ぎょーむ日誌 2013-02-05

2013 年 02 月 05 日 (火)

• 0640 起床． ねむい． コーヒー． 朝飯の準備． 朝飯 …… とらちゃん， いきなりばくはつぶつ事件． 二重のかくのうようき破損． 洗濯． 0840 自宅発． 雪． 0900 研究室着．

[まいくろうぇいぶ加熱器具]

家で不要になったので， 自分の研究室にひきとった …… 8F お茶区画には， すでにこれより良いやつが入っているので． まあ， 昼めしどきは同区画は院生たちの排他的領域となることだし． ということで， 今日はタクシー通学， 890 円でした．

• これからイヤな GLM バナシを聞かされそうな気がしたので， ちょっと事前に検討 …… R の glm() で使う offset 項を log(t) としよう． family = poisson(link = "log") の場合， これは t に比例して平均が増大する …… といった解釈しやすいモデルとなる．
• 二項分布の場合は， family = binomial(link = "cloglog") つまり complementary log-log リンク関数を使えば， これまた解釈しやすいモデルになる．
• それでは， もし仮に family = binomial(link = "logit") とした場合にはどうなるか? …… log(p / (1 - p)) = (線形予測子) となると考えると， これはたとえば p = A t / (1 - A t) といった式になる!! (A は exp(線形予測子)) …… といったことに初めて気づいた．
• これは生態学では Holling の円盤方程式 として知られる奇妙な式で …… しかし， まああまり使いみちのなさそうなハナシだなあ．
• で， 1030 より 研究室セミナー， 本日は生駒君の修論ちょくぜん …… だいじょうぶかなああああ
• 昼飯． さっそくまいくろうえいぶ!
• 午後は廿日市アリ群集モデルの改良のつづき． 姑息な BUGS censoring わざ， すなわち dnorm(m, tau)I(-3,0) といった切断正規分布モデルにすると， 今までうまくいかなかった計算がうまくいった ……!!
• これは観測値 (見つけた個体数) が「ゼロ」 というのがやたらとある場合に， かくのごとく「下側」を censoring しとかないと 「小さい値ならなんでもいいんでしょ」 とばかりにてきとーな値でひっかかってしまって， MCMC 試行ごとに異なる結果が得られる …… といったほにゃららな現状があるため．
• 姑息な censoring わざはこのやっかいな問題をとりつくろうのに使える …… ああ， 以前解決できなかった「zero-inflated な空間構造ありデータ」 問題なんかも， これでうまく「ごまかし」できそうだな．
• ともあれ， 上位 10 種だけのアリ群集については計算がうまくできるようになった． アルゼンチンアリに対抗する「戦闘力」は種ごとにけっこうちがうみたいだ ……
• Unix というか bash 上における日本語環境設定， とりあえず (冗長かもしれないが) export LC_ALL=ja_JP.UTF-8 LC=ja_JP.UTF-8 LANG=ja_JP.UTF-8 としておけば OK．
• 研究室のぶっこわれプリンター (EPSON LP-S6000) 問題， けっきょく (めんどくさくなった甲山さんの決定で) 新しく買い直すことになった． LP-S6000 用の消耗品があれこれたくさんあるんだが ……
• また， 午前の生駒問題とからんで， 指導教員たる甲山さんから樹木の死亡モデルあれこれについて， いろいろと説明しなければならぬことに ……
• 20 種で 2600 秒ぐらい …… アルゼンチンアリぱわー， たいしたもんですね．

• 1730 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • とらちゃんえくささいず．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米 0.7 合． ジャガイモ・タマネギ・油揚の味噌汁．
  • 昼 (1210): 研究室． 米 0.7 合． レトルトパウチドのトマトソース． リンゴ．
  • 晩 (1920): 米 0.7 合． ジャガイモ・タマネギ・油揚の味噌汁． サンマのナンプラー煮． ジャガイモのあげむし．