ぎょーむ日誌 2016-01-(11-20)

2016 年 01 月 11 日 (月)

• きろくだつらく ……
  • RT @slowkow : Repel overlapping text in #rstats with ggrepel and #ggplot2 , now on CRAN cran.r-project.org/package=ggrepel #visualization pic.twitter.com/JPQNlAgAF1   10:25:01
  • ぎっくり腰4日目。腰の下部はほぼ痛まなくなった。ただし三日間にわたりその機能を代替していた腰上部・脊の筋肉はなれぬぎょーむでひへー状態、痛い…この筋肉痛39℃超の高熱の原因？ 解熱剤で体温の平衡状態が変わらないかな〜と期待してるんだけど、あまり楽観しないで安静にしてます…   10:52:30
  • RT @datasci_blogs : 【y_uti のブログ】 DTW Barycenter Averaging で時系列データの平均を求める: DTW Barycenter Averaging (DBA) の手法を用いて、時系列データの平均を求めてみます。... bit.ly/1VW69sE   11:43:42
  • RT @datasci_blogs : 【y_uti のブログ】 k-means 法と DBA で時系列データをクラスタリングする: 前回の記事で紹介した DBA を利用することで、DTW を距離尺度として、時系列データに k-means 法を適用できます。そ... bit.ly/1VWwqHs   11:43:45
  • …とゆーことらしいので、このえびでんすを信じてコーヒーでも飲みますか… twitter.com/coffee_breakti…   11:58:41
  • ひょっとすると、事後的な摂取ではダメなのかな…   12:00:02
  • どうもトレーニング中の痛みを緩和するのには有効だけど、長びいてる痛みを解消してくれるわけではなさそう… twitter.com/misakii141109/…   12:15:49
  • 坊せんせいと楽しく視聴したけど、統計モデリングへの警鐘…？ 説明変数「おばあちゃんのクッキー」
    →その平均「おいしい、うれしい」
    →応答出力は肯定的な文章生成。
    しかし、このおばあちゃんは一家の精神的支柱だけど料理は超「ハズレ値」なので… twitter.com/vivasiu/status…   13:26:37
  • RT @kaz_yos : rstanarm: Bayesian Applied Regression Modeling via Stan is on CRAN now cran.r-project.org/web/packages/r…   13:33:12
  • RT @berobero11 : お、rstanarmパッケージ、CRANからインストールできるようになったんだ。glmやglmmの完全replaceは難しいかもしれないけど、NUTSとADVIが使えるしメリットは大きいと思うな。   13:34:57
  • ぎっくり腰4日目（続）寝たまま暇つぶしのちこちこは中断。この三日間で体重が 2.5kg 減りました…   14:00:21

2016 年 01 月 12 日 (火)

• きろくだつらく ……
  • Python から JAGS をこきつかう PyJAGS ができたようです． Plummer さん，よろこんでいるみたいだ． martynplummer.wordpress.com/2016/01/11/pyj…   14:23:54
  • ぎっくり腰５日目(終) 腰と関係あるかどうかよくわからぬ高熱，昨晩も３８℃ごえ．あまりよく眠れなかった．今日の午前から自発的な？平熱への回帰が始まり昼ごろには 36℃台にもどったので研究室へ．歩くだけなら何も問題なし…が，三日間高熱にやられて寝たきりだったせいか「たちくらみ」が…   15:09:24
  • RT @ibaibabaibai : 再＞裏ブログに「光の波（下）きれいな光には毒がある」を公開しました．光にはきれいな光とランダムな光があること，ランダムネスのおかげで日常みるような風景が見られること，誤差法則との思いがけない関連など． ibaibabaibai-h.hatenablog.com/entry/2016/01/… …   15:11:51
  • 階層ベイズモデルだろうが何だろうが，とにかくラプラス近似な積分をして最尤推定にもちこんでしまう（…というウワサなのだが) ADMB,よくみたら Linux にも対応してることに気づいた www.admb-project.org/downloads/admb… pic.twitter.com/MFQs3cywNP   16:30:32
  • 
  • あらら deb なバイナリパッケージではなくソースコードか…コンパイルには苦労しそうだな．Mac や Windows 版はバイナリ？   16:38:24

2016 年 01 月 13 日 (水)

• 0550 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． あいかわらず不調．
  • 院生からの相談…library(glmmADMB)が使えなくなったのでr2ADMBにしたら動きませんとのこと．えーと… glmmADMB(y ~ 1 + x +…) これを…？ r2ADMB(y ~ 1 + x +…) …笑いも怒りもせずR苦手ユーザ層について少し理解が進みました   09:25:43
  • R「にがて」な院生には清水さんの glmmstan でも使っていただくのがよさそうかな…（slideshare） www.slideshare.net/simizu706/glmm… （blog) norimune.net/2438   09:36:10
  • 『生物はなぜ誕生したのか　生命の起源と進化の最新科学』 HONZ honz.jp/articles/-/42286 "その一つ一つが、今この世に存在するすべてのＤＮＡに爪痕を残している。あらゆる危機が、あらゆる勝利が、様々な遺伝子を足したり引いたりすることでゲノムを変化させてきた"   10:41:34
  • RT @kumikokatase : 【岡山大の件】解雇された森山元教授らの研究室に所属する学生に対する大学側の問題ある対応については、現在ネットで出されている以外にも、普通の感覚では信じられない事が行われています。差支えがあるのでまだ公表しませんが、その学生さんがお気の毒でなりません。 岡山大学は暴走を続けています   12:00:31
  • RT @h_okumura : 岡山大の研究不正内部告発者解雇の件（続） 山陽新聞 www.sanyonews.jp/article/284164… 毎日新聞 mainichi.jp/articles/20160… NHK www3.nhk.or.jp/lnews/okayama/…   12:00:49
  • RT @ibaibabaibai : ＷＡＩＣの話が出たので「証明」とか「数値実験」を見たが，久保本に出てる階層ベイズモデルのようなデータ数に比例してパラメータ数（ランダム効果の数）が増えるような極限の話は全然してないようだ．モデルの特異性などどうでもいいから，線形モデルでそちらを検討したのが見たい．   12:14:01
  • RT @ibaibabaibai : １階差分ないし２階差分の事前分布の１次元の平滑化モデルについて，定数もしくは直線との比較で周辺尤度によるモデル選択をしようとすると，周辺尤度の分布はカイ２乗分布にならず．変な分布になる．これは特異モデルとは関係なく，固有モードの固有値が集積するため（一種の赤外発散）．   12:14:16
  • 確率過程事典みたいなものないかなー…とネット上をうろうろしてみたんだけど，とりあえず Wikipedia の確率過程の一覧 en.wikipedia.org/wiki/List_of_s… がそれっぽいかなあ．   12:30:25
  • RT @Perspective_pic : Pencil circle drawing. pic.twitter.com/lEGws4fL1P   13:30:45
  • @KuboBook われながらアタマが（ぎっくり腰・高熱のため？？）まだかなり「おかしい」ようで，この表の一番下に ADMB の deb バイナリパッケージありますね．いやはや… pic.twitter.com/wx5bxA5API   14:02:31
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  • 時事ドットコム：学生情報１１万件流出か＝不正アクセスの疑い－北大 www.jiji.com/jc/zc?k=201601… "北海道大は１３日、同大キャリアセンターのファイルサーバーに…卒業生や在学生の名前や生年月日、住所など計約１１万件の個人情報が流出した可能性があると発表した"   17:30:28
• 2140 とら寝かしつけ …… 苦闘してます ……

2016 年 01 月 14 日 (木)

• きろくだつらく ……
  • 今朝の体温37.2℃。昨晩はまた38℃ごえになったので早く寝た。何なんでしょうねえ、この「おんぼろ」な状態におちいってるかんじは…   06:21:33
  • 一昨日，整形外科で採血してもらったんで今日はその結果を見に．まあ，とくに変わったところない…ということで「カゼの症状ないけど高熱だけ続く」病は一種の不明熱のたぐいなのだろーか．その後，研究室に行って安静にしてたら，体温はとりあえず36℃台まで低下した．いやはや…   11:26:27
  • そうそう，一昨日は初めて腰まわりのX線撮影をしてもらった．脊椎の左右対称性や脊椎間の間隔とかにに何の問題もなし…ぎっくり腰とは何の関係もないんだろうけど，一番下の椎間板が「びみょーに」狭くなっているとのこと．原因は加齢．これが進行すると椎間板ヘルニアとかになるそうで．   11:32:44
  • 地震情報 - 2016年1月14日 12時25分頃発生 最大震度：5弱 - 日本気象協会 tenki.jp #jishin @tenkijp www.tenki.jp/bousai/earthqu… 地震．札幌で震度4，すごくひさしぶりですな…   12:32:32
  • Revolution Analytics からのお知らせもあり→blog.revolutionanalytics.com/2016/01/r-comi… twitter.com/sady_nitro/sta…   16:27:48
  • R「にがて」院生に自分で解析してもらうため，清水さんの glmmstan()の挙動を調べていたのだが…どうも当方にミスがあるらしく因子な説明変数とか読まないようだ．しょうがないので院生たちが嫌いな R+JAGS でやっつけることに… pic.twitter.com/wT7z2itvl3   16:37:55
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  • せっかくなので，もうすこし「おばけ」性を強調してみました… pic.twitter.com/jpMkrdBn5P   16:49:49
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  • RT @ibaibabaibai : 「クボノデズルモズル」という髪の毛のお化け twitter.com/KuboBook/statu…   17:38:52
• 震度 4 の地震のとき， 保育園にいたとら坊せんせいは …… 保育士さんにしがみついて， ぎゃーぎゃー泣いてたそうです ……

2016 年 01 月 15 日 (金)

• 0550 起床． ラジオ体操はお休み中． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
  • あらら、まさか朝から体温38℃とは…「不明熱」なかなかなおりませんなあ…   06:12:17
  • @ibaibabaibai まあ，何か別の病気だか感染だかしてるんでしょうけど，発熱以外なんの症状もないので…様子みてなおらないようなら検査してもらいます．血液検査はやったんですが，シロ．ｊ   09:58:11
  • 訳者の市野川さん・岡村さんから「乱獲−漁業資源の今とこれから」をいただきました．ありがとうございます．現在の漁業に関する問題がコンパクトにまとめられています．漁業資源管理には統計・数理なモデルを使いますが，この本では数式なし． www.amazon.co.jp/dp/4486020804/   12:43:29
  • 関係ないけど…昨日の震度 4 地震（札幌ではかなり珍しい) が発生したとき，保育園では，とら坊せんせいはすばやく保育士さんにしっかりしがみついてから号泣していたそうです…まあ，なんともそれらしいというか…恐怖遺伝子たくさん持ってる? pic.twitter.com/a0x07MAGRb   13:10:55
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  • とりあえず，おばけ作図ぎょーむも一件落着か… pic.twitter.com/hILuPI6X64   15:39:19
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  • RT @publickey : ブログ書きました： マイクロソフト、R言語が使えるデータ分析サーバ「Microsoft R Server」デベロッパーエディションを無償公開。Windows版、Linux版、Hadoop対応、Teradata対応版も www.publickey1.jp/blog/16/rmicro…   15:47:44
  • 間瀬さんの「ベイズ法の基礎と応用」の発売は 2/10 に順延になったようで… www.kinokuniya.co.jp/f/dsg-01-97845…   15:51:07
  • 理学部の院生さんのこんさるぎょーむ終了．短い時系列＆（個体差の大きい）反復数8個…いろいろ考えてみたんだけど，うまくいくようには思えなかった…ということで「解なし」でした．だれかほかのヒトだったら，うまい策をだしたかな…   16:44:49

2016 年 01 月 16 日 (土)

• 0550 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
  • 昨日は体温37-38℃で推移。今朝も37℃ちょいだったが、いま測ったら36.8℃…夜までこのまま維持してほしいところだが…   09:15:41
  • RT @takehikohayashi : 承前）その意味では一般論としては研究者も（査読者も）そこまではウロンではないのである。しかし、こと生態学者に限定して言うと交絡について真面目に議論しているケースは殆どない。また生態学者が読みそうな統計の本で交絡についてきちんと議論している本は殆どない。どうしてこうなったんだろね   12:01:54
  • 「一年の中で、不幸になれるとあらかじめわかってる唯一の日」が終了。現場ではハラをくくって無念無想の境地に遷移、この天然自然な気迫にて体温も36℃台が維持されたのだが、帰宅して気がゆるゆるユルんだら、また38℃あたりまで上昇…   20:05:44

2016 年 01 月 17 日 (日)

• 0630 起床． ラジオ体操， お休み中． 朝飯． コーヒー．
  • RT @KaradaGood : 16/01/17 公開 Rで解析：地球儀にデータを表示「globe」パッケージ www.karada-good.net/analyticsr/r-383   10:07:16
  • 今日午前は休んだり除雪したり．大学に移動してすこし仕事．昼飯はひさしぶりに環境科学院前の生パスタの店レサンで．のんびり． pic.twitter.com/GbWFrRlNat   15:07:00
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  • 午後は下請けぎょーむの続き．6種の訪花昆虫 VS 69種の植物の好き・嫌いを調べる階層ベイズモデル作り．試運転を繰り返して2000秒弱で推定できると確認．いったん終了，正しいデータまち．いまのデータは訪花数ゼロが除去されてるのでバイアスあり．いやはや．   15:11:59
  • 重要データが除去されたサブセットデータが作られた理由は，生態学某分野で使ってる「割りざん値な指標」の計算するときにゼロデータがジャマになるから…といったくだらない理由．「割りざん値」なんて気にするなよというハナシもあるが，学問分野によってはかなりひどい指標が無批判に使われてたり…   15:17:40

2016 年 01 月 18 日 (月)

• 0550 起床． ラジオ体操はおやすみちゅう …… 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0825 保育所着． 0850 研究室着．
  • RT @berobero11 : 階層ベイズモデルの例題でよく使われるratsですら、NUTSとADVI大きく異なる結果を返すとのこと。平均場近似って結構成り立たないんだなぁ。 groups.google.com/forum/#!topic/…   09:04:32
  • RT @ibaibabaibai : 分散が暴走しちゃってる感じかな．たとえばdlmとfull Bayesでもこういうことありそうだけど． twitter.com/berobero11/sta…   09:04:39
  • 全データが到着したので，昨日準備しといた訪花昆虫 6 タイプ vs 植物 69 種の総あたりバトル…4461 秒で終了．ま，こんなもんか…こういうめんどうな推定を「わりざん値」ひとつでなんとかなるはずと白兵突撃するのが生態学研究者… pic.twitter.com/w1kOSuN4Sc   12:43:07
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  • 先週はぎっくり腰とか高熱とか厄なかんじだつたので今日は外に出て昼飯。北大正門前の「黒むぎ」、前から気になっていて、今回初めての来訪。十割蕎麦、うまい。使わなかったワサビをキーマカレーに入れたら意外とよくあっていた… pic.twitter.com/o3twQYqxc6   13:39:19
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  • あいかわらず結果の図示にてまどってしまった… pic.twitter.com/N6irYm4i9p   16:41:07
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• どうもしんどいのではやめにやすみます ……

2016 年 01 月 19 日 (火)

• 0550 起床． ラジオ体操， おやすみつづく …… きろくだつらく．
• ナニワズのハナシをきく …… ひさしぶりにきちんとした研究室セミナー．
• twitter もやってないか …… いろいろじゅぎょー準備にやられてたのかな ……

2016 年 01 月 20 日 (水)

• 0550 起床． ラジオ体操， おやすみつづく． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0825 保育所着． 0850 研究室着．
  • 【生態】世界における漁獲量の減少は過小評価されている: Nature Communications www.natureasia.com/ja-jp/research… "大規模漁業による漁獲量の減少の方が大きいことにあるという見解を示している" 参照: www.amazon.co.jp/dp/4486020804/   11:08:57
• 午後はひたすらじゅぎょーの準備 …… じゅぎょー終了は 18 時． 天候があれてなくてよかった．