ぎょーむ日誌 2015-01-(21-31)

2015 年 01 月 21 日 (水)

• 0555 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0815 自宅発． 悪天フェイズはいったん終了し， 晴． 今日もとらとてけてけ歩く． 0830 保育所着． 0910 研究室着．
• 2/2 〆切の講義資料提出 (こちら方面) がうだうだとして進まない …… 2 時間 + 2 時間ぶっとおしで， と指示されてるんだけど， しゃべるほうも， 聞くほうもしんどくなりそうなので勝手に 1 時間 + 1 時間 + 1 時間 + 1 時間にしようかな．
• 4 部構成だとすると
  1. 統計モデル・確率分布・最尤推定 (今回は二項分布でやってみる?)
  2. ロジスティック回帰 + ついでに offset 項なハナシ?
  3. MCMC と階層ベイズモデル
  4. GLMM (おや?) と階層ベイズモデル
  …… といったところか?
• 何度もハナしている内容のようだが， 何度ハナしてもうまく説明できてないような気がしている …… 上記の中では 1 が一番難しい， というか (どうせ私のハナシはいいかげんなので) 難しいというより， うまく「ごまかせていない」ハナシの流れになっている．
• 逆算， というか 4 から準備していって， 3, 2, 1 とさかのぼっていき， 2/2 の「こーぎしりょう」提出日までに全体をそろえる …… という方式はどうだろうかね ……?
• 昼飯．
• 時系列なざつだん……
  • RT @berobero11 : ライフサイエンス分野の論文の再現性も相当やばいけど、データ解析も相当やばい。人によって手法結論違うし、バグ入るし、正解というのもないことが多い。だから他人の解析結果は基本的に信じなくなってしまった。悲しきさがです。   13:49:13
  • RT @youkoseki : 不思議な相関ばかり載せた、すごくいいサイトを教えてもらった。 プールで溺れた人の数とニコラス・ケイジが出演した作品数とか。メイン州の離婚率とマーガリンの一人当たり消費量とか。統計（の間違い）を学ぶにはいいですね。 www.tylervigen.com   14:16:09
  • この www.tylervigen.com って "spurious correlations" と題されてることから，時系列データの spurious regression に詳しいヒトが，見た目にもわかりやすい例を（何かアルゴリズムを使って?）集めたサイトのような…?   14:20:35
  • むしろこわいのは，そのぎょーかい（学術分野とか) では「理論的には『とうぜん』成立する」といった予断がもたれている時系列データ X と Y の関係で，「ゆーいでした」と報告している suprious regression 研究ではないか，と…生態学だといろいろありそうな気がする．   14:26:37
  • @TJO_datasci あ，時間軸にそったデータ，いろいろありそうですね…時系列データ解析はむずかしい…   14:33:00
  • だそくながら，ここで私が想定している学術分野における「理論」というのは…なにか数式などを使って記述されている場合もありますが，それも含めて「なるほどとヒトを感心させる，何かいいかんじのする，おはなしのようなもの」ぐらいの意味です．   14:37:31
  • いま，「統計モデリング入門」なじゅぎょー準備などを (またまた) やっているのですが，私があちこちでハナしていることというのは，先に自分でちょっと揶揄しつつ定義してみた「理論」のごときものではないか……といまさらながら気づきました．世界は「おはなし」にみちている……   14:42:46
  • RT @ibaibabaibai : 「見せかけの相関」と「見せかけの因果」って違うよね。決定論的なトレンド＋雑音だったら、本当に相関はあるというか、何回はかっても同じような値になるけど、そこから因果を読むわけにはいかない。ランダム・ウォークとかなら相関そのものが毎回変わる。　・・とか考えたけど違うっかなあ？   14:47:14
• 作業ぢりぢり．
• 1630 じゅぎょー
• どうもうまく説明できてるかんじがしない …… 「講義すらんぷ」というか， そんなかんじ．
• 1800 講義室発． 買いもの． 1830 帰宅． 晩飯． とら風呂．

[夜中のくっきんぐ]

どうも「すらんぷ」感がつのってきたので …… 自分でもよくわからない文脈なのだけど， 夜中に料理にはげんでみたりしました．

• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． キャベツ・タマネギ・シーチキンのサラダ． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． チンゲンサイ・エノキダケ・豚肉の炒めもの．

2015 年 01 月 22 日 (木)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 今朝もてけてけ雪上あるきで保育所へ． 0830 保育所着． 0900 研究室着．
• どうもいまいちなかんじ ……
  • AIRDO から路線廃止の連絡…廃止はそれほど困らないけど，同社の経営はだいじょうぶなのかな? 【廃止路線について】 2015年3月29日より廃止いたします路線は、以下の通りです。 ・札幌(千歳)～福島線 ・札幌(千歳)～新潟線 ・札幌(千歳)～富山線 ・札幌(千歳)～小松線   09:08:17
  • 路線そのものは ANA が継承するので存続するとのこと． www.jiji.com/jc/zc?k=201501…   09:14:44
  • 
  • www.nikkei.com/article/DGXLZO… によると… ・国土交通省から「事業改善命令」 ・整備ミスを隠すために社員が管理データを改ざん ・路線や便数を減らすことで運航部門や整備部門の負担を減らし、安全管理体制を再建 ・格安航空会社（ＬＣＣ）との競争激化   09:18:51
  • 「北大ネットがまたおちた!」などと私がよくさわいでいるわけですが…web server のログなど調べてみるとその実態がよくわからなくなった．学外から見て「おちた」ときに traceroute すると北大玄関で止められるわけだが…このあたり，くわしいヒトがいたら教えてください．   09:49:42
  • 学外から北大にいっさいネット通信できない状態で traceroute すると北大の「入口」から先に行けなくなった．しかし，北大くらうど内にある web server 機の log を後から調べると，同時刻に学外からふつーに接続されているらしい，ということもわかった．   09:52:30
  • 北大の「入口」は情報基盤センターいうところの「ゲイトウェイ」（ルータかブリッジ）なんだろうけど，こちらから見て「おちた」と観測される時間帯は少なくとも全アクセスが拒否されているわけではなく，一部の端末からのアクセスは web だの ssh だのは入口で完全に遮断，という状況．   09:56:20
  • 北大の「入口」が DDoS みたいな飽和攻撃をくらっていた場合，全アクセスのうち一部の端末からの通信は web であれ ssh であれいっさいとおさない，といった挙動になるのだろうか? 北大くらうど内 server の log 解析をまじめにやれば，何かわかりそうだけど，めんどう   09:59:28
  • 研究室の web server は「北大くらうど」内に置いてる．ここは攻撃されているわけではない．「北大くらうど」の実態は，ほとんどのユーザにとっては，北大が運営している特ににクラウドっぽいところのない単純な「れんたるさーば」．ちょい高価なPCが大量にネットにつながっているだけ．   10:04:13
  • ふつーのユーザからすると「北大くらうど」はとくにクラウドな恩恵は何もない．CPU が壊れても他の CPU が代替してくれるわけでもないし，ストレージが多重化されているわけでもない．各自が web interface や ssh などで全部自己責任で管理する PC れんたるさーば．   10:09:28
  • しかし北大くらうどに各種 server や，少し「おもい」計算などをこなしてくれる PC のハードウェアが置かれていて，そこそこ高価なネット機器につながっているのは便利なので（不便なところも多々あるけど）．一年に 4 万円ほど支払ってつかっている，という次第で．   10:11:41
  • #みどりぼん 「統計モデリング入門」，いま出ている第10刷は二回に分割 (?) されて出荷されるようで…それはどうでもいいのだが，先日みつけた第 11 章のまちがい hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/Iwana… は訂正されないままかも…   15:07:23
  • 
  • ばっどのうはう:#みどりぼん 全部再作図 for d in `ls -d */`; do cd $d; for r in `grep "dev.on" *R | cut -d: -f1 | uniq`; do R --vanilla < $r; done; cd ..; done   15:23:02
  • Linux の r code.google.com/p/littler/ ではなく R --vanilla にした理由は，r 単体だと library() が使えず，そのパス指定もめんどうそうだから…といった理由．再作図の同期は PDF 版ではなく SVG 版の図がほしかったためです．   15:28:47
  • 統数研の公開講座，従来の立川会場集合方式に加えて，もういっそのこと有料ネット配信でやってほしい……と僻地の不勉強ものは妄想していたりします……まあ，課金の方法とか，めんどうそうですね． www.ism.ac.jp/lectures/kouza…   15:48:42
• 1720 研究室発． 保育所でとら回収．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 豆腐・エノキダケの味噌汁． 豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ゴボウ・ニンジン・鶏肉の煮物． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐・エノキダケの味噌汁． ハクサイ・豚肉の炒めもの． キャベツサラダ．

2015 年 01 月 23 日 (金)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0800 自宅発． 雪． 0810 保育所着． 0850 研究室着．
• LaTeX Beamer で作った講義資料を Libre Office に移動させる方法の検討 …… だけで一日が終了してしまった． dvisvgm とか pdf2svg とか ……
• 1800 研究室発． 買いもの． 1830 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． 豆腐の味噌汁． キャベツ・タマネギのサラダ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ゴボウ・ニンジン・鶏肉の煮物． ミニトマト．
  • 晩 (1900): ハクサイ・豚肉のミルフィーユなべ． うどん． もち．

2015 年 01 月 24 日 (土)

• 0600 起床． 朝飯の準備． 朝飯．
• 0845 自宅発． 0900 保育所着． 0930 研究室着．
• 今日も twilog なぎょーむ日誌で ……
  • （HD）四季をゆく宗谷本線の特急「サロベツ号」 鉄道好きのとら坊に命じられて検索してみつけたんだけど…北海道北辺をのんびり往き来する三両編成の特急「サロベツ」の四季、なかなかよいです。 youtu.be/MxYjfDqEpIw   07:02:38
  • 
  • RT @ibaibabaibai : @KuboBook kubologを読んでるT氏（保健学科卒）の解説　「子ども→久保さんに感染症が伝わるんだけど，子どもは毎回回復，久保さんはダメージが累積，というシナリオ」   07:05:30
  • RT @tmaita77 : 10歳の肥満率マップ。地域性がくっきり。北国で高いのは，冬場の運動不足によるでしょうな。   09:36:21
  • TeXのアルゴリズムの再実装 プログラミングの30年間を振り返る www.infoq.com/jp/news/2015/0… TeX解読して1982年の計算環境に思いを…"今日ならばまさに嘲笑の的になるようなテクニックを駆使して，徹底的に…とは言っても，私たちが…鼻で笑うことができるのは…"   09:57:20
  • '12年以前のテレビなどでYouTubeアプリ対応が4月20日終了 AV Watch av.watch.impress.co.jp/docs/news/2015… へー…まあ，ちょっと前から Chromecast www.google.co.jp/search?q=googl… 買ばかり使ってるので，とくに問題ないけど…   11:36:08
  • 今日はとら坊の土曜保育をお願いして，研究室で気の重い〆切ぎょーむのつづき…しかし，部屋があまりにも汚れていたので，やや逃避ぎみな清掃作業にとりくんでしまった．まずはダンボール・梱包材・燃えないゴミなどの搬出．それから掃除機をぶーん…   11:58:51
  • で，昨年9月になんとなく私費購入した「ふきそうじロボット」iRobot Mint www.mintcleaner.com をハコから取り出し，マニュアルを読んで，とりあえず充電しているところ．   12:00:59
  • 
  • この Mint ふき掃除ロボット，Amazon で「返品された商品を正規の代理店で修理したもの」とやらで 21900 円だった（ふつーに買うともっと高い）．マニュアルなどは英語のみ．   12:07:43
  • ふきそうじロボット Mint の初出動．ルンバはごーごーうなりながら，あちこちにごんごんぶちあたりながら動きまわっているかんじだけど，Mint はゆっくり静かに前後運動を繰り返しているかんじ．   12:19:55
  • 
  • 室内構造認識システムもルンバとは異なり，NorthStar という小さなキューブから発信される電波にもとづいて自律ナヴィゲイションやっているみたい…   12:25:51
  • 
  • Wikipedia の記述 en.wikipedia.org/wiki/Evolution… によると，Mint R4200 は Evolution Robotics 社が開発し 2010 年にリリース．同社は 2012 年に iRobot 社に買収され，Mint は Braava という名称に．   12:41:27
  • 充電不十分だったのか Mint は30分ほど働いたあと作業終了の音楽を流して自動停止…まあ，研究室の床が「ちょっとばかり」汚かったりするので…そうですね，人間が 5-10 分ほどふき掃除をやったぐらいのできばえでしょうか…薄めた洗剤を事前にまいたり，といった運用の工夫が必要そう…   12:48:51
  • RT @leeswijzer : ［欹耳袋］きのう公開した書評：三中信宏「研究者がとにかく「たくさん書く」ための心得集」 ow.ly/Hlck0 で紹介したスローガンとモットーは，実際に自分の仕事にあてはめて，はじめてその威力がわかった．   15:55:29
  • RT @Prunus1350 : データの形が違うのに回帰直線が(ほぼ)同じになる図で有名な「アンスコムの例」、このデータは平均、分散、相関係数も(ほぼ)同じになる。英語版Wikipediaにはちゃんとそのことが書かれているし、データも載っているので実際に試せる。 en.wikipedia.org/wiki/Anscombe%…   21:38:19
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 記録なし

2015 年 01 月 25 日 (日)

• 0600 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 今日はとらと動物園に行っておしまい …… というかんじでした ……

• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 記録なし

2015 年 01 月 26 日 (月)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 早おきとら「ごはんできてなーい〜」泣き …… 朝飯． コーヒー．
• 0815 自宅発． また保育所までてけてけ歩き． 0830 保育所着． 0920 研究室着．
• さっさと〆切つきぎょーむを進捗させねばならないのだが …… どーにもばてて， ですね．
• 1730 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収． てけてけ歩き …… お， けっこうな速度で雪の上を歩いてるな． 1820 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • ばてぎみなのか， おもいだすのがしんどい ……

2015 年 01 月 27 日 (火)

• 0600 起床． なぜか， 朝から「えほん」よみ． 朝飯・弁当の準備． 朝飯．
• 0805 自宅発． 0810 保育所着． 0840 研究室着．
• 今日もぢりぢり ……
• 1720 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収． 1750 帰宅． 晩飯の準備． とら風呂． 晩飯． ラジオ体操．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米 0.5 合． アサリの味噌汁． キャベツ・タマネギ・シーチキンのサラダ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． イワシ缶詰． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． ニンジンスープ． 肉じゃが．

2015 年 01 月 28 日 (水)

• 0600 起床． 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0810 自宅発． 0830 保育所着． 0910 研究室着．
  • R - 線形モデル・GLMの動画 by @antiplastics qiita.com/antiplastics/i… この GLM あにめいしょん，すばらしいですね．授業でも使わせてもらおうかな……   09:27:51
  • RT @berobero11 : 昨日の空間ベイズ、時系列とほとんど同じということが分かったから、空間方向にコーシー分布とか使えば空間の変化点もいけるんじゃないかという気がしてきた。   09:37:20
  • berobero さんの Stan CAR な空間ベイズモデルみて，放置していた問題を思いだしたのだが…実際の生物分布などでこれを適用したときにコケてしまうのが「ゼロがつづく地域」のあつかい．何しろゼロゼロ…なので地点の値が-10とか-100とかふらふらして「収束」しないという…   09:42:03
  • 「観測値ゼロが続く地域の各地点の潜在変数の値」もんだい，とりあえずのいいかげんな解決策としては，ふつーの正規分布ではなく (両端?) 切断正規分布，まあ BUGS だとお手軽に dnorm(mu, tau)I(-5, 5) など使う……とゆー方式で……いまいち感あり．   09:47:01
  • 以前から挙動不審だった研究室のルータ，ついに機能消失．かねてから準備しといた予備ルータに交換……なんとか復旧した．けっこう緊張しました……   12:32:51
    
  • ネットに接続されてる機器の MAC アドレスを調べるには arp コマンドを使う www.atmarkit.co.jp/fnetwork/netco…   12:35:53
  • 交換したルータは 2004 年製だった…!! 10 年以上ものとしつき，予備ルータとしてひたすら待機しつづけていたのか…まあ，がんばって働いてください，おじいちゃん…さーて，次の予備ルータを発注するか…   13:07:48
  • たしかに 2004 年に交換したような記述がぎょーむ日誌にあった hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/log/2004… このころはきちんと記録したり，あれこれやったりして…元気だった，としか言いようがない．まあ，ぼちぼちと当方自身も復旧作業をつづけますか．   13:23:50
  • 北大で予定されている「ぷちぷち」ネット切断……やれやれ   16:42:36
  • 
• 1740 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): ベイグル．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ミニトマト． わかめスープ．
  • 晩 (1900): 米 0.7 合． 豆腐の味噌汁． ギョウザ． サラダ．

2015 年 01 月 29 日 (木)

• また記録がとんでしまったけど， ネットワーク復旧とかで時間とられておわったかんじ ……
  • RT @sorae_jp : スペースX社が開発しているファルコン・ヘビー・ロケットの、新しいCGアニメが公開されました。分離後の2基のブースターが、きれいにシンクロした動きで着陸する様や、ブースターに続いて第1段も着陸してくる様など、見所満載です。 www.youtube.com/watch?v=4Ca6x4…   09:25:24
  • RStudio 0.99の変更点と最近のRコードの書き方 by @u_ribo qiita.com/uri/items/a60f… 主要な変更点 ・コードの補完性の向上（パッケージ名、変数名、関数名） ・新しいデータビューア（DTパッケージの埋め込み？）   11:05:18
  • 「世界史におけるタラとニシン」www.nhk.or.jp/kaisetsu-blog/… "漁業はヨーロッパの中での国々の盛衰に関わったばかりではなく、西洋世界を新大陸へと拡大していく原動力となりました" 「魚で始まる世界史…」 www.amazon.co.jp/dp/458285740X 著者による記事   12:00:44
  • glibc "GHOST" 問題にひるんでしまったので，北大くらうど内の web server 機を 14.04 に do-release-upgrade (とうぜん遠隔操作となる) してしまった……うう，けっこう時間をくってしまった．   12:08:14
  • 長年酷使された研究室 router がぶっこわれて予備機 (これまた2004年製とか)に切り替えたんだけど，DNS まわりその他が少し遅いというか，おかしいような…とりあえず，DNS は router ではなく google-public-dns とか北大のを直接参照することに．   12:11:52
  • glibc "GHOST" もんだい，ぼー学会のさーばーは CentOS なので yum update してみたのだが… libc-2.5 のまま．どうしようもないな．あまりさわりたくないシステムなんだけど，どうしたらものやら．   14:01:35
  • こちらの記事 www.walbrix.com/jp/blog/2015-0… によると CentOS はおくれぎみ，とのこと． yum clean all yum update やっても，いまのところ何も変化なし．   14:11:57
  • @h_okumura 情報いただき，ありがとうございます．自分の管理している CentOS5.5 の現状は glibc-2.5 のままで…と書きさして，ふと調べてみると 2.5-123.el5_11.1 つまり修正ずみ version になっていたことに，いまさら気づきました．   14:35:11
  • CentOS の glibc "GHOST" もんだい，glibc-2.5 でも 2.5-123.el5_11.1 であれば大丈夫みたい．再起動が必要，ということのようで．   14:37:00
• また Apache で CGI が動かない問題． とりあえず，userdir.conf はこんなかんじで動いてます (apache-2.4.7)， a2enmod 設定 (suexec とか) もわずれずに． apache2 再起動も．

  <IfModule mod_userdir.c>
  	UserDir public_html
  	UserDir disabled root
  
  	<Directory /home/*/public_html>
  		#AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit Indexes
  		AllowOverride All
  		AddHandler cgi-script .cgi .pl
  		Options ExecCGI MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec
  		<Limit GET POST OPTIONS>
  			Require all granted
  		</Limit>
  		<LimitExcept GET POST OPTIONS>
  			Require all denied
  		</LimitExcept>
  	</Directory>
  </IfModule>
  

• 1720 研究室発． 買いもの． 保育所でとら回収． 1750 帰宅． 晩飯の準備． とら風呂． 晩飯． ラジオ体操．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • やれやれ

2015 年 01 月 30 日 (金)

• 2/2 提出のぎょーむをこなしつつ， ネットワーク・server の不調問題でぢたばたして一日がおわった ……
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • いやはや

2015 年 01 月 31 日 (土)

• とら， 最近また夜泣きおおい …… ときどきおんぶうろうろ ……
• 0600 起床． 体重 70.8 kg． まあ減ってないのは安心材料かな． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 午前はとらとあそぶ．
• 正午すぎから夜おそくまで， 〆切ぎょーむ．
• [今日の運動]
  • ラジオ体操: 0 回
• [今日の食卓]
  • なにくったかな ……