ぎょーむ日誌 2015-09-(11-20)
2015 年 09 月 11 日 (金)
2015 年 09 月 12 日 (土)
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0540 起床.
ラジオ体操 1 回
……
で坊せんせいがおきてきたので,
朝飯の準備.
朝飯.
コーヒー.
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0815 自宅発.
0830 保育所着.
0850 研究室着.
2015 年 09 月 13 日 (日)
2015 年 09 月 14 日 (月)
2015 年 09 月 15 日 (火)
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0500 起床.
せとぎわ作業のつづき
……
なぜか,
札幌にいるとら坊せんせいと FaceTime でハナシながら
……
- せとぎわ作業つづく…ひさしぶりに ggplot 作図.あ,もうそろそろ会場に移動する時間だ…
pic.twitter.com/IyT4AVWkHr
08:02:10
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- 会場の国立環境研・大山ホールについたけど、電源を拝借してのせとぎわ作業はつづく…
pic.twitter.com/6RMqH50ufU
09:13:19
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- 日本長期生態学研究 (JaLTER) シンポジウム 2015 www.nies.go.jp/biology/Events…
始まる.JaLTER 代表の日浦さんのあいさつ…すみません,せとぎわ準備にやられているので 15 時前まで中継とか無理です
pic.twitter.com/nk8riTaiGK
09:21:00
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#JalTER2015
(かってにハッシュタグ) 農環研の大澤さんのデータペイパー・データベイスに関する発表.ハナシも活発な質疑応答もすごい速度で進行しております…
09:49:51
- あ,#JaLTER タグがよさそうですね…
09:55:12
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RT
@gorotaku
: お金を一箇所に集めても、それが人に使えないんだったら意味は薄いんだよね。アメリカの研究大学は優秀な院生とポスドクを囲い込み、研究者の雑務を肩代わりするスタッフを雇うために金を使ってる。
10:24:27
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#JaLTER
の自分のハナシ,ようやくおわりました…今は森林総研の伊東さんが library(KFAS) の解説をしておられます: KFAS は時系列カウントデータをあつかえるが,dlm より参考文献が少ない.最初の例題はフランス・ジュラ山脈のハヤブサ数の時間変動.
14:57:45
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#JalTER
ハヤブサ数の KFAS の SSMtrend() はやたらと NA を指定するが,推定したい値のところを NA とか matrix(N, 1, 1) にしておく…という,どくとくなルール.観測ノイズが小さいと,「観測値そのもの」が推定結果となる.平滑化されない…
15:04:27
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#JaLTER
KFAS 説明,「トレンド」パラメーターをランダムウォークさせるということは,二階差分のモデルをあてはめるのと同じ…になるかな.アタマがばてぎみで…結果の図をみると,そうなっている.推定結果にもとづく予測区間はシミュレイションで生成.
15:11:35
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#JaLTER
深澤さん,奄美大島の動物の空間分布と時間変化の状態空間モデル.グリッドベイスのモニタリングデータ.マングースの防除,在来・外来ネズミ類の増減に影響を与えるのは?複雑な食う・食われるモデル…このあたり,推定が正しいかどうか,シミュレイションで確認したほうがよさそう…
15:56:59
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#JaLTER
深谷さん,状態空間モデル(SSM)はどう定式化,どのように推測,生態学でどう使われている…の説明.伝統的な時系列モデルは過去の観測値の条件つき分布の積.SSM とはちがい観測モデルがない.
pic.twitter.com/uvZWMfZl7W
16:14:31
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#JaLTER
特殊な SSM.線形ガウス状態空間モデルと隠れマルコフモデル(状態変数が離散値).個体群動態のための SSM,Gompertz 型 SSM,これは線形ガウス状態空間モデルの一部(個体数が連続値?),逐次ベイズフィルタで推定できる.
16:23:15
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#JaLTER
線形ガウス状態空間モデルは状態条件付き分布の平均ベクトリと分散共分散行列を計算すればよい.隠れマルコフモデルは,フォーワード・バックワードアルゴリズムやピタビアアルゴリズム.非線形・非ガウスモデルは状態空間のり参加や粒子フィルターを使う.
16:25:39
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#JaLTER
一般のSSM,逐次ベイズフィルタを再帰的にすることで状態空間の最尤推定が可能.ベイズ推定は MCMC とか.状態空間の最尤推定ができれば AIC でモデル選択可能……
16:29:01
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#JaLTER
深谷さんのハナシつづく…生態学での SSM の使われかた.1980-1990 年代はおもに漁業データ.SSM は「観測誤差」を考慮しているので頑健.個体の見落とし,再捕獲法,推定のバイアス.SSM は過程志向的なモデル構築を促進.データの欠測にも強い.
16:32:47
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#JaLTER
システムノイズと観測ノイズの分離が難しいので,誤差率に関するデータも必要,などなど…この深谷さんの状態空間モデル解説は,まもなく生態学会和文誌に掲載される予定.
16:36:03
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#JaLTER
www.nies.go.jp/biology/Events…
土居さん,時系列データから早期警戒シグナルと因果関係を見つける:Early warning signal とCCMによる解析.生態系誠意学者・土居さんは相関では因果関係をあきらかにしたい…Granger 因果ですが…
16:41:40
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#JaLTER
Convergent Cross Mapping (CCM) に突入.アトラクタにうめこんで予測精度が高ければ因果アリ,とする.Sugihara の漁獲量の例.サロゲイションデータ.Lag CCM.Multispatial CCM,短いTSでもたくさんあればよい?
16:50:00
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#JaLTER
生態系のレジームシフトを予測したい.双安定でカタストロフ的な変化.早期警戒シグナル(EWS).同じ撹乱でも,草地の状態によって回復速度が異なる.EWS の例:Varaart 2012 の実験とモデル.EWS の web site がある.CRAN の EWS.
16:59:41
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#JaLTER
土居さんご自身の CCM や EWS 研究はまた次の機会に.質疑応答.国環研・田中さん,ストレンジアトラクタな集団動態システムは非常に少ない…中央水研・中山さん回答:非線形性があればカオス性がないときでもCCMは有効な手法.確率をカオスで置き換えてるわけではない.
17:07:23
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#JaLTER
国環研・仁科さん,EWS は非常に単純なモデルで指標が作られている,モデルドリブンとの整合は?土居さん回答,モデルベイスの EWS も増えている.深澤さん,EWSのサドルポイントが見えないのでどう使うかわからない…シグナルが見えても何を対策すればいいのか?…
17:12:50
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#JaLTER
EWS と長期観測生態データとの関連づけは今後の課題…みたいなかんじで終了.総合討論.国環研・田中さん周期性のある時系列データ解析のウェーブレットと SSM の違いは?農環研・山中さんはしかのウェーブレット解析ようなことと SSM はかなり別なのでは…
17:24:33
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#JaLTER
深谷さん ARMA は変動の周期性と関連と指摘.
17:28:47
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#JaLTER
長期観測データと統計モデルの関係についての議論.深澤さん:モデルフリーな機械学習は有効か?MaxEnt は LASSO なポアソン回帰と等価といった論文が最近でた.LTER の欠測をどううめるか?さまざまな LTER プロジェクトでは欠測補完の試行錯誤を…
17:39:39
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#JaLTER
副代表の柴田さん.次の機会があれば,JaLTER データを解析するようなことができてもよいかも.シンポに尽力した松崎さん・勝又さんをはじめとする国環研の皆さん,ありがとうございました.このあとは懇親会.
17:42:39
- つくばの国立環境研からバス→つくばエキスプレス→京浜東北線→東京モノレイル…を天空橋でおりて羽田空港ちかくの宿に到着.2.5 時間ぐらいかかった.
22:59:59
2015 年 09 月 16 日 (水)
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0530 起床.
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1720 研究室発.
買いもの.
保育所でとら回収.
1750 帰宅.
晩飯の準備.
晩飯.
とら風呂.
2015 年 09 月 17 日 (木)
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0600 起床.
朝飯・晩飯の準備.
すぐにとら坊せんせいがおきてきた
……
朝飯.
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1720 研究室発.
買いもの.
保育所でとら回収.
1750 帰宅.
晩飯.
とら風呂.
2015 年 09 月 18 日 (金)
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0540 起床.
ラジオ体操するヒマもなく,
とら坊せんせいがおきてきた
……
朝飯の準備.
朝飯.
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0810 自宅発.
0825 保育所着.
0850 研究室着.
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ゆーもあ…はともかく,
せとぎわ感 (かなり主観的・気分的なもの)
が一ヶ月以上つづくと,
もうあちこちぼろぼろで
……
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とりあえず,
雨谷君のハイマツ伸長解析を一歩だけ進捗させた
……
「春の平均気温」とやらは,
関係なさそう……と結論してもよさそう.
2015 年 09 月 19 日 (土)
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0550 起床.
朝飯の準備.
とらがすぐにおきてきたので,
ラジオ体操やってるヒマなし
……
朝飯.
コーヒー.
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0850 自宅発.
0805 保育所着.
今日はうんどう会.
保育所前からバス (JR 北海道バスの路線バスを貸し切り)
にのって出発.
雨天ぎみなので,
晴天会場の桑園公園ではなく雨天会場の日進小学校体育館へ.
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今日は「障害物競争などの用具を急いで設置・撤去する係」
というヴォランタリーなぎょーむに従事.
とらのいるひばり組の様子がよく見えるたのは役得.
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とら坊せんせい,
これまで二回のうんどう会では,
会場のいよーな雰囲気にのまれて
「おれはぜったいになにもしない」
という完全ぼいこっとを貫徹していたのだが
……
三歳になった今回は,
なぜか「うんどうかい,のりのり」
というかんじで,
ひばり組の出場時間以外でも,
会場内をかけまわったりするありさまで
……
いやー,
楽しめました.
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12 時すぎにうんどう会は無事に終了.
その後,
昼寝・夜寝の「ねかしつけおはなし」
に,
なぜかむやみやたらと時間をとられることになった
……
2015 年 09 月 20 日 (日)
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0600 起床.
ラジオ体操ができない日々,
つづく
……
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とらと新札幌へ.
厚別図書館・青少年科学館 (ヘリコプター実物展示などがお気に入り)・
フードコート (いつのまにか経営がダイエーから AEON になってた)
……
というコース.
行き帰りの JR だの バスもよかったよーです.
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その後,
大学へ
……
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RT
@junotk_jp
: どなたか進化遺伝学の集団サイズに関する最近のレビューで何か良いものご存知でしたら教えて頂ければ幸いです。よろしくお願いします。
08:38:04
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RT
@mcmc_stan
: Stan's in Hacker News. There's some interesting discussion in the comments.
twitter.com/newsycombinato…
08:40:07
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RT
@Anthunter1212
: 公開シンポ「昆虫博士になるには」開始。小中生は、10から20人ぐらいかな。後は、大先生や学会員。これは、演者に、プレシャーですね。
17:32:18
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RT
@Anthunter1212
: 二題目は、美術系高校生から昆虫博士への華麗な変身のお話。毎日絵ばかり描いてたら、急に生物学に目覚めてしまったとか。美術では喰っていけないとも、その時は考えたけど。生物学の方が、喰ってくのはもっと大変でした、というくだりで、大受け。大学院のシステムが変わって、出自も多様化しました。
17:33:31
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RT
@Anthunter1212
: 三題目は、研究職に憧れていただけで、生物には興味もなかった理系女が、虫に出会い、オスのペニスの形態の研究で博士にまでなってしまったという話。体長の3倍もある射精管をもつハムシに出会ったのが、人生を変えたとか。
17:33:35
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RT
@Anthunter1212
: 最後は伊丹昆虫館の長島さん。クサギカメムシの大発生に出くわして、カメムシ恐怖症になり、クサギカメムシを絶滅させるために、教育系大学を蹴って、農学部昆虫学教室に。ところが、色々なカメムシを見ているうちに、その多様性に魅せられて、カメムシ屋になりましたと言うお話。ミイラ取りがミイラ。
17:33:40