ぎょーむ日誌 2013-02-12

2013 年 02 月 12 日 (火)

• 0715 起床． 朝飯の準備． 朝飯． 0810 自宅発． 雪． しかしすぐにやんで晴． 気温はかなり低い． マイナス 8 度ぐらい． 0840 研究室着．
• セミナーの予習．
• 1030 より 研究室セミナー， 今日は新しい PD の Jordan Sinclair さんで， 彼女の種間比較論文 とまだ論文になってない空間構造あるシミュレイションモデルの紹介． 種間比較のほうは， 雌雄異株 (dioecy) な植物 250 種の性比の偏りについて． 系統関係とかはまだ考慮してないそうで， いまいちすっきりしない結果かも ……

• シミュレイションのほうは spatial explicit で， 花粉・種子それぞれに dispersal kernel が設定されていて， relatedness は親子関係の系図 (!) から決まるとかいう， まあ複雑なものなので， 雌雄同株の集団に雌雄異株の mutant の侵入可能性を調べるものなのだが …… 結果については， わりと「まあ，そういう設定ならそういう結果になるでしょう」というハナシと， 何でそうなるのかいまいちよくわからないところが． たとえば， 雌雄同株を駆逐できた場合の結果として， 雌雄異株が male-bias または non-bias になる場合はあるのに， 自然界で観察される female-bias になるような場合という結果は得られていない …… ということに気づいたので， そのあたり質問してみたのだけど， これについてはまだ「ナゾ」だそうです．

• あとからつらつらと考えたのだけど， このシミュレイションは何やらあれこれ仮定しているね …… 集団サイズが一定になるようにまびきされているとか．
• さてさて， 北大くらうどに投げておいた廿日市市アリ群集モデルだが …… 9600 秒で終了． お， きましたね ……

• 今回は姑息な改造をやっていて， ありがちな群集動態でいうところの競争係数みたいなものの階層事前分布に (またしても!) BUGS な censoring を追加してしまった ……

  for (defense in 1:N.antspc) {
      alpha[defense, offense] ~ dnorm(ma[offense], taua[offense])I(-0.01,)
  }
  

  そのココロは， つまりアリ個体群間で facilitative な関係ってのはないものとして， 競争的な関係だけがあるというもの． しかしガンマ分布のようなのを事前分布に指定すると， いろいろめんどくさいので切断正規分布， しかもちょっとだけ「マイナス方向にもれる」 切断正規分布としてみた．
• まあ， やっぱりこうするとヘンてこな結果はかなり減るよね． ヘンてこな結果にふりまわされて悪化していた convergence も格段に改善 …… アルゼンチンアリとか major species の結果は， 上のような変更をしても何もかわらないんだけど， ちょっとマイナーなやつ (ウメマツオアリ) とかは， 競争係数 alpha の値がとびまくるんで …… モデル選択ができない状況における， まあくるしまぎれな一策でありました．
• 昼飯．
• ちょっとごちゃごちゃ． 手書き書類しごととかも．
• アリのつづきをやりたいけど， 腸内細菌叢データの解析のつづき ……
• まあ， これは 統計モデリング入門 第 10 章後半の問題とだいたい同じなので， とくに問題もなく 90 秒・300 秒で終了． ただし …… 予想外にラット差・画像差が大きいな．

• 1740 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 今日は哺乳瓶片手に万全なる準備をもって …… とらちゃん寝かせつけ， すむーづに成功!

[そして小アジの甘露ショウガ煮]

…… を作ってみた．

• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.7 合． サトイモ・タマネギ・ニンジン・豚肉の味噌汁．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． モズクスープ．
  • 晩 (1920): 米 0.7 合． ネギ・シイタケ・油揚の味噌汁． 鶏からあげみたいなもの． キュウリ・ミニトマト・ワカメのポン酢あえ．