ぎょーむ日誌 2013-10-10

2013 年 10 月 10 日 (木)

• 0620 起床． コーヒー． 朝飯・弁当の準備． とらめし． 朝飯． 0810 自宅発． 0820 保育所着． 0850 研究室着．
• R の library(rgl) によるヒノキデータ作図問題のつづき． 昨日は， かくのごとくとりあえずできてめでたしめでたし …… とかよろこんでいたわけだが ……

• 幹を高くしていくと， あるところでこういうふうに「ねじれ」が生じると判明． うーむ ……?

• 作図用データに何か問題あるかと， いろいろ点検してみたのだけど， とくに問題なさそう．
• そこで cylinder3d() の debug = TRUE を指定して作図させてみる …… library(rgl) 作図は途中で Ctrl-C で停止しても問題ない …… で， わかったのは， ねじれているところで局所座標系が「反転」している! ということ …… 図中の緑・赤の線分 (たぶん青もあるけど幹の中に隠れている) は局所座標系をあらわしている．

• こんなのどうやってなおせばいいんだ …… と困ってしまったのだけど， R-help Duncan Murdoch さんの回答 ながめているうちになんとなく見当がついてきた …… cylinder3d() の引数 e2 で法線ヴェクター (normal vector) を指定できるので， そこに e2 = cbind(1, 0, rep(0,nrow(xzy))) てなかんじで無理やり指定すればよい， というかんじ …… このあたりの曲線指定みたいなものは フレネ・セレの公式 (Frenet–Serret formulas) も参照． (cylinder3d() の 関数定義コード)
• おお， うまくいった ……

• といった三次元作図ごたごたで午前終了． 昼飯．
• 午前に解決したはずの問題， もうちょっと詳しく調べてみる． 上のようにぎょーむ日誌にめも．
• 観測データから， てきとーに推測した葉群を樹木につけて作図してみるプログラミング …… けっこう時間かかった．

• 上は 1977 年， 下は 1996 年．

• 上のデータセットについては， ぐりぐり回転する図 (データが約 3.5MB と重いので「窓」が開くまで時間がかかるかも) も作ってみました． webGL を使っているのでブラウザーによってはうまく動作しない場合もあるかも …… hoxo_m さんの 三次元散布図をRで描くのに画期的な新機能がRGLパッケージに加わった などを参考にしました．
• 1700 研究室発． 1730 帰宅． 晩飯の準備． とらめし． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.7 合． キャベツ・油揚の味噌汁． キャベツ・タマネギ・シーチキンのサラダ．
  • 昼 (1200): 研究室． 米 0.7 合． ブリの照り焼き． イカあげ． ブロッコリー． ミニトマト．
  • 晩 (1830): 米 0.7 合． キャベツ・油揚の味噌汁． 鶏肉グリルとトマト・タマネギソース． キャベツ・タマネギ・シーチキンのサラダ．