数は library(MASS) の mvrnorm()，その他のd, p, q な関数は library(mvtnorm) の (d, p, q)mvnorm()…かな？   15:50:53
  • 統計モデリングじゅぎょー，あと2回．準備がしんどくなってきた．明日のぶんは，とりあえずできた．一週間後の最終回はどうしたらよいのやら状態…   15:52:59
  • R を使った多変量正規分布にしたがう乱数発生，やはり library(MASS) の mvrnorm(n, mu, Sigma, ...) と指定するほかないのかな…まあ，これで何も問題ないけど． pic.twitter.com/eWaDenqpC9   16:08:39
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  • NHKカルチャーラジオ www4.nhk.or.jp/P1940/ 「地理学で読み解くアメリカ」の最終回・移民博物館，おもしろかった www4.nhk.or.jp/P1940/28/ 次回からは三浦慎吾さん「野生動物の今と日本社会」 pic.twitter.com/3HRvRT2pB3   16:57:24
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  • 二変量正規分布の乱数を使って生成したランダムウォーク．分散 1 で共分散 0.5…もちろん上下移動に「しんくろ」が見られるわけだが…意外と好き勝手にうごくみたいだな…このアウトプット例だと線形相関係数は -0.63…ですって?! pic.twitter.com/vrkteuervi   17:28:15
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  • RT @hoxo_m : “Python - 簡単な粒子フィルタの実装 - Qiita” htn.to/3Rqthb   17:31:37
  • すみません…これ，不正確でした．library(mvtnorm) では pmvnorm() と dmvnorm() と rmvnorm() が準備されていて，t 分布についても同様に．ひさしぶりに Ripley 御大本 MASS4 をながめております．これの説明は p.110   18:17:25
  • 札幌ではめずらしく、突然のゆうだち☔️…かなりの降水密度。自宅まであと600メートルなんだけど…とりあえず様子みてます… pic.twitter.com/woOGNTzvVY   18:55:15
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  • 明日の夕方も危なそうだ☔️…傘携行を忘れないようにしよう… pic.twitter.com/Dq4rjXQIVJ   19:04:08
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  • 降り始めから20分ほどでかなり☔️のイキおいが減衰してきた…さすが、北海道…   19:07:17
  • PDF ファイルサイズをすごく小さく圧縮した (16MB→3MB) ゴウストスクリプト (ghostscript) による魔術… 出典は stackoverflow.com/questions/5296… pic.twitter.com/ybB7TaD1JH   21:43:20
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  • この ghostscript 魔術，やはり交換条件があって，画像の画質なんかはちょっと悪くなるみたい…   21:45:37

2016 年 08 月 03 日 (水)

• きろく脱落． とらがヘルパンギーナで 39℃ の高熱．
  • ぼーい先生、とつぜんの高熱でダウン…今日の午前はぼーい看護。保育園に欠席の電話。保育士さんによると園内ではヘルパンギーナ・溶連菌・夏風邪が流行中とのこと…札幌市における主な感染症の動向😷➡︎ www.city.sapporo.jp/eiken/infect/   07:58:53
  • RT @mitanin : 待ってました！kindleアンリミテッド！→アマゾン980円で12万冊OK　読み放題サービス開始 | 2016/8/3 - 共同通信 47NEWS this.kiji.is/13329188489604…   08:37:21
  • RT @IIMA_Hiroaki : 1960年代の手紙の本。目上への「ご苦労さまに存じます」「了解いたしました」は、昔は問題にされなかったことが分かります。後者はごく最近に誤用扱いされ始めたと、菊池良さんの検証があります。 bit.ly/2axRbbk pic.twitter.com/EYuGRfr4My   08:44:55
  • RT @yojiro : Kindle unlimited リミットされまくりだった。コミック最初の3巻までとか…。 pic.twitter.com/ZAJhpUwGEC   08:46:26
  • RT @kosugitti : ラプラス分布である pic.twitter.com/B5uXXP58AD   09:57:37
  • 高熱でうつらうつらしてるぼーい先生ケアで午前終了。統計モデリング授業開始まであと1時間。 pic.twitter.com/U4giYPjd21   12:01:25
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  • RT @AP : Despite years of study, there's little proof that flossing daily actually works. apne.ws/2apJggY   14:29:50
  • 統計モデリングじゅぎょー，開始時刻には何とかまにあって，本日ぶんも無事に終了．昨日につづいて，今日も真夏日は回避されたようで…これまためでたいですな…(札幌のアメダス) www.tenki.jp/amedas/1/2/141… pic.twitter.com/GuVUDd5DLS   14:37:33
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  • 帰宅後，体温39℃火の玉ぼーい先生をだっこして近所のクリニックへ．診断：ヘルパンギーナ．高熱のくせに「なにかたべたい」とのことで，うどんを準備したらひと玉ぺろりと食べてしまった…その後はクロムキャスト YouTube 鑑賞，ベッドで絵本よみ…いつものように22時すぎのおそい就寝…   22:42:21
  • baibai さん、意外とお若いようで… ・ヘルパンギーナの疫学 www.nih.go.jp/niid/ja/kansen… 患者の年齢は5歳以下 が全体の90％以上を占め、1歳代がもっとも多く、ついで2、3、4歳代の順で、0歳と5歳はほぼ同程度の症例が報告されている。   22:52:45
  • RT @ibaibabaibai : @KuboBook 久保さんがヘルプなんとかになって私にうつすというような   22:56:17

2016 年 08 月 04 日 (木)

• 0500 起床． 海馬りはびりてけてけ走 20 分． 朝飯の準備その他ばたばた． なかなか熱がさがらないヘルパンギーナぼーいの看病．
  • RT @ScientistTrump : Obama's @JAMA_current paper small, maybe something else is. My book: HUGE. No size problems, I guarantee. #JSM2016 pic.twitter.com/OLZDEaUUOk   08:23:41
  • 13時まで自宅でヘルパンギーナぼーい先生のお相手。火の玉状態は脱して体温37℃あたりに。ばいばいして、大学にむかう途中、ひさしぶりに盤渓蕎麦に寄って昼飯。ふう… pic.twitter.com/iaimzQbbuW   13:26:16
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  • RT @hoxo_m : 『みんなのR』翻訳者＋R若手集団によるWeb連載が始まります。よろしくお願いいたします。 / “Rではじめよう！［モダン］なデータ分析 | マイナビブックス” htn.to/7NVVJ2KcEq   16:42:59
  • RT @bluebacks_pub : 【初めての…】来週木曜日、８月11日は、記念すべき初めての「山の日」です。せっかく増えた祝日、科学的登山でリフレッシュしてみませんか？ 祝「山の日」記念コラム前篇 疲労をためない科学的登山術｜ブルーバックス｜講談社BOOK倶楽部 bluebacks.kodansha.co.jp/news/2016/8/2.…   18:35:55
  • RT @RosemaryMosco : ICYMI: Need to figure out which living things to study? I made a helpful(?) new comic/chart. www.topatoco.com/merchant.mvc?S… pic.twitter.com/pYJnWhSzs2   20:54:13

2016 年 08 月 05 日 (金)

• 0520 起床． 朝飯の準備その他ばたばた．
  • RT @ibaibabaibai : さっきはリンクミスで申し訳ありません．サイエンスブログを更新しました．はしかの２回目です． ibaibabaibai-h.hatenablog.com/entry/2016/08/… 切れ目が良くなかったので，３回の予定が４回になりました．今回は前回の前半のお話しの続き，はしかのカオスとかは次回です．   05:40:12
  • RT @AmeliaMN : If you missed the #JSM2016 session on reproducibility, check out @minebocek ’s blog summary: citizen-statistician.org/2016/08/03/jsm… pic.twitter.com/lJnXfZQSKL   05:41:37
  • 人工知能により病名が特定され難病の患者が救われる！まるでSFのような出来事だと話題に Togetterまとめ togetter.com/li/1008290 "東京大学医科学研究所が導入した２０００万件の医学論文を学習した人工知能が医師でも診断が難しい特殊な白血病を見抜き、…"   05:47:02
  • Win10アプデすごい！やれ！bashもapt-getもubuntuバイナリも動く。本当にAniversary Updateだ。 fukuyuki.net/post-998/ "apt-getしたらrubyやemacsなどなども、そのまま動く"   05:50:21
  • 早朝から寿司屋さがし…どうなることやら… twitter.com/search?q=%E3%8…   05:57:33
  • RT @KeikoUTorii : サイエンス：向日葵が太陽を追うメカニズムと進化的意義の解明〜　🌻は太陽を追って東から西へ向きを変え、夜間に日の出に備えて東へ向き直す。成熟した花は東に向きっぱなしになるが、それが受粉に有利になるそうだ。　 science.sciencemag.org/content/353/62…   10:18:18
  • RT @keizi666 : stanford.maps.arcgis.com/apps/SimpleVie… すごい。明治43年帝国陸軍測量の1/50000地形図を見放題。神かよ。 五日市の地図を1枚だけ現物で持ってるけど、全国のを見放題ですよ、旦那。エリアをクリックして『詳細』を押すと見られます。   16:03:15
  • JR札幌駅の西改札口ではりこみ中… pic.twitter.com/sP9HY2WJ1P   16:09:44
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  • 札幌駅西改札口のはりこみ40分…おかしい…これか⁉︎ twitter.com/urumochi/statu…   16:39:49
  • RT @ZAPPAmanx : 保安検査受けず待合室へ 国内線一時出発見合わせ 新千歳空港 | NHKニュース www3.nhk.or.jp/news/html/2016… ”女性の乗客の１人が検査を受けないまま、制限区域となっている搭乗待合室に入った”が、”検査を受けなかった女性は特定できておらず”？？？？よくわからん   16:44:20
  • RT @walk_RJSK : 新千歳空港に到着しました！およそ1時間15分遅れでの到着となります。 pic.twitter.com/dHSsA4EnF8   16:45:52
  • 札幌駅西改札口の長時間のはりこみ、まもなく終了。おかげでひさしぶりに宮越屋珈琲を飲めました… pic.twitter.com/qwHUFjicat   17:22:07
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  • まだ改札口前。今回の隠れた敗因としては、札幌駅で何もかも済ませてしまうのが便利…という札幌駅中心主義とゆーモデルのバイアス…   17:39:29
  • RT @MayumiPod : パパがいい😭😡😭😡と２時間近く反乱を起こしていたのに唐突に機嫌なおしてレゴに取り組んでいる。 pic.twitter.com/rC8PzVgmS2   20:00:50
  • 行動経済学一代記──『行動経済学の逆襲』- 基本読書 huyukiitoichi.hatenadiary.jp/entry/2016/08/… "合理的な経済活動を行う経済人──エコンを想定する従来の理論は正しいのだとする「あたかも」説だ…それが一番企業における利益が増す行動だから、自然にそうするはずだというわけである"   20:16:37
  • RT @moorterb : "Write your data for machines and your code for people" twitter.com/MethodsEcolEvo…   21:37:11

2016 年 08 月 06 日 (土)

• 0530 起床． 朝飯の準備その他ばたばた．
  • RT @ESA_org : Drones Shoot Fireballs to Help Control Wildfires #ESA2016 @ESAFrontiers on.natgeo.com/2amh9BU via @NatGeo   06:43:49
  • RT @hadleywickham : readr 1.0.0 now on CRAN 🎉: blog.rstudio.org/2016/08/05/rea… . Better column guessing, 📅/⏰ parsing, lower-level reader/writers & many 🐛 fixes #rstats   06:45:56
  • RT @t_kadoya : プレスリリースされました：木材貿易が鳥類の絶滅リスクに与える影響の評価指標を開発 －２１００年には６２種類の鳥類が絶滅の危機に－ www.ynu.ac.jp/hus/koho/16435…   06:46:27
  • Simulating from the Bivariate Normal Distribution in R (Joseph Rickert) blog.revolutionanalytics.com/2016/08/simula… 二変量正規分布，乱数発生，密度関数等高線 pic.twitter.com/RlBHV0c5KP   09:40:53
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  • KuboLog は古い…使ったことないのですが，Conway-Maxwell-Poisson 分布 en.wikipedia.org/wiki/Conway%E2… どうでしょう？ twitter.com/berobero11/sta…   10:19:21
  • Conway-Maxwell-Poisson 分布，図示するとこんなかんじのようで… opisthokonta.net/?cat=5 から借用． pic.twitter.com/GQMawbPbWK   10:23:08
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  • CRAN 内の Conway-Maxwell-Poisson 分布な GLM 推定関数とか… cran.r-project.org/web/packages/C… たくさんあるので検索結果を… www.google.co.jp/search?q=Conwa…   10:26:36
  • しかし，こんなに簡単に過小分散 (underdispersion) な「拡張されたポアソン分布」っぽい確率分布が作れたとは…しらなかった…   10:29:16
• 2210 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2016 年 08 月 07 日 (日)

• 0520 起床． しんどくて， なにもできない ……
  • 「航空宇宙軍史・完全版」は文庫版．まあ，私は電子書籍版が出るまでがまんする予定…表紙絵は佐藤道明さん…と思いきや…なんと…加藤直之さん！言われてみれば，たしかに…谷＋加藤は史上初かも www.hayakawa-online.co.jp/shopdetail/000… pic.twitter.com/HW64ofsx3p   10:00:50
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  • RT @Y_Suzuki : 引き続きPhotoscan練習中。空中写真閲覧サービスの空中写真43枚を使って伊豆高原あたりをモデリング。テニスコートとか道路上の白線の角とかを使ってGCPをちまちま設定。座標は地理院地図より。もっともらしいものはできた。 pic.twitter.com/86M4nVdPKt   10:09:16
  • 二変量正規分布を使って生成した相関のあるランダムウォークのサンプリング例いくつか．相関係数は0.5，分散は 1．平均はゼロ．けっこうみかけは異なるかんじ…かな． pic.twitter.com/AdG9cDxUho   13:28:49
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  • 相関係数ゼロにした二本のランダムウォークのサンプリング，図示するとこんなかんじ，とか． pic.twitter.com/tAGZzG7O0y   13:32:28
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  • JAGS の多変量正規分布の関数は dmnorm(mu, Omega)．Omega は分散・共分散行列の逆行列．JAGS の逆行列は inverse()，行列の積の演算子も %*% のようで…R の逆行列は solve()． pic.twitter.com/GGVjOwyXId   14:29:35
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• 2140 とら寝かしつけ …… 苦闘 ……

2016 年 08 月 08 日 (月)

• 0530 起床． 記録だつらく ……
  • Anthropocene は人新世 ja.wikipedia.org/wiki/%E9%A1%95… twitter.com/JEcology/statu…   05:36:57
  • アメリカ生態学会大会 #ESA2016 における library(mgcv) 講習会の github 資料．ESA，すごいですな… twitter.com/millerdl/statu…   06:35:13
  • library(mgcv) の一般化加法モデル (GAM, generalized additive model) のスライド，とか… pic.twitter.com/rEZeMQwMPC   06:36:16
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  • RT @involving_layer : 北大がポケモンGo排除に動いて評判だが、もし京大だったら。 恐らくその晩のうちに学内の全てのポケストップがチョークや紙テープで マーキングされ、まもなく百万遍の交差点に「京大ポケストマップ」の立て看板が現れる。「歩きスマホはやめよう」とかもっともなことを書いて。   12:04:48
  • RT @ichimiyar : ただでさえ対応悪いナイアンティックだから、大学から削除申請来ても「何が問題なの？」と即却下される。だから、安心してプレイするがよろし。 北海道大学がポケモンGOを「排除」 学生からは「意味わからん」 #ldnews news.livedoor.com/article/detail…   15:25:08
  • われながら，ひどーいまぬけミスを連発して…とりあえず，一番単純な JAGS 二変量正規分布 dmnorm のパラメーター推定のコードかき．とりあえずうごきます…不注意が原因で（海馬やられてる？）時間をものすごく浪費してしまった… pic.twitter.com/pudN7VYhBK   18:41:28
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  • 「とりあえず」をりぴーとしてるあたりに海馬の壊れぐあいがにじみでてますな．ggmcmc(ggs(runjags.obj$mcmc)) のおてがる作図…ただし，うっかりすると数百ペイジの PDF ファイルが生成されてしまうので，注意… pic.twitter.com/XOTzoTxS9w   18:46:31
  • 

2016 年 08 月 09 日 (火)

• 真夜中すぎの 0100 起床． じゅぎょー準備のつづき． しんどい． ねむい．
  • Windows10にアップグレードしたらデュアルブートのUbuntu15.10（というかGRUB）が起動しなくなった、ので直した話 on @Qiita qiita.com/Akai_Banana/it…   01:46:07
  • RT @ibaibabaibai : 双眼鏡で水平線をよく見ると低く平らなサハリンが確認できました pic.twitter.com/WjfAUoQLAR   02:01:09
  • 札幌市，とつぜんの豪雨．気温低下中…私は明日のじゅぎょー準備（最終回なのだが）が終わらなくて，うだうだしております… pic.twitter.com/4bBT9mJsrR   02:26:42
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  • とりあえず…できたかな…時間変化に相関のある系列からパラメーターの事後分布が推定できていそうな JAGS code．相関係数の事後分布，妥当そうな． pic.twitter.com/oFd9Sk1ZgM   05:31:46
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  • 今日の授業準備、もう少し直さないといけないのだが…朝食準備時刻になってしまったので中断。眠くてしんどい… pic.twitter.com/8oH3Piau18   07:01:10
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  • 13時からの統計モデリング入門授業・今季最終回、資料の準備がよーやく終わったのでアップロードしてメイリングリストで連絡。二変量正規分布のρの事後分布で系列間の「動きの相関」がわかるかもね…とゆー階層ベイズモデルで「おーしーまい」… pic.twitter.com/svz5Y6iGsk   11:54:55
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  • 統計モデリング入門授業，最後の二回は時系列データの状態空間モデル（階層ベイズモデル）．ちょっと準備ぶそくだったけど，新しい内容が追加できてよかった．今後改訂していきたい…野外調査がいそがしい時期なのに（しかも出欠とってないのに）参加してくださった院生のみなさん，どうもありがとう．   14:34:34

2016 年 08 月 10 日 (水)

• 0620 起床． 昨日は寝不足だったので， 今朝は朝ねぼうになってしまった …… うんどうぶそくな日々となっている． 朝飯の準備その他ばたばた． 0820 自宅発． 0830 保育所着． 0900 研究室着．
  • 散歩がてら北大生協の北部食堂まで散歩．昼飯後は北図書館 1F の，ちょっと地下室みたいな閉塞感あるラウンジでちこちこと仕事してます．冷房すずしい…といっても，札幌市の本日の最高気温は 25 ℃ぐらいですが． pic.twitter.com/SCZHkCN3Ne   15:22:34
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  • RT @ibaibabaibai : スーパー宗谷のトイレ この状態では普通 pic.twitter.com/IkKPmnNPdg   15:46:19
  • RT @ibaibabaibai : スーパー宗谷のトイレ かぱっと横に pic.twitter.com/HTGTZOcmeX   15:46:25
  • 今季の統計モデリング入門な授業は昨日めでたく終了したわけだが…アフターケアというか，最終回の提出課題（成績評価用）として「改善点の指摘など」としてみたところ…ナヤめる受講生たちとのメイルやりとり祭りに…まあ，毎年のことですが… pic.twitter.com/uZS2fmTxOs   15:51:18
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  • 授業期間だからと放置していたあれこれ…生態学会さーばー SSL 保証書の更新作業，テングザル作図したうけ，オオバコ解析したうけ，年輪解析したうけ…ああ，いいなり＆したうけ人生…   15:53:42
  • RT @gsi_cyberjapan : 地理院地図Globeを利用して1003山を立体的に見られるサイトを公開しました。maps.gsi.go.jp/globe/index_gl… pic.twitter.com/JbrMRTKJWB   18:00:39
• 2140 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……